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1. (WO2009063270) METHOD FOR THE DESIGN AND ENGINEERING OF OLIGONUCLEOTIDES
Latest bibliographic data on file with the International Bureau   

Pub. No.:    WO/2009/063270    International Application No.:    PCT/IB2007/054589
Publication Date: 22.05.2009 International Filing Date: 12.11.2007
IPC:
G06F 19/20 (2011.01), G06F 19/22 (2011.01)
Applicants: ISTITUTO TUMORI 'Giovanni Paolo II' IRCCS - Laboratorio di Oncologia Sperimentale Clinica [IT/IT]; Via Hanhemann, 10, I-70126 Bari (IT) (For All Designated States Except US).
PARADISO, Angelo [IT/IT]; (IT) (For US Only).
TOMMASI, Stefania [IT/IT]; (IT) (For US Only).
MENOLASCINA, Filippo [IT/IT]; (IT) (For US Only).
MONACO, Alessandro [IT/IT]; (IT) (For US Only).
BEVILACQUA, Vitoantonio [IT/IT]; (IT) (For US Only).
MASTRONARDI, Giuseppe [IT/IT]; (IT) (For US Only)
Inventors: PARADISO, Angelo; (IT).
TOMMASI, Stefania; (IT).
MENOLASCINA, Filippo; (IT).
MONACO, Alessandro; (IT).
BEVILACQUA, Vitoantonio; (IT).
MASTRONARDI, Giuseppe; (IT)
Agent: ROMANO, Giuseppe; Società Italiana Brevetti S.p.A., Piazza di Pietra, 39, I-00186 Rome (IT)
Priority Data:
Title (EN) METHOD FOR THE DESIGN AND ENGINEERING OF OLIGONUCLEOTIDES
(FR) PROCÉDÉ POUR LA CONCEPTION ET L'INGÉNIERIE D'OLIGONUCLÉOTIDES
Abstract: front page image
(EN)The present invention relates to a method for the design of oligonucleotides suitable for PCR, Real time PCR, microarrays and, more generally for DNA and RNA amplification and/or detection, said method allowing a quick and simultaneous computation of more parameters, and computer programs capable of carrying out the method of the invention. The present invention discloses a method and a computer program carrying out said method integrating, all in one, a high functionality, and a number of parameters that are not measured together in the state of the art, for more than one oligonucleotide spamming over a single input sequence starting from sequences in FASTA format and giving a few input data such as threshold temperatures, oligonucleotide length and sampling frequencies.
(FR)La présente invention concerne un procédé pour la conception d'oligonucléotides appropriés pour la PCR, la PCR en temps réel, les microréseaux et, plus généralement, pour l'amplification et/ou la détection d'ADN et d'ARN, ledit procédé permettant un calcul rapide et simultané de davantage de paramètres, et des programmes informatiques capables d'exécuter le procédé de l'invention. La présente invention présente un procédé et un programme informatique exécutant ledit procédé intégrant, tout en un, une fonctionnalité élevée et un nombre de paramètres qui ne sont pas mesurés ensemble dans l'état de l'art, pour plusieurs oligonucléotides s'étendant sur une séquence d'entrée unique en commençant à partir de séquences au format FASTA et en donnant quelques données d'entrée telles que des températures de seuil, une longueur d'oligonucléotide et des fréquences d'échantillonnage.
Designated States: AE, AG, AL, AM, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IS, JP, KE, KG, KM, KN, KP, KR, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PG, PH, PL, PT, RO, RS, RU, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, SV, SY, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW.
African Regional Intellectual Property Organization (BW, GH, GM, KE, LS, MW, MZ, NA, SD, SL, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Eurasian Patent Organization (AM, AZ, BY, KG, KZ, MD, RU, TJ, TM)
European Patent Office (AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, MT, NL, PL, PT, RO, SE, SI, SK, TR)
African Intellectual Property Organization (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Publication Language: English (EN)
Filing Language: English (EN)