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1. (WO2009057757) BASE SEQUENCE DETERMINATION PROGRAM, BASE SEQUENCE DETERMINATION SYSTEM AND BASE SEQUENCE DETERMINATION METHOD
Latest bibliographic data on file with the International Bureau   

Pub. No.:    WO/2009/057757    International Application No.:    PCT/JP2008/069897
Publication Date: 07.05.2009 International Filing Date: 31.10.2008
IPC:
C12M 1/00 (2006.01), C12Q 1/68 (2006.01), G06F 17/30 (2006.01), G06F 19/22 (2011.01), C12N 15/09 (2006.01), G06F 19/14 (2011.01), G06F 19/28 (2011.01)
Applicants: NATIONAL INSTITUTE OF AGROBIOLOGICAL SCIENCES [JP/JP]; 1-2, Kannondai 2-chome, Tsukuba-shi, Ibaraki 3058602 (JP) (For All Designated States Except US).
MIYAO, Akio [JP/JP]; (JP) (For US Only)
Inventors: MIYAO, Akio; (JP)
Agent: SAKAI, Hiroaki; Sakai International Patent Office, Kasumigaseki Building, 2-5, Kasumigaseki 3-chome, Chiyoda-ku, Tokyo 1006020 (JP)
Priority Data:
2007-283480 31.10.2007 JP
Title (EN) BASE SEQUENCE DETERMINATION PROGRAM, BASE SEQUENCE DETERMINATION SYSTEM AND BASE SEQUENCE DETERMINATION METHOD
(FR) PROGRAMME DE DÉTERMINATION DE SÉQUENCE DE BASES, SYSTÈME DE DÉTERMINATION DE SÉQUENCE DE BASES ET PROCÉDÉ DE DÉTERMINATION DE SÉQUENCE DE BASES
(JA) 塩基配列決定プログラム、塩基配列決定装置および塩基配列決定方法
Abstract: front page image
(EN)It is intended to provide a base sequence determination program, a base sequence determination system and a base sequence determination method whereby all of the genomic base sequences can be constructed from a large amount of short base sequences consisting of about several ten bases without referring to the existing base sequences. In this program, the base sequences of two parents carrying a genetic mutation and multiple individuals of the segregating generation thereof are analyzed. By referring the segregation of the mutated position as an indication of the conjugation of the base sequences, base sequence fragments are conjugated while confirming the validity of the segmentation.
(FR)La présente invention concerne un programme de détermination de séquence de bases, un système de détermination de séquence de bases et un procédé de détermination de séquence de bases, par lesquels la totalité des séquences de bases génomiques peuvent être construites à partir d'une grande quantité de séquences de bases courtes consistant en approximativement plusieurs dizaines de bases sans se référer aux séquences de bases existantes. Dans ce programme, les séquences de bases des deux parents portant une mutation génétique et d'individus multiples de la génération par ségrégation de ceux-ci sont analysées. Par référencement de la ségrégation de la position mutée en tant qu'indication de la conjugaison des séquences de bases, des fragments de séquence de bases sont conjugués tout en confirmant la validité de la segmentation.
(JA) 数十塩基程度の短い大量の塩基配列から既存の塩基配列を参照することなく全ゲノム塩基配列を構築することができる塩基配列決定プログラム、塩基配列決定装置および塩基配列決定方法を提供することを課題とする。本発明は、遺伝的変異を持つ2つの親系統とその分離後世代の複数の個体の塩基配列をそれぞれ解析し、塩基配列の繋ぎ合わせの指標として変異部分の分離を参照し、その分離の正当性を確認しながら塩基配列の断片を繋ぎ合わせる。
Designated States: AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IS, JP, KE, KG, KM, KN, KP, KR, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PG, PH, PL, PT, RO, RS, RU, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, ST, SV, SY, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW.
African Regional Intellectual Property Organization (BW, GH, GM, KE, LS, MW, MZ, NA, SD, SL, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Eurasian Patent Organization (AM, AZ, BY, KG, KZ, MD, RU, TJ, TM)
European Patent Office (AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, MT, NL, NO, PL, PT, RO, SE, SI, SK, TR)
African Intellectual Property Organization (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Publication Language: Japanese (JA)
Filing Language: Japanese (JA)