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1. (WO2014188290) FAST AND SECURE RETRIEVAL OF DNA SEQUENCES
Latest bibliographic data on file with the International Bureau   

Pub. No.:    WO/2014/188290    International Application No.:    PCT/IB2014/061098
Publication Date: 27.11.2014 International Filing Date: 30.04.2014
IPC:
G06F 19/22 (2011.01), G06F 19/28 (2011.01)
Applicants: KONINKLIJKE PHILIPS N.V. [NL/NL]; High Tech Campus 5 NL-5656 AE Eindhoven (NL)
Inventors: IGNATENKO, Tanya; (NL)
Agent: STEFFEN, Thomas; High Tech Campus Building 5 NL-5656 AE Eindhoven (NL)
Priority Data:
61/826,619 23.05.2013 US
Title (EN) FAST AND SECURE RETRIEVAL OF DNA SEQUENCES
(FR) EXTRACTION RAPIDE ET SÛRE DE SÉQUENCES D'ADN
Abstract: front page image
(EN)Sequence models are retrieved from a sequences index. The sequence models model DNA or RNA sequences stored in a database, and each comprises a finite memory tree source model and parameters for the finite memory tree source model. One or more DNA or RNA sequences stored in the database are identified as being most similar to a query DNA or RNA sequence based on fitting of the retrieved sequence models to the query DNA or RNA sequence. The sequence models may be context tree weighting (CTW) models {Sx, θSx} where Sx denotes the context tree model for the DNA or RNA sequence x stored in the database, and θSx denotes parameters of the context tree model Sx. The fitting may include, for each CTW model {Sx, θSx}, computing the codeword length for the query DNA or RNA sequence y using the CTW model {Sx, θSx}.
(FR)Selon l'invention, des modèles de séquences sont extraits d'un index de séquences. Les modèles de séquences modélisent des séquences d'ADN ou d'ARN stockées dans une base de données, et possèdent chacun un modèle source d'arborescence de mémoire finie et des paramètres pour le modèle source d'arborescence de mémoire finie. Une ou plusieurs séquences d'ADN ou d'ARN stockées dans la base de données sont identifiées comme étant les plus similaires à une séquence d'ADN ou d'ARN demandée en fonction de la correspondance entre les modèles de séquences extraits et les séquences d'ADN ou d'ARN demandées. Les modèles de séquences peuvent être des modèles à pondération d'arborescence contextuelle (CTW) {Sx, θSx} où Sx représente le modèle d'arborescence contextuelle pour la séquence d'ADN ou d'ARN x stockée dans la base de données, et θSx représente les paramètres du modèle d'arborescence contextuelle Sx. La mise en correspondance peut consister, pour chaque modèle CTW {Sx, θSx}, à calculer la longueur de mot de code pour la séquence d'ADN ou d'ARN demandée en utilisant le modèle CTW {Sx, θSx}.
Designated States: AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BN, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CL, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IR, IS, JP, KE, KG, KN, KP, KR, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PA, PE, PG, PH, PL, PT, QA, RO, RS, RU, RW, SA, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, ST, SV, SY, TH, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW.
African Regional Intellectual Property Organization (BW, GH, GM, KE, LR, LS, MW, MZ, NA, RW, SD, SL, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Eurasian Patent Organization (AM, AZ, BY, KG, KZ, RU, TJ, TM)
European Patent Office (AL, AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, MK, MT, NL, NO, PL, PT, RO, RS, SE, SI, SK, SM, TR)
African Intellectual Property Organization (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, KM, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Publication Language: English (EN)
Filing Language: English (EN)