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1. (WO2011137356) SYSTEMS AND METHODS FOR IDENTIFYING EXON JUNCTIONS
Latest bibliographic data on file with the International Bureau   

Pub. No.:    WO/2011/137356    International Application No.:    PCT/US2011/034592
Publication Date: 03.11.2011 International Filing Date: 29.04.2011
IPC:
G06F 19/22 (2011.01), G06F 19/28 (2011.01), C12Q 1/68 (2006.01)
Applicants: LIFE TECHNOLOGIES CORPORATION [US/US]; c/o Intellevate P.O. Box 52050 Minneapolis, Minnesota 55402 (US) (For All Designated States Except US).
VATTA, Paolo [IT/US]; (US) (For US Only).
SAKARYA, Onur [TR/US]; (US) (For US Only).
BREU, Heinz [US/US]; (US) (For US Only).
POPESCU, Liviu [RO/US]; (US) (For US Only).
SIDDIQUI, Asim [CA/US]; (US) (For US Only).
HYLAND, Fiona [IE/US]; (US) (For US Only)
Inventors: VATTA, Paolo; (US).
SAKARYA, Onur; (US).
BREU, Heinz; (US).
POPESCU, Liviu; (US).
SIDDIQUI, Asim; (US).
HYLAND, Fiona; (US)
Agent: SCHELL, David; Life Technologies Corporation Attention: IP Department 5791 Van Allen Way Carlsbad, CA 92008 (US)
Priority Data:
61/330,118 30.04.2010 US
61/426,826 23.12.2010 US
Title (EN) SYSTEMS AND METHODS FOR IDENTIFYING EXON JUNCTIONS
(FR) SYSTÈMES ET MÉTHODES D'IDENTIFICATION DE JONCTIONS D'EXONS
Abstract: front page image
(EN)Systems and methods are used to identify an exon junction from a single read of a transcript. A transcript sample is interrogated and a read sequence is produced using a nucleic acid sequencer. A first exon sequence and a second exon sequence are obtained using the processor. The first exon sequence is mapped to a prefix of the read sequence using the processor. The second exon sequence is mapped to a suffix of the read sequence using the processor. A sum of a number of sequence elements of the first exon sequence that overlap the prefix of the read sequence, of a number of sequence elements of the second exon sequence that overlap the suffix of the read sequence, and of a constant is calculated using the processor. If the sum equals a length of the read sequence, a junction is identified in the read using the processor.
(FR)Cette invention concerne des systèmes et des méthodes utilisés pour identifier une jonction d'exons à partir d'une seule lecture d'un produit de transcription. Un échantillon du produit de transcription est interrogé et une séquence de lecture est produite à l'aide d'un séquenceur d'acides nucléiques. Une première séquence-exon et une seconde séquence-exon sont obtenues à l'aide du processeur. La première séquence-exon est cartographiée avec un préfixe de la séquence de lecture à l'aide du processeur. La seconde séquence-exon est cartographiée avec un suffixe de la séquence de lecture à l'aide du processeur. Le processeur calcule la somme constituée du nombre d'éléments de séquence de la première séquence-exon qui chevauchent le préfixe de la séquence de lecture, et du nombre d'éléments de séquence de la seconde séquence-exon qui chevauchent le suffixe de la séquence de lecture, ainsi qu'une constante. Si la somme obtenue est égale à une longueur de la séquence de lecture, une jonction est repérée dans la lecture à l'aide du processeur.
Designated States: AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CL, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IS, JP, KE, KG, KM, KN, KP, KR, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PE, PG, PH, PL, PT, RO, RS, RU, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, ST, SV, SY, TH, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW.
African Regional Intellectual Property Organization (BW, GH, GM, KE, LR, LS, MW, MZ, NA, SD, SL, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Eurasian Patent Organization (AM, AZ, BY, KG, KZ, MD, RU, TJ, TM)
European Patent Office (AL, AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, MK, MT, NL, NO, PL, PT, RO, RS, SE, SI, SK, SM, TR)
African Intellectual Property Organization (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Publication Language: English (EN)
Filing Language: English (EN)