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1. (WO2015119500) A METHOD OF STORING/RECONSTRUCTING A MULTITUDE OF SEQUENCES IN/FROM A DATA STORAGE STRUCTURE
Latest bibliographic data on file with the International Bureau   

Pub. No.:    WO/2015/119500    International Application No.:    PCT/NL2015/050078
Publication Date: 13.08.2015 International Filing Date: 06.02.2015
IPC:
G06F 17/30 (2006.01), G06F 19/22 (2011.01), H03M 7/30 (2006.01)
Applicants: GENALICE B.V. [NL/NL]; Deventerweg 9 D NL-3843 GA Harderwijk (NL)
Inventors: KARTEN, Johannes; (NL)
Agent: DE HOOG, Johannes Hendrik; (NL)
Priority Data:
2012222 06.02.2014 NL
Title (EN) A METHOD OF STORING/RECONSTRUCTING A MULTITUDE OF SEQUENCES IN/FROM A DATA STORAGE STRUCTURE
(FR) PROCÉDÉ DE STOCKAGE/RECONSTITUTION D'UNE MULTITUDE DE SÉQUENCES DANS/À PARTIR D'UNE STRUCTURE DE STOCKAGE DE DONNÉES
Abstract: front page image
(EN)The invention relates to a computer implemented method of storing/recovering in/from a storage data structure a multitude of sequences that have been aligned with a reference data structure. The information of the sequences is stored in different sections. Each section comprises data streams comprising specific data of the sequences having a reference position in the reference position range associated with the data stream. In a first section, the length of the sequences is stored. In a second section, the mutations of a sequence with respect to the reference sequence are stored. In a third section, consensus based quality values are linked with positions in the reference sequence. In a fourth section, the sequence identifiers are stored. The storage data structure has a format which is optimized for viewer, re-alignment, variant calling and other post-processing tools.
(FR)L'invention concerne un procédé informatisé de stockage/récupération dans/à partir d'une structure de données de stockage d'une multitude de séquences qui ont été alignées avec une structure de données de référence. Les informations des séquences sont stockées dans différentes sections. Chaque section comporte des flux de données comportant des données particulières des séquences occupant une position de référence dans l'intervalle de positions de référence associé au flux de données. Dans une première section, la longueur des séquences est stockée. Dans une deuxième section, les mutations d'une séquence par rapport à la séquence de référence sont stockées. Dans une troisième section, des valeurs de qualité basées sur un consensus sont liées à des positions dans la séquence de référence. Dans une quatrième section, les identifiants de séquence sont stockés. La structure de données de stockage présente un format optimisé pour des outils de visionneuse, de réalignement, d'appel de variantes et d'autres outils de post-traitement.
Designated States: AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BN, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CL, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IR, IS, JP, KE, KG, KN, KP, KR, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PA, PE, PG, PH, PL, PT, QA, RO, RS, RU, RW, SA, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, ST, SV, SY, TH, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW.
African Regional Intellectual Property Organization (BW, GH, GM, KE, LR, LS, MW, MZ, NA, RW, SD, SL, ST, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Eurasian Patent Organization (AM, AZ, BY, KG, KZ, RU, TJ, TM)
European Patent Office (AL, AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, MK, MT, NL, NO, PL, PT, RO, RS, SE, SI, SK, SM, TR)
African Intellectual Property Organization (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, KM, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Publication Language: English (EN)
Filing Language: English (EN)