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1. (WO2009064015) IN SILICO SCREENING SYSTEM AND IN SILICO SCREENING METHOD
Latest bibliographic data on file with the International Bureau   

Pub. No.:    WO/2009/064015    International Application No.:    PCT/JP2008/070973
Publication Date: 22.05.2009 International Filing Date: 12.11.2008
IPC:
C40B 30/02 (2006.01), G06F 19/00 (2011.01)
Applicants: In-Silico Sciences, Inc. [JP/JP]; 15-9, Higashiyukigaya 2-chome, Ota-ku, Tokyo 1450065 (JP) (For All Designated States Except US).
UMEYAMA, Hideaki [JP/JP]; (JP) (For US Only).
TAKAYA, Daisuke [JP/JP]; (JP) (For US Only).
SHITAKA, Mayuko [JP/JP]; (JP) (For US Only).
KANOU, Kazuhiko [JP/JP]; (JP) (For US Only).
TERASHI, Genki [JP/JP]; (JP) (For US Only).
KOMATSU, Katsuichiro [JP/JP]; (JP) (For US Only)
Inventors: UMEYAMA, Hideaki; (JP).
TAKAYA, Daisuke; (JP).
SHITAKA, Mayuko; (JP).
KANOU, Kazuhiko; (JP).
TERASHI, Genki; (JP).
KOMATSU, Katsuichiro; (JP)
Agent: SAKAI, Hiroaki; Sakai International Patent Office, Kasumigaseki Building, 2-5, Kasumigaseki 3-chome, Chiyoda-ku, Tokyo 1006020 (JP)
Priority Data:
2007-293751 12.11.2007 JP
Title (EN) IN SILICO SCREENING SYSTEM AND IN SILICO SCREENING METHOD
(FR) SYSTÈME DE CRIBLAGE IN SILICO ET PROCÉDÉ DE CRIBLAGE IN SILICO
(JA) インシリコスクリーニング装置、および、インシリコスクリーニング方法
Abstract: front page image
(EN)A system provided with a compound database which has been prepared by extracting the compound fingerprints with respect to multiple atoms in compounds for the individual candidate compounds, characterized by comprising extracting the compound fingerprints of binding compounds, which have been already known as binding to a family protein having the same or similar steric structure to a target protein, together with the three-dimensional coordinates converted into the coordinate system of the target protein to thereby prepare a binding compound fingerprint set, and, with respect to a candidate compound memorized in the compound database, computing the steric structure as described above of the candidate compound to the target protein so as to optimize the interaction score based on the square average deviation of the compound fingerprint unit having been computed by referring the three-dimensional coordinate of the binding compound fingerprint set as the base.
(FR)L'invention se rapporte à un système doté d'une base de données de composés préparée en extrayant les empreintes des composés par rapport à plusieurs atomes des composés pour les composés candidats individuels, caractérisé par le fait de comprendre l'extraction des empreintes des composés de liaison dont on sait déjà qu'ils se fixent à une protéine apparentée ayant une structure stérique identique ou similaire à celle d'une protéine cible, conjointement avec les coordonnées tridimensionnelles transformées en le système de coordonnées de la protéine cible pour préparer de cette manière un ensemble d'empreintes de composés de liaison et, par rapport à un composé candidat mémorisé dans la base de donnés de composés, le calcul de la structure stérique, comme décrit ci-dessus, du composé candidat à la protéine cible de manière à optimiser le score d'interaction basé sur l'écart-type de l'unité d'empreinte du composé qui a été calculée en se référant aux coordonnées tridimensionnelles de l'ensemble d'empreintes des composés de liaison en tant que base.
(JA)本発明は、化合物中の複数個の原子に係る化合物指紋を候補化合物ごとに抽出して作成された化合物データベースを備え、標的タンパク質と立体構造が同一または類似するファミリータンパク質に結合することが既知の結合化合物について、標的タンパク質の座標系に変換した三次元座標とともに化合物指紋を抽出して結合化合物指紋セットを作成し、化合物データベースに記憶された候補化合物について、結合化合物指紋セットの三次元座標を基底として算出した化合物指紋単位の二乗平均偏差を基礎とする相互作用スコアが最適化されるように、当該候補化合物の標的タンパク質に対する上記立体構造を演算することを特徴とする。
Designated States: AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IS, JP, KE, KG, KM, KN, KP, KR, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PG, PH, PL, PT, RO, RS, RU, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, ST, SV, SY, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW.
African Regional Intellectual Property Organization (BW, GH, GM, KE, LS, MW, MZ, NA, SD, SL, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Eurasian Patent Organization (AM, AZ, BY, KG, KZ, MD, RU, TJ, TM)
European Patent Office (AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, MT, NL, NO, PL, PT, RO, SE, SI, SK, TR)
African Intellectual Property Organization (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Publication Language: Japanese (JA)
Filing Language: Japanese (JA)