WIPO logo
Mobile | Deutsch | Español | Français | 日本語 | 한국어 | Português | Русский | 中文 | العربية |
PATENTSCOPE

Search International and National Patent Collections
World Intellectual Property Organization
Search
 
Browse
 
Translate
 
Options
 
News
 
Login
 
Help
 
Machine translation
1. (WO2013055651) PRECISION PHENOTYPING USING SCORE SPACE PROXIMITY ANALYSIS
Latest bibliographic data on file with the International Bureau   

Pub. No.:    WO/2013/055651    International Application No.:    PCT/US2012/059290
Publication Date: 18.04.2013 International Filing Date: 09.10.2012
IPC:
G06F 19/18 (2011.01), G06F 19/24 (2011.01)
Applicants: PIONEER HI-BRED INTERNATIONAL, INC. [US/US]; 7100 NW 62nd Avenue PO Box 1014 Johnston, IA 50131 (US)
Inventors: JANNI, James; (US).
HAZEBROEK, Jan; (US).
WRIGHT, Stephen L.; (US)
Agent: SUNMAN, Jeffrey A.; Alston & Bird LLP 101 South Tryon Street Suite 4000 Charlotte, NC 28280-4000 (US)
Priority Data:
61/546,672 13.10.2011 US
Title (EN) PRECISION PHENOTYPING USING SCORE SPACE PROXIMITY ANALYSIS
(FR) PHÉNOTYPAGE DE PRÉCISION UTILISANT UNE ANALYSE DE PROXIMITÉ UTILISANT UN ESPACE DE SCORES
Abstract: front page image
(EN)Methods are provided for determining the level of perturbation of a phenotype in an organism using a multivariate statistical analysis. The method comprises a first step of collecting at least one measurement from at least one control group of organisms and at least one experimental group of organisms to produce a set of data. The method further comprises a second step of using a processor to conduct a multivariate statistical analysis on the set of data to determine the level of perturbation of a phenotype or trait of interest in the experimental group of organisms. Such a multivariate statistical analysis comprises the steps of arranging the set of data into a matrix, expressing the matrix into a set of new basis functions and projecting the set of data onto the set of new basis functions to calculate a set of scores for each of the two groups of organisms. The multivariate statistical analysis further comprises the steps of determining a score space by calculating a distance between the set of scores generated for the control group of organisms and for the experimental group of organisms, and using the score space to determine the level of perturbation of the phenotype of interest in the experimental group of organisms. Methods are further provided for selecting a group of organisms based on the distance in the score space between the control group of organisms and the experimental group of organisms.
(FR)La présente invention concerne des procédés permettant de déterminer le niveau de perturbation d'un phénotype dans un organisme à l'aide d'une analyse statistique multivariée. Ce procédé comprend une première étape consistant à relever au moins une mesure dans au moins un groupe d'organismes témoin et dans au moins un groupe d'organismes expérimental, pour produire un ensemble de données. Ce procédé comprend également une seconde étape consistant à utiliser un processeur pour effectuer une analyse statistique multivariée sur ledit ensemble de données afin de déterminer le niveau de perturbation d'un phénotype ou caractère présentant un intérêt dans le groupe d'organismes expérimental. Une telle analyse statistique multivariée comprend les étapes consistant à organiser l'ensemble de données en matrice, à exprimer cette matrice sous la forme d'un ensemble de nouvelles fonctions de base, et à projeter l'ensemble de données sur l'ensemble de nouvelles fonctions de base pour calculer un ensemble de scores pour chacun des deux groupes d'organismes. Cette analyse statistique multivariée comprend également les étapes consistant à déterminer un espace de scores par calcul d'une distance entre l'ensemble de scores généré pour le groupe d'organismes témoin et pour le groupe d'organismes expérimental, et à utiliser l'espace de scores pour déterminer le niveau de perturbation du phénotype d'intérêt dans le groupe d'organismes expérimental. La présente invention concerne également des procédés de sélection d'un groupe d'organismes en fonction de la distance de l'espace de scores entre le groupe d'organismes témoin et le groupe d'organismes expérimental.
Designated States: AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BN, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CL, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IS, JP, KE, KG, KM, KN, KP, KR, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PA, PE, PG, PH, PL, PT, QA, RO, RS, RU, RW, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, ST, SV, SY, TH, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW.
African Regional Intellectual Property Organization (BW, GH, GM, KE, LR, LS, MW, MZ, NA, RW, SD, SL, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Eurasian Patent Organization (AM, AZ, BY, KG, KZ, RU, TJ, TM)
European Patent Office (AL, AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, MK, MT, NL, NO, PL, PT, RO, RS, SE, SI, SK, SM, TR)
African Intellectual Property Organization (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Publication Language: English (EN)
Filing Language: English (EN)