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1. (WO2014186604) BIOINFORMATICS SYSTEMS, APPARATUSES, AND METHODS EXECUTED ON AN INTEGRATED CIRCUIT PROCESSING PLATFORM
Latest bibliographic data on file with the International Bureau   

Pub. No.:    WO/2014/186604    International Application No.:    PCT/US2014/038246
Publication Date: 20.11.2014 International Filing Date: 15.05.2014
IPC:
G01N 33/48 (2006.01)
Applicants: EDICO GENOME CORP. [US/US]; 4225 Executive Square, Suite 450 La Jolla, CA 92037 (US)
Inventors: MCMILLEN, Robert, J.; (US).
RUEHLE, Michael; (US)
Agent: CLEARY, James, P.; (US)
Priority Data:
61/823,824 15.05.2013 US
61/910,868 02.12.2013 US
61/826,381 22.05.2013 US
61/943,870 24.02.2014 US
14/158,758 17.01.2014 US
14/180,248 13.02.2014 US
14/179,513 12.02.2014 US
61/984,663 25.04.2014 US
61/988,128 02.05.2014 US
Title (EN) BIOINFORMATICS SYSTEMS, APPARATUSES, AND METHODS EXECUTED ON AN INTEGRATED CIRCUIT PROCESSING PLATFORM
(FR) SYSTÈMES BIOINFORMATIQUES, APPAREILS, ET PROCÉDÉS EXÉCUTÉS SUR UNE PLATEFORME DE TRAITEMENT À CIRCUITS INTÉGRÉSS
Abstract: front page image
(EN)A system, method and apparatus for executing a sequence analysis pipeline on genetic sequence data includes a structured ASIC formed of a set of hardwired digital logic circuits that are interconnected by physical electrical interconnects. One of the physical electrical interconnects forms an input to the structured ASIC connected with an electronic data source for receiving reads of genomic data. The hardwired digital logic circuits are arranged as a set of processing engines, each processing engine being formed of a subset of the hardwired digital logic circuits to perform one or more steps in the sequence analysis pipeline on the reads of genomic data. Each subset of the hardwired digital logic circuits is formed in a wired configuration to perform the one or more steps in the sequence analysis pipeline.
(FR)L'invention concerne un système, un procédé et un appareil pour exécuter un pipeline d'analyse de séquence sur des données de séquence génétique comprenant un ASIC structuré formé d'un ensemble de circuits logiques numériques câblés qui sont interconnectés par des interconnexions électriques physiques. L'une des interconnexions électriques physiques forme une entrée vers l'ASIC structuré connectée à une source de données électroniques destinée à recevoir des lectures de données génomiques. Les circuits logiques numériques câblés sont disposés en tant qu'ensemble de moteurs de traitement, chaque moteur de traitement étant formé d'un sous-ensemble des circuits logiques numériques câblés pour mettre en œuvre une ou plusieurs étapes du pipeline d'analyse de séquence sur les lectures de données génomiques. Chaque sous-ensemble des circuits logiques numériques câblés est formé en une configuration câblée pour mettre en œuvre la ou les étapes du pipeline d'analyse de séquence.
Designated States: AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BN, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CL, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IR, IS, JP, KE, KG, KN, KP, KR, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PA, PE, PG, PH, PL, PT, QA, RO, RS, RU, RW, SA, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, ST, SV, SY, TH, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW.
African Regional Intellectual Property Organization (BW, GH, GM, KE, LR, LS, MW, MZ, NA, RW, SD, SL, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Eurasian Patent Organization (AM, AZ, BY, KG, KZ, RU, TJ, TM)
European Patent Office (AL, AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, MK, MT, NL, NO, PL, PT, RO, RS, SE, SI, SK, SM, TR)
African Intellectual Property Organization (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, KM, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Publication Language: English (EN)
Filing Language: English (EN)