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1. (WO2015042496) A FRAMEWORK FOR DETERMINING THE RELATIVE EFFECT OF GENETIC VARIANTS
Latest bibliographic data on file with the International Bureau   

Pub. No.:    WO/2015/042496    International Application No.:    PCT/US2014/056701
Publication Date: 26.03.2015 International Filing Date: 20.09.2014
IPC:
G06F 15/18 (2006.01), G06N 3/00 (2006.01), G06N 3/08 (2006.01), G06N 3/088, C12Q 1/68 (2006.01), G06F 19/20 (2011.01)
Applicants: UNIVERSITY OF WASHINGTON THROUGH ITS CENTER FOR COMMERCIALIZATION [US/US]; 4311 11th Ave. Ne, Suite 500 Seattle, WA 98105-4618 (US).
HUDSONALPHA INSTITUTE FOR BIOTECHNOLOGY [US/US]; 601 Genome Way Huntsville, AL 35806 (US)
Inventors: SHENDURE, Jay; (US).
COOPER, Gregory, M.; (US).
KIRCHER, Martin; (US).
WITTEN, Daniela; (US)
Agent: DEUPPEN, Lara J.; (US)
Priority Data:
61/880,286 20.09.2013 US
Title (EN) A FRAMEWORK FOR DETERMINING THE RELATIVE EFFECT OF GENETIC VARIANTS
(FR) CADRE POUR DÉTERMINER L'EFFET RELATIF DE VARIANTS GÉNÉTIQUES
Abstract: front page image
(EN)Current methods for annotating and interpreting human genetic variation typically exploit only a single information type (e.g., conservation) and/or are restricted in scope (e.g., to missense changes). Here, a method for objectively integrating many diverse annotations into a single measure (integrated deleteriousness score, or C-score) for each variant is described. The method may be implemented as a support vector machine (SVM) trained to differentiate high-frequency human-derived alleles from simulated variants. C-scores were precomputed for all 8.6 billion possible human single- nucleotide variants and allow scoring of short insertions-deletions. C-scores correlate with allelic diversity, annotations of functionality, pathogenicity, disease severity, experimentally measured regulatory effects and complex trait associations, and they highly rank known pathogenic variants within individual genomes. The ability of CADD to prioritize functional, deleterious and pathogenic variants across many functional categories, effect sizes and genetic architectures is unmatched by any current single-annotation method.
(FR)Des méthodes courantes pour annoter et interpréter des variations génétiques humaines exploitent typiquement un seul type d'information (par exemple, conservation) et/ou ont une portée limitée (par exemple, à des mutations faux-sens). La présente invention concerne une méthode pour intégrer objectivement de nombreuses annotations diverses dans une seule mesure (score de nocivité intégré, ou score C) pour chaque variant. La méthode peut être mise en œuvre sous la forme d'une machine à vecteurs supports (SVM) ayant subi un apprentissage pour faire la distinction entre des allèles humains à haute fréquence et des variants simulés. Des scores C ont été précalculés pour tous les 8,6 milliards de variants nucléotidiques humains possibles et permettent d'établir un score d'insertions-délétions courtes. Les scores C sont corrélés à la diversité allélique, des annotations de fonctionnalité, pathogénie, sévérité de maladie, des effets de régulation mesurés expérimentalement et des associations à des traits complexes, et ils classent haut des variants pathogènes connus dans des génomes individuels. La capacité de CADD à hiérarchiser des variants fonctionnels, délétères et pathogènes dans de nombreuses catégories fonctionnelles, tailles d'effet et architectures génétiques n'est égalée par aucune méthode d'annotation unique courante.
Designated States: AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BN, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CL, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IR, IS, JP, KE, KG, KN, KP, KR, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PA, PE, PG, PH, PL, PT, QA, RO, RS, RU, RW, SA, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, ST, SV, SY, TH, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW.
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African Intellectual Property Organization (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, KM, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Publication Language: English (EN)
Filing Language: English (EN)