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Pub. No.:    WO/2013/049135    International Application No.:    PCT/US2012/057237
Publication Date: 04.04.2013 International Filing Date: 26.09.2012
G06F 19/22 (2011.01)
Applicants: GEN-PROBE INCORPORATED [US/US]; 10210 Genetic Center Drive San Diego, California 92121 (US)
Inventors: YIN, Tongjia; (US).
BRENTANO, Steven; (US).
BUNGO, Jennifer; (US).
WANG, Xianqun; (US).
Agent: LIEBESCHUETZ, Joe; Alston & Bird LLP Bank of America Plaza 101 South Tryon Street Suite 4000 Charlotte, North Carolina 28280-4000 (US)
Priority Data:
61/539,440 26.09.2011 US
Abstract: front page image
(EN)The invention provides methods of determining a consensus sequence from multiple raw sequencing reads of a nucleic acid target. The nucleic acid target includes an anchor segment of known sequence and an adjacent segment of unknown sequence. The anchor segment provides a means to assess the quality of a raw target sequencing read. Raw target sequencing reads meeting or exceeding a threshold are assigned to an accepted class. The consensus sequence of the adjacent segment can be determined from raw target sequencing reads in the accepted class. Successive polling steps determine successive consensus nucleobases in a nascent sequence of the adjacent segment. Raw target sequencing reads can be removed or reintroduced from the accepted class depending on their correspondence to the most recently determined consensus nucleobase and/or the nascent sequence.
(FR)L'invention concerne des procédés de détermination d'une séquence de consensus à partir de lectures brutes multiples de séquençage d'une cible d'acide nucléique. Ladite cible d'acide nucléique comprend un segment d'ancrage de séquence connue et un segment adjacent de séquence inconnue. Le segment d'ancrage constitue un moyen d'évaluation de la qualité d'une lecture brute de séquençage de la cible. Les lectures brutes de séquençage de la cible atteignant ou dépassant un seuil sont affectées à une classe acceptée. La séquence de consensus du segment adjacent peut être déterminée à partir de lectures brutes de séquençage de la cible figurant dans la classe acceptée. Des étapes successives de scrutation déterminent des nucléobases successives de consensus dans une séquence naissante du segment adjacent. Des lectures brutes de séquençage de la cible peuvent être supprimées ou réintroduites de / dans la classe acceptée selon leur correspondance avec la nucléobase de consensus la plus récemment déterminée et / ou la séquence naissante.
Designated States: AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BN, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CL, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IS, JP, KE, KG, KM, KN, KP, KR, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PA, PE, PG, PH, PL, PT, QA, RO, RS, RU, RW, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, ST, SV, SY, TH, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW.
African Regional Intellectual Property Organization (BW, GH, GM, KE, LR, LS, MW, MZ, NA, RW, SD, SL, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Eurasian Patent Organization (AM, AZ, BY, KG, KZ, RU, TJ, TM)
European Patent Office (AL, AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, MK, MT, NL, NO, PL, PT, RO, RS, SE, SI, SK, SM, TR)
African Intellectual Property Organization (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Publication Language: English (EN)
Filing Language: English (EN)