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1. (WO2011145955) METHOD AND SYSTEM FOR SEQUENCE CORRELATION
Latest bibliographic data on file with the International Bureau   

Pub. No.:    WO/2011/145955    International Application No.:    PCT/NZ2011/000081
Publication Date: 24.11.2011 International Filing Date: 20.05.2011
IPC:
G06F 19/22 (2011.01)
Applicants: REAL TIME GENOMICS, INC. [US/US]; 576 Folsom Street 2nd Floor San Francisco, California 94105 (US) (For All Designated States Except US).
INGLIS, Stuart, John [NZ/NZ]; (NZ) (For US Only).
TRIGG, Leonard, Eric [NZ/NZ]; (NZ) (For US Only).
LITTIN, Richard, Henry [NZ/US]; (US) (For US Only).
WARE, David, William [NZ/NZ]; (NZ) (For US Only).
IRVINE, Sean, Alistair [NZ/NZ]; (NZ) (For US Only).
CLEARY, John, Gerald [NZ/NZ]; (NZ) (For US Only).
GAYLARD, Graham, Charles [NZ/US]; (US) (For US Only).
RATHOD, Mehul, Kamlesh [IN/NZ]; (NZ) (For US Only)
Inventors: INGLIS, Stuart, John; (NZ).
TRIGG, Leonard, Eric; (NZ).
LITTIN, Richard, Henry; (US).
WARE, David, William; (NZ).
IRVINE, Sean, Alistair; (NZ).
CLEARY, John, Gerald; (NZ).
GAYLARD, Graham, Charles; (US).
RATHOD, Mehul, Kamlesh; (NZ)
Agent: ELLIS TERRY; PO Box 10932 The Terrace Wellington, 6143 (NZ)
Priority Data:
585505 20.05.2010 NZ
585532 21.05.2010 NZ
585984 08.06.2010 NZ
Title (EN) METHOD AND SYSTEM FOR SEQUENCE CORRELATION
(FR) PROCÉDÉ ET SYSTÈME DE CORRÉLATION DE SÉQUENCES
Abstract: front page image
(EN)A method and system for evaluating the correlation between sequences by entering segments of one sequence in a database and comparing segments of the other sequence with index values to find correlated segments. The correlated segments are analysed to determine whether the spacing is within a defined range indicating that a correlation threshold has been met. A processing methodology may be employed whereby a coarse potential alignment algorithm is first applied to determine potential alignment at a plurality of potential alignment positions, which are filtered based on alignment scores, and a fine alignment algorithm is then applied. Systems for performing the method include parallel processing architectures that may employ graphics processors as the parallel processors. This architecture enables correlation within a range to be inherently determined at each processing iteration as the parallel processors act as an N bit window. The method may be employed with a range of sequencers.
(FR)La présente invention concerne un procédé et un système permettant d'évaluer la corrélation entre des séquences en entrant des segments d'une séquence dans une base de données et en comparant des segments de l'autre séquence à des valeurs d'indices de façon à trouver des segments corrélés. Les segments corrélés sont analysés afin de déterminer si l'espacement se situe à l'intérieur d'une plage définie indiquant qu'un seuil de corrélation a été atteint. Il est possible d'employer une méthodologie de traitement telle qu'un algorithme d'alignement potentiel approximatif est appliqué en premier pour déterminer un alignement potentiel au niveau d'une pluralité de positions d'alignement potentiel qui sont filtrées sur la base des résultats d'alignement, et qu'il est ensuite appliqué un algorithme d'alignement fin. Des systèmes de mise en œuvre du procédé comprennent des architectures de traitement parallèle qui peuvent employer des processeurs graphiques au titre des processeurs parallèles. Puisque les processeurs parallèles font office de fenêtre à N bits, cette architecture permet une corrélation à l'intérieur d'une plage devant être déterminée de manière inhérente à chaque itération de traitement. Le procédé peut être utilisé avec divers séquenceurs.
Designated States: AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CL, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IS, JP, KE, KG, KM, KN, KP, KR, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PE, PG, PH, PL, PT, RO, RS, RU, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, ST, SV, SY, TH, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW.
African Regional Intellectual Property Organization (BW, GH, GM, KE, LR, LS, MW, MZ, NA, SD, SL, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Eurasian Patent Organization (AM, AZ, BY, KG, KZ, MD, RU, TJ, TM)
European Patent Office (AL, AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, MK, MT, NL, NO, PL, PT, RO, RS, SE, SI, SK, SM, TR)
African Intellectual Property Organization (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Publication Language: English (EN)
Filing Language: English (EN)