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1. WO2011067378 - METHOD FOR AMPLIFICATION OF TARGET NUCLEIC ACID

Publication Number WO/2011/067378
Publication Date 09.06.2011
International Application No. PCT/EP2010/068837
International Filing Date 03.12.2010
IPC
C12Q 1/68 2006.01
CCHEMISTRY; METALLURGY
12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
1Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
68involving nucleic acids
CPC
C12Q 1/6837
CCHEMISTRY; METALLURGY
12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS
1Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms
68involving nucleic acids
6813Hybridisation assays
6834Enzymatic or biochemical coupling of nucleic acids to a solid phase
6837using probe arrays or probe chips
Applicants
  • HALO GENOMICS AB [SE]/[SE] (AllExceptUS)
  • ERICSSON, Olof [SE]/[SE] (UsOnly)
  • ISAKSSON, Magnus [SE]/[SE] (UsOnly)
  • JOHANSSON, Henrik [SE]/[SE] (UsOnly)
  • ROOS, Fredrik [SE]/[SE] (UsOnly)
  • FREDRIKSSON, Simon [SE]/[SE] (UsOnly)
  • NILSSON, Mats [SE]/[SE] (UsOnly)
Inventors
  • ERICSSON, Olof
  • ISAKSSON, Magnus
  • JOHANSSON, Henrik
  • ROOS, Fredrik
  • FREDRIKSSON, Simon
  • NILSSON, Mats
Agents
  • DZIEGLEWSKA, Hanna
Priority Data
0921264.803.12.2009GB
Publication Language English (EN)
Filing Language English (EN)
Designated States
Title
(EN) METHOD FOR AMPLIFICATION OF TARGET NUCLEIC ACID
(FR) PROCÉDÉ POUR L'AMPLIFICATION D'UN ACIDE NUCLÉIQUE CIBLE
Abstract
(EN)
The present invention provides a method for amplifying at least one target nucleic acid in a nucleic acid sample, comprising:(a) fragmenting the nucleic acid sample to create at least one target fragment comprising said target nucleic acid and comprising two probe-complementary portions, wherein at least one of said two probe-complementary portions is located at an end of the target fragment; (b) contacting said fragmented nucleic acid sample with at least one probe which is provided with an immobilisation moiety and optionally is immobilised on a solid phase by means of said moiety, and which comprises two target fragment-complementary portions which are complementary in sequence to the probe- complementary portions of the target fragment, wherein said portions of the probe may be adjacent, or separated by an intervening non-target fragment-complementary portion; (c) rendering the fragmented nucleic acid sample single- stranded, wherein the step may occur before, contemporaneously with or after step (b); (d) allowing the probe-complementary portions of the target fragment to hybridise with the target-fragment complementary portions of the probe; (e) if the probe provided in step (b) is not immobilised, immobilising the probe-target fragment hybrid on a solid phase by means of said immobilisation moiety; (f) separating non-immobilised nucleic acid fragments from the solid phase; (g) contacting the solid phase with a ligase to ligate, directly or indirectly, ligatable 5' and 3' ends of the target fragment whereby the target fragment is circularised, wherein where one of said probe-complementary portions of the target fragment is not located at an end of the target fragment, the ligatable end, other than that at which a probe-complementary portion is located, is created by the action of a flap endonuclease or an exonuclease; and (h) amplifying said circularised target fragment. Kits for use in the method of the invention are also provided.
(FR)
La présente invention porte sur un procédé pour l'amplification d'au moins un acide nucléique cible dans un échantillon d'acide nucléique, consistant à : (a) fragmenter l'échantillon d'acide nucléique pour créer au moins un fragment cible comprenant ledit acide nucléique cible et comprenant deux parties complémentaires d'une sonde, au moins l'une desdites deux parties complémentaires d'une sonde étant située à une extrémité du fragment cible ; (b) mettre en contact ledit échantillon d'acide nucléique fragmenté avec au moins une sonde qui est dotée d'une fraction d'immobilisation et éventuellement qui est immobilisée sur une phase solide au moyen de ladite fraction et qui comprend deux parties complémentaires du fragment cible qui sont complémentaires dans l'ordre aux parties complémentaires de la sonde du fragment cible, lesdites parties de la sonde pouvant être adjacentes ou séparées par une partie non complémentaire du fragment cible intercalée ; (c) rendre l'échantillon d'acide nucléique fragmenté simple brin, l'étape pouvant avoir lieu avant l'étape (b), en même temps que l'étape (b) ou après l'étape (b) ; (d) laisser les parties complémentaires de la sonde du fragment cible s'hybrider avec les parties complémentaires du fragment cible de la sonde ; (e) si la sonde fournie dans l'étape (b) n'est pas immobilisée, immobiliser l'hybride sonde-fragment cible sur une phase solide au moyen de ladite fraction d'immobilisation ; (f) séparer les fragments d'acide nucléique non immobilisés de la phase solide ; (g) mettre en contact la phase solide avec une ligase pour ligaturer, directement ou indirectement, les extrémités 5' et 3' aptes à être ligaturées du fragment cible, ce par quoi le fragment cible est circularisé, quand l'une desdites parties complémentaires de la sonde du fragment cible n'est pas située à une extrémité du fragment cible, l'extrémité apte à être ligaturée, autre que celle au niveau de laquelle une partie complémentaire de la sonde est située, étant créée par l'action d'une flap-endonucléase ou d'une exonucléase ; et (h) amplifier ledit fragment cible circularisé. L'invention porte également sur des trousses destinées à être utilisées dans le procédé de l'invention.
Also published as
Latest bibliographic data on file with the International Bureau