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Pub. No.:    WO/2012/098515    International Application No.:    PCT/IB2012/050255
Publication Date: 26.07.2012 International Filing Date: 19.01.2012
G06F 19/22 (2011.01)
Applicants: KONINKLIJKE PHILIPS ELECTRONICS N.V. [NL/NL]; High Tech Campus 5 NL-5656 AE Eindhoven (NL) (For All Designated States Except US).
MAKKAPATI, Vishnu Vardhan [IN/IN]; (IN) (For US Only).
DIMITROVA, Nevenka [US/US]; (US) (For US Only).
SINGH, Randeep [IN/IN]; (IN) (For US Only).
JAGLAN, Sunil Kumar [IN/IN]; (IN) (For US Only)
Inventors: MAKKAPATI, Vishnu Vardhan; (IN).
DIMITROVA, Nevenka; (US).
SINGH, Randeep; (IN).
JAGLAN, Sunil Kumar; (IN)
Agent: VAN VELZEN, Maaike; High Tech Campus, Building 44 NL-5600 AE Eindhoven (NL)
Priority Data:
61/434,017 19.01.2011 US
Abstract: front page image
(EN)The present invention relates to a method for processing a subject's genomic data comprising (a) obtaining a subject's genomic sequence; (b) reducing the complexity and/or amount of the genomic sequence information; and (c) storing the genomic sequence information of step (b) in a rapidly retrievable form. The present invention further relates to a method wherein the step of reducing the complexity and/or amount of the genomic sequence information is carried out by cropping said genomic sequence information except for signature data pertaining to a disease or disorder, or by aligning a subject's genomic sequence with a reference sequence comprising signature data pertaining to a disease or disorder. Furthermore, the invention relates to a method wherein the use of a subject's functional genetic information, in particular gene expression data is included, as well as to a method, wherein the information is encoded in matrices and decoded and represented based on Markov chain processes. The obtained information can also be used for diagnosing, detecting, monitoring or prognosticating a disease and/or for the preparation of a subject's molecular history. In addition, a corresponding clinical decision support and storage system, preferably in the form of an electronic picture/data archiving and communication system, is provided.
(FR)La présente invention porte sur un procédé de traitement de données génomiques d'un sujet consistant à (a) obtenir une séquence génomique d'un sujet; (b) réduire la complexité et/ou la quantité des informations de séquence génomique; et (c) stocker les informations de séquence génomique de l'étape (b) sous une forme rapidement accessible. La présente invention porte en outre sur un procédé dans lequel l'étape de réduction de la complexité et/ou de la quantité des informations de séquence génomique est exécutée par rognage desdites informations de séquence génomique à l'exception de données de signature concernant une affection ou un trouble, ou par alignement de la séquence génomique d'un sujet avec une séquence de référence comprenant des données de signature concernant une affection ou un trouble. En outre, l'invention porte sur un procédé qui consiste à utiliser des informations génétiques fonctionnelles d'un sujet, en particulier des données d'expression de gène, ainsi que sur un procédé dans lequel les informations sont codées dans des matrices et décodées et représentées sur la base de processus de chaîne de Markov. Les informations obtenues peuvent également être utilisées pour diagnostiquer, détecter, surveiller ou pronostiquer une affection et/ou pour la préparation d'un historique moléculaire du sujet. De plus, un système d'aide à la décision clinique et de stockage correspondant, de préférence sous la forme d'un système d'archivage et de communication d'images/données électroniques, est décrit.
Designated States: AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CL, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IS, JP, KE, KG, KM, KN, KP, KR, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PE, PG, PH, PL, PT, QA, RO, RS, RU, RW, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, ST, SV, SY, TH, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW.
African Regional Intellectual Property Organization (BW, GH, GM, KE, LR, LS, MW, MZ, NA, RW, SD, SL, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Eurasian Patent Organization (AM, AZ, BY, KG, KZ, MD, RU, TJ, TM)
European Patent Office (AL, AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, MK, MT, NL, NO, PL, PT, RO, RS, SE, SI, SK, SM, TR)
African Intellectual Property Organization (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Publication Language: English (EN)
Filing Language: English (EN)