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1. (WO2015123314) PARTITIONING OF DNA SEQUENCING LIBRARIES INTO HOST AND MICROBIAL COMPONENTS
Latest bibliographic data on file with the International Bureau   

Pub. No.:    WO/2015/123314    International Application No.:    PCT/US2015/015441
Publication Date: 20.08.2015 International Filing Date: 11.02.2015
IPC:
C12Q 1/00 (2006.01), C12Q 1/68 (2006.01)
Applicants: THE BOARD OF TRUSTEES OF THE LELAND STANFORD JUNIOR UNIVERSITY [US/US]; 3000 El Camino Real Bldg. 5, 3rd Floor Palo Alto, California 94306 (US)
Inventors: BUSTAMANTE, Carlos D.; (US).
CARPENTER, Meredith L.; (US)
Agent: KEDDIE, James S.; (US)
Priority Data:
61/940,375 15.02.2014 US
62/068,455 24.10.2014 US
Title (EN) PARTITIONING OF DNA SEQUENCING LIBRARIES INTO HOST AND MICROBIAL COMPONENTS
(FR) PARTITIONNEMENT DE BIBLIOTHÈQUES DE SÉQUENÇAGE D'ADN EN COMPOSANTS HÔTES ET MICROBIENS
Abstract: front page image
(EN)Described herein is a method for isolating microbial DNA from a sample that comprises host DNA and microbial DNA. In some embodiments, the method may comprise: obtaining a tagged DNA sample, wherein the tagged DNA sample contains host DNA and microbial DNA, both comprising an appended universal adaptor; b) hybridizing the extracted DNA, in solution, with affinity-tagged RNA probes generated by in vitro transcribing, in the presence of an affinity-tagged ribonucleotide, a library of fragmented host DNA that has been ligated to an RNA promoter adaptor; c) binding the product of step b) with a capture agent that is tethered to a substrate, in the presence of RNA oligonucleotides that are complementary to or have the same sequence as one or more strands of the universal adaptor, thereby capturing the host DNA on the substrate; and d) collecting the unbound DNA, wherein the unbound DNA comprises the microbial DNA.
(FR)La présente invention concerne un procédé d'isolation d'ADN microbien à partir d'un échantillon qui comprend un ADN hôte et un ADN microbien. Dans certains modes de réalisation, ledit procédé peut comprendre les étapes suivantes : obtention d'un échantillon d'ADN marqué, ledit échantillon d'ADN marqué contenant un ADN hôte et un ADN microbien, qui comportent tous les deux un adaptateur universel annexé ; b) hybridation de l'ADN extrait, en solution, avec des sondes d'ARN étiquetées par affinité produites par transcription in vitro, en présence d'un ribonucléotide marqué par affinité, une bibliothèque d'ADN hôte fragmenté qui a été ligaturé à un adaptateur promoteur d'ARN ; c) liaison du produit de l'étape b) à un agent de capture qui est attaché à un substrat, en présence d'oligonucléotides d'ARN qui sont complémentaires de ou ont la même séquence qu'un ou plusieurs brins de l'adaptateur universel, ce qui permet de capturer l'ADN hôte sur le substrat ; et d) récupération de l'ADN non lié, ledit ADN non lié comprenant l'ADN microbien.
Designated States: AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BN, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CL, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IR, IS, JP, KE, KG, KN, KP, KR, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PA, PE, PG, PH, PL, PT, QA, RO, RS, RU, RW, SA, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, ST, SV, SY, TH, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW.
African Regional Intellectual Property Organization (BW, GH, GM, KE, LR, LS, MW, MZ, NA, RW, SD, SL, ST, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Eurasian Patent Organization (AM, AZ, BY, KG, KZ, RU, TJ, TM)
European Patent Office (AL, AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, MK, MT, NL, NO, PL, PT, RO, RS, SE, SI, SK, SM, TR)
African Intellectual Property Organization (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, KM, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Publication Language: English (EN)
Filing Language: English (EN)