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1. (WO2011137368) SYSTEMS AND METHODS FOR ANALYZING NUCLEIC ACID SEQUENCES
Latest bibliographic data on file with the International Bureau   

Pub. No.:    WO/2011/137368    International Application No.:    PCT/US2011/034611
Publication Date: 03.11.2011 International Filing Date: 29.04.2011
IPC:
G06F 19/22 (2011.01), G06F 19/28 (2011.01), C12Q 1/68 (2006.01)
Applicants: LIFE TECHNOLOGIES CORPORATION [US/US]; C/O Intellevate P.O. Box 52050 Minneapolis, Minnesota 55402 (US) (For All Designated States Except US).
ZHANG, Zheng [US/US]; (US) (For US Only).
GUO, Danwei [CN/US]; (US) (For US Only).
LOU, Yuandan [US/US]; (US) (For US Only).
BRINZA, Dumitru [MD/US]; (US) (For US Only)
Inventors: ZHANG, Zheng; (US).
GUO, Danwei; (US).
LOU, Yuandan; (US).
BRINZA, Dumitru; (US)
Agent: KUAN, Roger; LIFE TECHNOLOGIES CORPORATION C/O iNTELLEVATE P.O. Box 52050 Minneapolis, Minnesota 55402 (US)
Priority Data:
61/330,090 30.04.2010 US
61/406,543 25.10.2010 US
Title (EN) SYSTEMS AND METHODS FOR ANALYZING NUCLEIC ACID SEQUENCES
(FR) SYSTÈMES ET MÉTHODES D'ANALYSE DE SÉQUENCES D'ACIDES NUCLÉIQUES
Abstract: front page image
(EN)Nucleic acid sequence mapping/assembly methods are disclosed. The methods initially map only a contiguous portion of each read to a reference sequence and then extends the mapping of the read at both ends of the mapped contiguous portion until the entire read is mapped (aligned). In various embodiments, a mapping score can be calculated for the read alignment using a scoring function, score (i, j) = M+mx, where M can be the number of matches in the extended alignment, x can be the number of mismatches in the alignment, and m can be a negative penalty for each mismatch. The mapping score can be utilized to rank or choose the best alignment for each read.
(FR)Cette invention concerne des méthodes de cartographie/d'assemblage de séquences d'acides nucléiques. Lesdites méthodes ne cartographient au départ qu'une portion contiguë de chaque lecture par rapport à une séquence référence, puis élargissent la cartographie de la lecture aux deux extrémités de la portion contiguë cartographiée jusqu'à ce que la lecture entière soit cartographiée (alignée). Dans différents modes de réalisation, un score de cartographie peut être calculé pour l'alignement de lecture, en utilisant une fonction, score (i, j) = M + mx, M pouvant être le nombre d'appariements présents dans l'alignement élargi, x le nombre de mésappariements dans l'alignement, et m une pénalité négative pour chaque mésappariement. Le score de cartographie peut être utilisé pour ordonner ou choisir le meilleur alignement pour chaque lecture.
Designated States: AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CL, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IS, JP, KE, KG, KM, KN, KP, KR, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PE, PG, PH, PL, PT, RO, RS, RU, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, ST, SV, SY, TH, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW.
African Regional Intellectual Property Organization (BW, GH, GM, KE, LR, LS, MW, MZ, NA, SD, SL, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Eurasian Patent Organization (AM, AZ, BY, KG, KZ, MD, RU, TJ, TM)
European Patent Office (AL, AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, MK, MT, NL, NO, PL, PT, RO, RS, SE, SI, SK, SM, TR)
African Intellectual Property Organization (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Publication Language: English (EN)
Filing Language: English (EN)