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1. WO2014157176 - GENOTYPE CLASSIFICATION METHOD FOR BACTERIUM OF GENUS ACINETOBACTER AND PRIMER SET TO BE USED THEREIN

Publication Number WO/2014/157176
Publication Date 02.10.2014
International Application No. PCT/JP2014/058236
International Filing Date 25.03.2014
IPC
C12Q 1/68 2006.01
CCHEMISTRY; METALLURGY
12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
1Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
68involving nucleic acids
C12N 15/09 2006.01
CCHEMISTRY; METALLURGY
12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
15Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
09Recombinant DNA-technology
CPC
C12Q 1/689
CCHEMISTRY; METALLURGY
12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS
1Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms
68involving nucleic acids
6876Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
6888for detection or identification of organisms
689for bacteria
C12Q 2600/16
CCHEMISTRY; METALLURGY
12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS
2600Oligonucleotides characterized by their use
16Primer sets for multiplex assays
Applicants
  • 国立大学法人名古屋大学 NATIONAL UNIVERSITY CORPORATION NAGOYA UNIVERSITY [JP]/[JP]
Inventors
  • 鈴木 匡弘 SUZUKI Masahiro
  • 荒川 宜親 ARAKAWA Yoshichika
Agents
  • 特許業務法人特許事務所サイクス SIKS & CO.
Priority Data
2013-06214525.03.2013JP
Publication Language Japanese (JA)
Filing Language Japanese (JA)
Designated States
Title
(EN) GENOTYPE CLASSIFICATION METHOD FOR BACTERIUM OF GENUS ACINETOBACTER AND PRIMER SET TO BE USED THEREIN
(FR) MÉTHODE DE CLASSIFICATION PAR GÉNOTYPE POUR BACTÉRIES DU GENRE ACINETOBACTER ET ENSEMBLE D'AMORCES À UTILISER AVEC
(JA) アシネトバクター属菌の遺伝型タイピング法及びこれに用いるプライマーセット
Abstract
(EN)
The present invention addresses the problem of: providing a species identification method, an epidemic clone identification method and/or a strain discrimination method, each for a bacterium of the genus Acinetobacter, said methods being appropriately usable in a practical industrial field (a medical field); and also providing a primer set to be used therein. Provided are a species identification and clone identification method and/or a strain discrimination method, each for a bacterium of the genus Acinetobacter, said methods comprising a step for detecting, in an arbitrary order, the presence or absence, on the chromosome of the bacterium of the genus Acinetobacter, of (1) an open reading frame (ORF) specific to Acinetobacter pittii, (2) an ORF specific to Acinetobacter nosocomialis, (3) an ORF specific to an Acinetobacter species close to nosocomialis, (4) an ORF constituting a genomic islet, and (5) an ORF constituting a genomic island, and then identifying an epidemic clone on the basis of the combination of the presence or absence of these ORFs.
(FR)
Le problème abordé par la présente invention est de : fournir une méthode d'identification des espèces, une méthode d'identification de clones épidémiques et/ou une méthode de discrimination de souches, chacune pour une bactérie du genre Acinetobacter, lesdites méthodes pouvant être utilisées de manière appropriée dans un domaine industriel appliqué (un champ médical) ; ainsi que de fournir un ensemble d'amorces à utiliser avec. L'invention concerne une méthode d'identification d'espèces et d'identification de clônes et/ou une méthode de discrimination de souches, chacune pour une bactérie du genre Acinetobacter, lesdites méthodes comprenant une étape de détection, dans un ordre arbitraire, de la présence ou de l'absence, sur le chromosome de la bactérie du genre Acinetobacter, de (1) un cadre de lecture ouvert (ORF) spécifique à Acinetobacter pittii, (2) un ORF spécifique à Acinetobacter nosocomialis, (3) un ORF spécifique à une espèce Acinetobacter proche de nosocomialis, (4) un ORF constituant un îlot génomique, et (5) un ORF constituant un îlot génomique, et puis l'identification d'un clone épidémique sur la base de la combinaison de la présence ou de l'absence de ces ORF.
(JA)
 本発明の課題は、実際の産業(医療現場)利用に適したアシネトバクター属菌の菌種同定法および流行クローン同定法および/又は菌株式別法を提供すること、およびそれに用いるプライマーセットを提供するこである。本発明によれば、アシネトバクター属菌の染色体上の、(1)Acinetobacter pittii特異的オープンリーディングフレーム(ORF)、(2)Acinetobacter nosocomialis特異的ORF、(3)Acinetobacter species close to nosocomialis特異的ORF、(4)genomic isletを構成するORFおよび(5)genomic islandを構成するORFの有無を任意の順で検出し、これらORFの有無の組み合わせにより流行クローン同定を行うステップを含む、アシネトバクター属菌の菌種同定、クローン同定法および/又は菌株識別のための方法が提供される。
Also published as
Latest bibliographic data on file with the International Bureau