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1. (WO2011157501) ESTIMATION OF DELTA-CQ VALUES WITH CONFIDENCE FROM QPCR DATA
Latest bibliographic data on file with the International Bureau   

Pub. No.:    WO/2011/157501    International Application No.:    PCT/EP2011/057863
Publication Date: 22.12.2011 International Filing Date: 16.05.2011
IPC:
G06F 19/20 (2011.01)
Applicants: SIEMENS HEALTHCARE DIAGNOSTICS INC. [US/US]; 1717 Deerfield Road Deerfield, Illinois 60015-0778 (US) (For All Designated States Except US).
WEBER, Karsten [DE/DE]; (DE) (For US Only).
FEDER, Inke Sabine [DE/DE]; (DE) (For US Only)
Inventors: WEBER, Karsten; (DE).
FEDER, Inke Sabine; (DE)
Agent: MAIER, Daniel; Postfach 22 16 34 80506 München (DE)
Priority Data:
10166256.7 17.06.2010 EP
Title (EN) ESTIMATION OF DELTA-CQ VALUES WITH CONFIDENCE FROM QPCR DATA
(FR) ESTIMATION DE VALEURS DELTA-CQ AVEC CONFIANCE À PARTIR DE DONNÉES QPCR
Abstract: front page image
(EN)The invention describes how to estimate delta-Cq values from measured (raw-) Cq values gained from PCR measurements and how to calculate confidence intervals for them. This is realized by the following processing steps: A noise model, which might be constructed on some training PCR data, calculates the distribution of the true target material concentration of a single well for an observed measurement results. Said distribution is calculated for all types of measurement results including "Numeric" raw-Cq values as well as Cq being "Undetected", which denotes that no fluorescence signal was detected during all cycles and thus corresponds to no or very few target molecules. Based on this distribution information from several replicate wells of a gene of interest and several replicate wells of one or more reference genes the distribution of the true delta-Cq value is calculated. In order to come out with a finite variance of the delta-Cq value (which so far would not be the case if all replicates are "Undetected") a lower bound is defined on the delta-Cq value. This lower bound is chosen so small that no useful information about the clinical implications is lost but so large that even for samples with low total material yield a reliable estimation of the delta-Cq value is possible.
(FR)L'invention décrit comment estimer des valeurs Delta-Cq à partir de valeurs Cq (brutes) mesurées obtenues par des mesures de PCR et comment calculer des intervalles de confiance pour celles-ci. Cela est réalisé par les étapes de traitement suivantes : un modèle de bruit, qui pourrait être construit sur certaines données PCR d'apprentissage, calcule la distribution de la concentration de matériau cible vraie d'un puits unique pour des résultats de mesure observés. Ladite distribution est calculée pour tous les types de résultats de mesure comprenant des valeurs Cq brutes « numériques » ainsi que Cq « non détectées », ce qui indique qu'aucun signal de fluorescence n'a été détecté pendant tous les cycles et correspond ainsi à aucune ou très peu de molécules cibles. Sur la base de ces informations de distribution provenant de plusieurs puits dupliqués d'un gène d'intérêt et de plusieurs puits dupliqués d'un ou de plusieurs gènes de référence, la distribution de la valeur Delta-Cq vraie est calculée. Afin d'obtenir une variance finie de la valeur Delta-Cq (ce qui ne serait pas le cas si toutes les répliques sont « non détectées »), une limite inférieure est définie sur la valeur Delta-Cq. Cette limite inférieure est choisie si petite qu'aucune information utile concernant les implications cliniques n'est perdue, mais si grande que, même pour des échantillons avec une faible productivité de matériau totale, une estimation fiable de la valeur Delta-Cq est possible.
Designated States: AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CL, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IS, JP, KE, KG, KM, KN, KP, KR, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PE, PG, PH, PL, PT, RO, RS, RU, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, ST, SV, SY, TH, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW.
African Regional Intellectual Property Organization (BW, GH, GM, KE, LR, LS, MW, MZ, NA, SD, SL, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Eurasian Patent Organization (AM, AZ, BY, KG, KZ, MD, RU, TJ, TM)
European Patent Office (AL, AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, MK, MT, NL, NO, PL, PT, RO, RS, SE, SI, SK, SM, TR)
African Intellectual Property Organization (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Publication Language: English (EN)
Filing Language: English (EN)