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Pub. No.:    WO/2015/126904    International Application No.:    PCT/US2015/016319
Publication Date: 27.08.2015 International Filing Date: 18.02.2015
C12Q 1/68 (2006.01), C40B 20/00 (2006.01), C40B 30/02 (2006.01), G01N 33/50 (2006.01)
Applicants: THE ARIZONA BOARD OF REGENTS ON BEHALF OF THE UNIVERSITY OF ARIZONA [US/US]; Tech Transfer Arizona 220 W. Sixth Street, 4th Floor Tucson, AZ 85701 (US)
Inventors: WATTS, George, S.; (US).
HURWITZ, Bonnie, L.; (US)
Agent: BRADLEY, Karri, Kuenzli; (US)
Priority Data:
61/941,043 18.02.2014 US
Abstract: front page image
(EN)Disclosed herein are methods of identifying infections, such as methods of identifying bacterial infections which utilize whole metagenome sequence analysis to sequence the entire wound microbiome of clinical samples. The disclosed methods use fast k-mer based sequence analysis, predictive modeling, and Bayesian network analysis, to analyze bacterial metagenomic sequence compositions in conjunction with clinical factors to stratify communities of bacteria into healing versus non-healing clusters. The methods of identifying infections can include performing molecular analysis of a patient wound sample, preparing the data obtained from the molecular analysis, diagnosing the wound sample and/or prognosing the wound sample. The disclosed methods can also be used to identify protein function as well as novel biomarkers.
(FR)L'invention concerne des méthodes d'identification des infections, telles que des méthodes d'identification des infections bactériennes qui utilisent une analyse de la séquence du métagénome entier pour séquencer l'ensemble du microbiome d'une plaie dans des échantillons cliniques. Les procédés de la présente invention utilisent une analyse de séquence k-mer rapide, une modélisation prédictive, et une analyse en réseau bayésien, pour analyser des compositions de séquences métagénomiques bactériennes en combinaison avec des facteurs cliniques pour stratifier des communautés bactériennes en groupes cicatrisants et non cicatrisants. Les procédés d'identification d'infections peuvent comprendre la réalisation d'une analyse moléculaire d'un échantillon de plaie d'un patient, la préparation des données obtenues à partir de l'analyse moléculaire, le diagnostic et/ou le pronostic de l'échantillon de plaie. Les méthodes de l'invention peuvent également être utilisées pour identifier la fonction protéique ainsi que de nouveaux biomarqueurs.
Designated States: AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BN, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CL, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IR, IS, JP, KE, KG, KN, KP, KR, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PA, PE, PG, PH, PL, PT, QA, RO, RS, RU, RW, SA, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, ST, SV, SY, TH, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW.
African Regional Intellectual Property Organization (BW, GH, GM, KE, LR, LS, MW, MZ, NA, RW, SD, SL, ST, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Eurasian Patent Organization (AM, AZ, BY, KG, KZ, RU, TJ, TM)
European Patent Office (AL, AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, MK, MT, NL, NO, PL, PT, RO, RS, SE, SI, SK, SM, TR)
African Intellectual Property Organization (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, KM, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Publication Language: English (EN)
Filing Language: English (EN)