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1. (WO2011149584) SYSTEM AND METHOD FOR PROPAGATING INFORMATION USING MODIFIED NUCLEIC ACIDS
Latest bibliographic data on file with the International Bureau   

Pub. No.:    WO/2011/149584    International Application No.:    PCT/US2011/029947
Publication Date: 01.12.2011 International Filing Date: 25.03.2011
IPC:
G06F 19/10 (2011.01)
Applicants: EMERALD THERAPEUTICS, INC. [US/US]; 3475-m Edison Way Menlo Park, CA 94025 (US) (For All Designated States Except US).
KLEINBAUM, Daniel, J. [US/US]; (US) (For US Only)
Inventors: KLEINBAUM, Daniel, J.; (US)
Agent: BENT, Stephen, A.; Foley & Lardner LLP 3000 K Street, NW, 6th Floor Washington, DC 20007-5143 (US)
Priority Data:
61/349,012 27.05.2010 US
Title (EN) SYSTEM AND METHOD FOR PROPAGATING INFORMATION USING MODIFIED NUCLEIC ACIDS
(FR) SYSTÈME ET PROCÉDÉ DE PROPAGATION DE L'INFORMATION À L'AIDE D'ACIDES NUCLÉIQUES MODIFIÉS
Abstract: front page image
(EN)A method for improving a nucleic acid-based molecular computing system includes (A) identifying a computing system comprised of (i) a nucleic acid structure that includes an incompletely base-paired duplex domain, (ii) at least one polynucleotide displacement molecule that can bind with the nucleic acid structure under hybridizing conditions, such that the nucleic acid structure undergoes a transition in energy state due to a branch migration reaction involving the duplex domain, and (iii) a clashing polynucleotide molecule that competes with the polynucleotide displacement molecule for binding the nucleic acid structure under the hybridizing conditions but that cannot produce a branch migration reaction involving the duplex domain; then (B) reconfiguring at least one of the displacement molecule and the nucleic acid structure, respectively, to incorporate a chemical modification relative to a first reference molecule that comprises natural nucleosides and has the same sequence content as the displacement molecule or the nucleic acid structure, as the case may be, wherein the modification causes binding of the displacement molecule and the nucleic acid structure to have a hybridization free energy, differing from that of a first reference binding between the displacement molecule or the nucleic acid structure and the first reference molecule, such that the branch migration reaction is facilitated relative to the first reference binding; and/or (C) reconfiguring at least one of the clashing molecule and the nucleic acid structure, respectively, to incorporate a chemical modification relative to a second reference molecule that comprises natural nucleosides and has the same sequence content as the clashing molecule or the nucleic acid structure, as the case may be. The modification effected via such reconfiguring causes binding of the clashing molecule and the nucleic acid structure to have a hybridization free energy, differing from that of a second reference binding between the clashing molecule or the nucleic acid structure and the second reference molecule, such that binding of the clashing molecule is impeded relative to the second reference binding.
(FR)Le procédé ci-décrit qui permet d'améliorer un système de calcul moléculaire basé sur les acides nucléiques comprend (A) l'identification d'un système de calcul comprenant (i) une structure d'acide nucléique qui comprend un domaine duplex à appariement de bases incomplet, (ii) au moins une molécule de déplacement polynucléotidique qui peut se lier à la structure d'acide nucléique dans des conditions d'hybridation, de façon que la structure d'acide nucléique subisse une transition d'état énergétique due à une réaction de migration de ramification impliquant ledit domaine duplex, et (iii) une molécule de clash polynucléotidique qui est en compétition avec la molécule de déplacement polynucléotidique pour la liaison à la structure d'acide nucléique dans les conditions d'hybridation mais qui ne peut pas produire une réaction de migration de ramification impliquant le domaine duplex ; puis (B) la reconfiguration au moins de la molécule de déplacement et/ou de la structure d'acide nucléique, respectivement, pour incorporer une modification chimique par rapport à une première molécule de référence qui comprend des nucléosides naturels et a la même teneur de séquence que la molécule de déplacement ou que la structure d'acide nucléique, le cas échéant, ladite modification induisant la liaison de la molécule de déplacement et de la structure d'acide nucléique pour avoir une énergie d'hybridation libre, différant de celle de la première liaison de référence entre la molécule de déplacement ou la structure d'acide nucléique et la première molécule de référence, pour que la réaction de migration de ramification soit facilitée par rapport à la première liaison de référence ; et/ou (C) la reconfiguration au moins de la molécule de clash et/ou de la structure d'acide nucléique, respectivement, pour incorporer une modification chimique par rapport à une seconde molécule de référence qui comprend des nucléosides naturels et a la même teneur de séquence que la molécule de clash ou que la structure d'acide nucléique, le cas échéant. La modification effectuée par la reconfiguration induit la liaison de la molécule de clash et de la structure d'acide nucléique pour avoir une énergie d'hybridation libre, différant de celle de la seconde liaison de référence entre la molécule de clash ou la structure d'acide nucléique et la seconde molécule de référence, pour que la liaison de la molécule de clash soit empêchée par rapport à la seconde liaison de référence.
Designated States: AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CL, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IS, JP, KE, KG, KM, KN, KP, KR, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PE, PG, PH, PL, PT, RO, RS, RU, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, ST, SV, SY, TH, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW.
African Regional Intellectual Property Organization (BW, GH, GM, KE, LR, LS, MW, MZ, NA, SD, SL, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Eurasian Patent Organization (AM, AZ, BY, KG, KZ, MD, RU, TJ, TM)
European Patent Office (AL, AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, MK, MT, NL, NO, PL, PT, RO, RS, SE, SI, SK, SM, TR)
African Intellectual Property Organization (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Publication Language: English (EN)
Filing Language: English (EN)