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1. (WO2010113789) METHOD FOR DESIGNING PRIMER FOR SELEX METHOD, METHOD FOR PRODUCING PRIMER, METHOD FOR PRODUCING APTAMER, DEVICE FOR DESIGNING PRIMER, AND COMPUTER PROGRAM AND RECORDING MEDIUM FOR DESIGNING PRIMER
Latest bibliographic data on file with the International Bureau   

Pub. No.:    WO/2010/113789    International Application No.:    PCT/JP2010/055345
Publication Date: 07.10.2010 International Filing Date: 26.03.2010
IPC:
C12N 15/09 (2006.01), C12M 1/00 (2006.01), G06F 19/00 (2006.01), C12Q 1/68 (2006.01)
Applicants: NEC Soft, Ltd. [JP/JP]; 18-7, Shinkiba 1-chome, Koto-ku, Tokyo 1368627 (JP) (For All Designated States Except US).
AKITOMI Jou [JP/JP]; (JP) (For US Only).
KATOU Shintarou [JP/JP]; (JP) (For US Only).
YOSHIDA Yoshihito [JP/JP]; (JP) (For US Only)
Inventors: AKITOMI Jou; (JP).
KATOU Shintarou; (JP).
YOSHIDA Yoshihito; (JP)
Agent: TSUJIMARU Koichiro; 301, Bldg. 1, Kyoto Research Park, 134, Chudoji Minami-machi, Shimogyo-ku, Kyoto-shi, Kyoto 6008813 (JP)
Priority Data:
2009-089607 01.04.2009 JP
Title (EN) METHOD FOR DESIGNING PRIMER FOR SELEX METHOD, METHOD FOR PRODUCING PRIMER, METHOD FOR PRODUCING APTAMER, DEVICE FOR DESIGNING PRIMER, AND COMPUTER PROGRAM AND RECORDING MEDIUM FOR DESIGNING PRIMER
(FR) PROCÉDÉ DE CONCEPTION D'AMORCE POUR LA MÉTHODE SELEX, PROCÉDÉ DE PRODUCTION D'AMORCE, PROCÉDÉ DE PRODUCTION D'APTAMÈRE, DISPOSITIF POUR CONCEVOIR UNE AMORCE, ET PROGRAMME INFORMATIQUE ET SUPPORT D'ENREGISTREMENT POUR CONCEVOIR UNE AMORCE
(JA) SELEX法用のプライマーの設計方法、プライマーの製造方法、アプタマーの製造方法、プライマーの設計装置、プライマー設計用コンピュータプログラムおよび記録媒体
Abstract: front page image
(EN)Disclosed is a design method whereby a primer for the SELEX method can be efficiently designed. Specifically disclosed is a method for designing a primer comprising: a step (S1) for generating candidate primer sequences; a step (S2) for evaluating said candidate primer sequences according to a preset standard and thus selecting a candidate primer sequence; a step (S3) for generating random pools, which contain multiple nucleic acid sequences including random sequences and candidate primer sequences, based on the candidate primer sequence selected above; a step (S4) for assuming the structure of each of the nucleic sequences in said random pools and evaluating the thus assumed structure according to a preset standard to thereby select a random pool; and a step (S5) for determining to employ the candidate primer sequence used in the random pool selected above as a primer sequence; characterized in that each of said steps is performed by using a computer.
(FR)L'invention concerne un procédé de conception permettant de concevoir efficacement une amorce pour la méthode SELEX. Elle concerne spécifiquement un procédé de conception d'une amorce comprenant : une étape (S1) de production de séquences d'amorce candidates ; une étape (S2) d'évaluation desdites séquences d'amorce candidates conformément à une norme préétablie, puis la sélection d'une séquence d'amorce candidate ; une étape (S3) de production de pools aléatoires qui contiennent de multiples séquences d'acide nucléique comprenant des séquences aléatoires et des séquences d'amorce candidates, basées sur la séquence d'amorce candidate sélectionnée ci-dessus ; une étape (S4) de prédiction de la structure de chaque séquence d'acide nucléique dans lesdits pools aléatoires et d'évaluation de la structure ainsi prédite conformément à une norme préétablie pour ainsi sélectionner un pool aléatoire ; et une étape (S5) pour la détermination de l'emploi de la séquence d'amorce candidate utilisée dans le pool aléatoire sélectionné ci-dessus comme séquence d'amorce, caractérisée en ce que chacune desdites étapes est effectuée au moyen d'un ordinateur.
(JA) SELEX法用のプライマーを効率良く設計可能な設計方法を提供する。 本発明のプライマー設計方法は、プライマー候補配列を生成する工程(S1)と、予め設定した基準に基づき、前記プライマー候補配列を評価してプライマー候補配列を選択する工程(S2)と、前記選択されたプライマー候補配列に基づき、ランダム配列およびプライマー候補配列を含む核酸配列を複数含むランダムプールを生成する工程(S3)と、前記ランダムプールの各核酸配列の構造を予測し、予め設定された基準に基づき、前記予測構造を評価してランダムプールを選択する工程(S4)と、前記選択されたランダムプールに使用されたプライマー候補配列を、プライマー配列として採用することを決定する工程(S5)とを含み、前記各工程を、コンピュータを用いて実施することを特徴とする。
Designated States: AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CL, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IS, KE, KG, KM, KN, KP, KR, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PE, PG, PH, PL, PT, RO, RS, RU, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, ST, SV, SY, TH, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW.
African Regional Intellectual Property Organization (BW, GH, GM, KE, LR, LS, MW, MZ, NA, SD, SL, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Eurasian Patent Organization (AM, AZ, BY, KG, KZ, MD, RU, TJ, TM)
European Patent Office (AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, MK, MT, NL, NO, PL, PT, RO, SE, SI, SK, SM, TR)
African Intellectual Property Organization (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Publication Language: Japanese (JA)
Filing Language: Japanese (JA)