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1. (WO2010138626) GENOME-WIDE ANALYSIS OF PALINDROME FORMATION AND DNA METHYLATION
Latest bibliographic data on file with the International Bureau   

Pub. No.:    WO/2010/138626    International Application No.:    PCT/US2010/036245
Publication Date: 02.12.2010 International Filing Date: 26.05.2010
IPC:
C12Q 1/68 (2006.01)
Applicants: FRED HUTCHINSON CANCER RESEARCH CENTER [US/US]; Industry Relations and Technology Transfer MS: J5-110 P.O. Box 19024 Seattle, WA 98109-1024 (US) (For All Designated States Except US).
TAPSCOTT, Stephen J. [US/US]; (US) (For US Only).
TANAKA, Hisashi [JP/US]; (US) (For US Only).
YAO, Meng-Chao [US/CN]; (TW) (For US Only).
DIEDE, Scott J. [US/US]; (US) (For US Only)
Inventors: TAPSCOTT, Stephen J.; (US).
TANAKA, Hisashi; (US).
YAO, Meng-Chao; (TW).
DIEDE, Scott J.; (US)
Agent: POOR, Brian W.; Townsend And Townsend And Crew LLP Two Embarcadero Center, 8th Floor San Francisco, California 94111 (US)
Priority Data:
12/472,311 26.05.2009 US
Title (EN) GENOME-WIDE ANALYSIS OF PALINDROME FORMATION AND DNA METHYLATION
(FR) ANALYSE DE FORMATION DE PALINDROME ET DE MÉTHYLATION D'ADN À L'ÉCHELLE DU GÉNOME
Abstract: front page image
(EN)The present disclosure provides methods for detecting the genome-wide presence of methylated DNA and palindrome formation. The present disclosure also provides methods for specific enrichment of methylated DNA or DNA having a DNA palindrome. These methods have demonstrated that somatic palindromes and methylated DNA occur frequently and are widespread in human cancers. Individual tumor types have a characteristic non-random distribution of palindromes in their genome and a small subset of the palindromic loci are associate with gene amplification. The disclosed method can be used to define the plurality of genomic DNA palindromes and regions having methylated DNA associated with various tumor types and can provide methods for the classification of tumors, and the diagnosis, early detection of cancer as well as the monitoring of disease recurrence and assessment of residual disease.
(FR)La présente invention concerne des procédés de détection de la présence d'ADN méthylé et de formation de palindrome à l'échelle du génome, ainsi que sur des procédés d'enrichissement spécifique d'ADN méthylé ou d'ADN ayant un palindrome d'ADN. Ces procédés ont démontré que des palindromes somatiques et de l'ADN méthylé apparaissent fréquemment et sont largement répandus dans les cancers humains. Des catégories de tumeurs individuelles ont une distribution non aléatoire caractéristique de palindromes dans leur génome, et un petit sous-ensemble des loci palindromiques est associé à une amplification de gène. Le procédé décrit peut être utilisé pour définir la pluralité de palindromes d'ADN génomiques et de régions ayant de l'ADN méthylé associé à divers types de tumeurs, et il peut déboucher sur des procédés pour la classification de tumeurs, et le diagnostic, la détection précoce du cancer ainsi que la surveillance de récurrence de maladie et l'évaluation de maladie résiduelle.
Designated States: AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CL, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IS, JP, KE, KG, KM, KN, KP, KR, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PE, PG, PH, PL, PT, RO, RS, RU, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, ST, SV, SY, TH, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW.
African Regional Intellectual Property Organization (BW, GH, GM, KE, LR, LS, MW, MZ, NA, SD, SL, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Eurasian Patent Organization (AM, AZ, BY, KG, KZ, MD, RU, TJ, TM)
European Patent Office (AL, AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, MK, MT, NL, NO, PL, PT, RO, SE, SI, SK, SM, TR)
African Intellectual Property Organization (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Publication Language: English (EN)
Filing Language: English (EN)