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1. (WO2010029520) PRIMER AND AMPLIFICATION METHOD FOR FORMING SINGLE STRANDED DNA AMPLICONS
Latest bibliographic data on file with the International Bureau   

Pub. No.:    WO/2010/029520    International Application No.:    PCT/IB2009/054027
Publication Date: 18.03.2010 International Filing Date: 15.09.2009
IPC:
C12Q 1/68 (2006.01)
Applicants: UNIVERSITY OF THE WITWATERSRAND, JOHANNESBURG [ZA/ZA]; 1 Jan Smuts Avenue 2050 Johannesburg (ZA) (For All Designated States Except US).
REKHVIASHVILI, Natela [ZA/ZA]; (ZA) (For US Only).
GOUS, Natasha [ZA/ZA]; (ZA) (For US Only).
SCOTT, Lesley [ZA/ZA]; (ZA) (For US Only).
CAPOVILLA, Alexio [ZA/ZA]; (ZA) (For US Only).
STEVENS, Wendy [ZA/ZA]; (ZA) (For US Only)
Inventors: REKHVIASHVILI, Natela; (ZA).
GOUS, Natasha; (ZA).
SCOTT, Lesley; (ZA).
CAPOVILLA, Alexio; (ZA).
STEVENS, Wendy; (ZA)
Agent: SPOOR & FISHER; P O Box 454 0001 Pretoria (ZA)
Priority Data:
2008/02591 15.09.2008 ZA
Title (EN) PRIMER AND AMPLIFICATION METHOD FOR FORMING SINGLE STRANDED DNA AMPLICONS
(FR) AMORCE ET PROCÉDÉ D’AMPLIFICATION POUR FORMER DES AMPLICONS D’ADN MONOCATÉNAIRE
Abstract: front page image
(EN)This invention describes primers and an amplification method which produce single stranded DNA amplicons from either RNA or DNA. The ssDNA amplicons can be directly combined with detection systems such as NALF, flow cytometry, microarrays and the like. The invention is especially suitable for use in point of care tests. The primers include a short non-target specific sequence for preventing a displaced amplicon from self-priming; a sequence complementary to a strand extended from the primer ('overhang" sequence); a short artificial sequence that forms a link; and a sequence specific forward primer. The forward primer binds to the anti-sense cDNA strand and produces a dsDNA target. The overhang sequence is also extended and the anti-sense strand gets displaced from a nickable site, forming an amplicon with two complementary sequences. These hybridize, forming a partially looped ssDNA amplicon which is unable to bind to another forward primer and cannot be converted into a dsDNA target.
(FR)La présente invention concerne des amorces et un procédé d’amplification qui produisent des amplicons d’ADN monocaténaire à partir d’ARN ou d’ADN. Les amplicons d’ADNsb peuvent être directement combinés à des systèmes de détection tels que NALF, la cytométrie en flux, des micropuces et similaire. L’invention est particulièrement adaptée à une utilisation dans des tests en centre de soins. Les amorces comprennent une séquence spécifique courte non-cible pour empêcher un amplicon déplacé de s’auto-amorcer ; une séquence complémentaire d’un brin allongé à partir de l’amorce (séquence « saillante ») ; une séquence artificielle courte qui forme une liaison ; et une amorce sens séquence-spécifique. L’amorce directe se lie au brin d’ADNc antisens et produit un ADNdb cible. La séquence saillante est également allongée et le brin antisens est déplacé depuis un site de coupure simple brin, formant un amplicon avec deux séquences complémentaires. Celles-ci s’hybrident, formant un amplicon d’ADNsb partiellement bouclé qui est incapable de se lier à une autre amorce sens et ne peut pas être converti en ADNdb cible.
Designated States: AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CL, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IS, JP, KE, KG, KM, KN, KP, KR, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PE, PG, PH, PL, PT, RO, RS, RU, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, ST, SV, SY, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW.
African Regional Intellectual Property Organization (BW, GH, GM, KE, LS, MW, MZ, NA, SD, SL, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Eurasian Patent Organization (AM, AZ, BY, KG, KZ, MD, RU, TJ, TM)
European Patent Office (AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, MK, MT, NL, NO, PL, PT, RO, SE, SI, SK, SM, TR)
African Intellectual Property Organization (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Publication Language: English (EN)
Filing Language: English (EN)