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Pub. No.:    WO/2010/120844    International Application No.:    PCT/US2010/030983
Publication Date: 21.10.2010 International Filing Date: 14.04.2010
G06F 19/00 (2006.01), C12N 15/82 (2006.01)
Applicants: SYNGENTA PARTICIPATIONS AG [CH/CH]; Schwarzwaldallee 215 CH-4058 Basel (CH) (For All Designated States Except US).
GUO, Zhigang [US/US]; (US) (For US Only).
KISHORE, Venkata, Krishna [US/US]; (US) (For US Only).
KADARU, Suresh, Babu [US/US]; (US) (For US Only).
LI, Min [US/US]; (US) (For US Only).
WARNER, Todd, Lee [US/US]; (US) (For US Only).
CATON, Homer, Gene [US/US]; (US) (For US Only)
Inventors: GUO, Zhigang; (US).
KISHORE, Venkata, Krishna; (US).
KADARU, Suresh, Babu; (US).
LI, Min; (US).
WARNER, Todd, Lee; (US).
CATON, Homer, Gene; (US)
SYNGENTA PARTICIPATIONS AG; 3054 E. Cornwallis Road Durham, NC 27709 (US)
Priority Data:
12/425,122 16.04.2009 US
Abstract: front page image
(EN)Provided herein are methods for mapping quantitative trait loci in a connected population of organisms. The invention includes evaluating associations between markers and a trait of interest using network population mapping (NPM). The methods include assembling a network of individual members for association mapping, wherein the members are connected at the allelic level. Members of the network are grouped according to a shared haplotype at one or more marker loci, and the network can be used to identify or validate QTL within the chromosomal region surrounding or flanked by the marker loci. The methods further include a means for estimating and ranking the effects of multiple alleles across the mapping population. Further provided is a novel simple interval mapping model as well as a novel composite interval mapping model for evaluating allele-specific associations across a connected mapping population.
(FR)L'invention porte sur des procédés de mappage de locus de caractère quantitatif dans une population liée d'organismes. L'invention comprend l'évaluation d'associations entre des marqueurs et un caractère d'intérêt à l'aide d'un mappage de population en réseau (NPM). Les procédés comprennent l'assemblage d'un réseau de membres individuels pour un mappage d'association, les membres étant liés au niveau allélique. Les membres du niveau sont groupés selon un haplotype partagé au niveau d'un ou plusieurs locus de marqueur, et le réseau peut être utilisé pour identifier ou valider un locus de caractère quantitatif (QTL) à l'intérieur de la région chromosomique entourant ou encadrée par les locus de marqueur. Les procédés comprennent en outre un moyen d'estimation et de classement des effets de multiples allèles sur la population de mappage. L'invention porte en outre sur un nouveau modèle de mappage à intervalle simple ainsi que sur un nouveau modèle de mappage à intervalle composite pour évaluer des associations spécifiques en allèle sur une population de mappage liée.
Designated States: AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CL, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IS, JP, KE, KG, KM, KN, KP, KR, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PE, PG, PH, PL, PT, RO, RS, RU, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, ST, SV, SY, TH, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW.
African Regional Intellectual Property Organization (BW, GH, GM, KE, LR, LS, MW, MZ, NA, SD, SL, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Eurasian Patent Organization (AM, AZ, BY, KG, KZ, MD, RU, TJ, TM)
European Patent Office (AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, MK, MT, NL, NO, PL, PT, RO, SE, SI, SK, SM, TR)
African Intellectual Property Organization (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Publication Language: English (EN)
Filing Language: English (EN)