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1. (WO2013120509) ALGORITHM FOR MODIFICATION OF SOMATIC CANCER EVOLUTION
Latest bibliographic data on file with the International Bureau   

Pub. No.:    WO/2013/120509    International Application No.:    PCT/EP2012/052437
Publication Date: 22.08.2013 International Filing Date: 13.02.2012
IPC:
G06F 19/18 (2011.01), G06F 19/14 (2011.01), G06F 19/24 (2011.01)
Applicants: RÜBBEN, Albert [DE/DE]; (DE)
Inventors: RÜBBEN, Albert; (DE)
Priority Data:
Title (EN) ALGORITHM FOR MODIFICATION OF SOMATIC CANCER EVOLUTION
(FR) ALGORITHME DE MODIFICATION DE L'ÉVOLUTION SOMATIQUE DU CANCER
Abstract: front page image
(EN)Most clinically distinguishable malignant tumors are characterized by specific mutations, specific patterns of chromosomal rearrangements and a predominant mechanism of genetic instability. It has been suggested that the internal dynamics of genomic modifications as opposed to the external evolutionary forces have a significant and complex impact on Darwinian species evolution. A similar situation can be expected for somatic cancer evolution as the key mechanisms encountered in species evolution such as duplications, rearrangements or deletions of genes also constitute prevalent mutation mechanisms in cancers with chromosomal instability. The invention is an algorithm which is based on a systems concept describing the putative constraints of the cancer genome architecture on somatic cancer evolution. The algorithm allows the identification of therapeutic target genes in individual cancer patients which do not represent oncogenes or tumor suppressor genes but have become putative therapeutic targets due to constraints of the cancer genome architecture on individual somatic cancer evolution. Target genes or regulatory elements may be identified by their designation as essential genes or regulatory elements in cancer cells of the patient but not in normal tissue cells or they may be identified by their impact on the process of somatic cancer evolution in individual patients based on phylogenetic trees of somatic cancer evolution and on the constructed multilayered cancer genome maps. The algorithm can be used for delivering personalized cancer therapy as well as for the industrial identification of novel anti-cancer drugs. The algorithm is essential for designing software programs which allow the prediction of the natural history of cancer disease in individual patients.
(FR)La plupart des tumeurs malignes identifiables du point de vue clinique sont caractérisées par des mutations spécifiques, des modèles spécifiques de réorganisation chromosomique et un mécanisme prédominant d'instabilité génétique. Il a été suggéré que la dynamique interne des modifications génomiques par opposition aux forces évolutives externes a un impact important et complexe sur l'évolution des espèces Darwiniennes. Une situation similaire peut être attendue pour l'évolution somatique des cancers car les mécanismes clés que l'on rencontre dans l'évolution des espèces tels que les duplications, les réorganisations ou les suppressions de gènes constituent également des mécanismes de mutation prédominants dans les cancers avec une instabilité chromosomique. La présente invention concerne un algorithme qui est basé sur un concept de systèmes décrivant les contraintes présumées de l'architecture du génome du cancer sur l'évolution somatique du cancer. L'algorithme permet l'identification de gènes cibles thérapeutiques chez différents patients atteints de cancer qui ne représentent pas des oncogènes ou des gènes suppresseurs de tumeur mais sont devenus des cibles thérapeutiques présumées en raison des contraintes d'architecture du génome du cancer sur l'évolution somatique du cancer chez les individus. Des gènes cibles ou des éléments régulateurs peuvent être identifiés par leur désignation en tant que gènes essentiels ou éléments régulateurs dans des cellules cancéreuses du patient mais pas dans des tissus cellulaires normaux ou ils peuvent être identifiés par leur impact sur le processus d'évolution somatique du cancer chez différents patients en se basant sur des arbres phylogénétiques d'évolution somatique du cancer et sur les cartes multicouches construites du génome du cancer. L'algorithme peut être utilisé pour délivrer une thérapie personnalisée contre le cancer ainsi que pour l'identification industrielle de nouveaux médicaments anti-cancer. L'algorithme est essentiel à la conception des programmes logiciels qui permettent la prédiction de l'histoire naturelle de la maladie du cancer chez différents patients.
Designated States: AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CL, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IS, JP, KE, KG, KM, KN, KP, KR, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PE, PG, PH, PL, PT, QA, RO, RS, RU, RW, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, ST, SV, SY, TH, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW.
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Publication Language: English (EN)
Filing Language: English (EN)