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1. (WO2016053891) NANOPORE SEQUENCING OF POLYNUCLEOTIDES WITH MULTIPLE PASSES
Latest bibliographic data on file with the International Bureau   

Pub. No.:    WO/2016/053891    International Application No.:    PCT/US2015/052698
Publication Date: 07.04.2016 International Filing Date: 28.09.2015
IPC:
C12Q 1/68 (2006.01), C12N 9/00 (2006.01), C07H 21/04 (2006.01)
Applicants: THE REGENTS OF THE UNIVERSITY OF CALIFORNIA [US/US]; 1111 Franklin Street, Twelfth Floor Oakland, CA 94607-5200 (US)
Inventors: RAND, Arthur; (US)
Agent: ASTON, David, J.; (US)
Priority Data:
62/056,963 29.09.2014 US
Title (EN) NANOPORE SEQUENCING OF POLYNUCLEOTIDES WITH MULTIPLE PASSES
(FR) SÉQUENÇAGE DE NANOPORES DE POLYNUCLÉOTIDES À PASSAGES MULTIPLES
Abstract: front page image
(EN)Disclosed are methods and materials for rereading individual single-stranded DNA or RNA molecules with a nanopore device. A single strand polymer can be passed through a nanopore in a nanopore sequencing device in a first direction and then passed through the pore of the device in the reverse direction. The method uses adapters ligated to the DNA strand, at either end of the segment to be analyzed. The method also uses an enzyme that can move the strand through the nanopore against the force applied by a voltage. When the enzyme is removed from the stand, the strand moves in the opposite direction through the nanopore, under force from the voltage. The 3' adapter contains a sequence that folds into a secondary structure that inhibits the enzyme from translocating on the strand, such as an intramolecular G-quadruplex (GQ). The 5' adapter contains a sequence that prevents binding of the enzyme to the strand.
(FR)La présente invention concerne des procédés et des matériaux de relecture d'ADN monocaténaire individuel ou de molécules d'ARN dotés d'un dispositif à nanopores. Un polymère monocaténaire peut être passé à travers un nanopore dans un dispositif de séquençage de nanopore dans une première direction et ensuite passé dans la direction inverse à travers le pore du dispositif. Le procédé utilise des adaptateurs ligaturés à un brin d'ADN, à chaque extrémité du segment devant être analysé. Le procédé utilise également une enzyme qui peut déplacer le brin à travers le nanopore à l'encontre de la force appliquée par une tension. Lorsque l'enzyme est retirée du brin, le brin se déplace dans la direction opposée à travers le nanopore, sous l'effet de la force de la tension. L'adaptateur 3' contient une séquence qui se replie en une structure secondaire qui inhibe l'enzyme de translocation sur le brin, tel qu'une G-quadruplexe (GQ) intramoléculaire. L'adaptateur 5' contient une séquence qui empêche la liaison de l'enzyme au brin.
Designated States: AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BN, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CL, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IR, IS, JP, KE, KG, KN, KP, KR, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PA, PE, PG, PH, PL, PT, QA, RO, RS, RU, RW, SA, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, ST, SV, SY, TH, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW.
African Regional Intellectual Property Organization (BW, GH, GM, KE, LR, LS, MW, MZ, NA, RW, SD, SL, ST, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Eurasian Patent Organization (AM, AZ, BY, KG, KZ, RU, TJ, TM)
European Patent Office (AL, AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, MK, MT, NL, NO, PL, PT, RO, RS, SE, SI, SK, SM, TR)
African Intellectual Property Organization (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, KM, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Publication Language: English (EN)
Filing Language: English (EN)