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1. (WO2008100913) EARLY DETECTION AND PROGNOSIS OF COLON CANCERS
Latest bibliographic data on file with the International Bureau   

Pub. No.:    WO/2008/100913    International Application No.:    PCT/US2008/053689
Publication Date: 21.08.2008 International Filing Date: 12.02.2008
IPC:
C12Q 1/68 (2006.01), C12P 19/34 (2006.01), C07H 21/04 (2006.01)
Applicants: THE JOHNS HOPKINS UNIVERSITY [US/US]; 3400 N. Charles Street, Baltimore, MD 21218 (US) (For All Designated States Except US).
ONCOMETHYLOME SCIENCES SA [BE/BE]; CHU, Tour 5 GIGA, Niveau 3 Avenue De L'hospital 11, B-4000 Sart-Tilman (Liege) (BE) (For All Designated States Except US).
BAYLIN, Stephen, B. [US/US]; (US) (For US Only).
SCHUEBEL, Kornel, E. [DE/US]; (US) (For US Only).
CRIEKINGE, Wim, Van [BE/BE]; (BE) (For US Only)
Inventors: BAYLIN, Stephen, B.; (US).
SCHUEBEL, Kornel, E.; (US).
CRIEKINGE, Wim, Van; (BE)
Agent: KAGAN, Sarah, A.; Banner & Witcoff, Ltd., 1100 13th Street, N.W., Suite 1200, Washington, DC 20005-4051 (US)
Priority Data:
60/900,713 12.02.2007 US
Title (EN) EARLY DETECTION AND PROGNOSIS OF COLON CANCERS
(FR) DÉTECTION PRÉCOCE ET PRONOSTIC DE CANCERS DU CÔLON
Abstract: front page image
(EN)We have developed a transcriptome-wide approach to identify genes affected by promoter CpG island hypermethylation and transcriptional silencing in colorectal cancer (CRC). By screening cell lines and validating tumor specific hypermethylation in a panel of primary human CRC samples, we estimate that nearly 5% of all known genes may be promoter methylated in an individual tumor. When directly compared to gene mutations, we find a much larger number of genes hypermethylated in individual tumors, and much higher frequency of hypermethylation within individual genes harboring either genetic or epigenetic changes. Thus, to enumerate the full spectrum of alterations in the human cancer genome, and facilitate the most efficacious grouping of tumors to identify cancer biomarkers and tailor therapeutic approaches, both genetic and epigenetic screens should be undertaken. The genes we identified can be used inter alia diagnostically to detect cancer, pre-cancer, and likelihood of developing cancer.
(FR)L'invention concerne la mise au point d'une technique à l'échelle du transcriptome pour l'identification de gènes présentant une hyperméthylation des îlots CpG et un silençage transcriptionnel dans le cancer colorectal (CCR). Le criblage de lignées cellulaires et la validation de l'hyperméthylation spécifique de tumeur dans un panel d'échantillons CCR humains primaires indiquent qu'environ 5% de tous les gènes connus sont susceptibles de subir une méthylation des promoteurs dans une tumeur individuelle. Lors d'une comparaison directe avec les mutations génétiques, on observe un nombre nettement plus important de gènes hyperméthylés dans les tumeurs individuelles ainsi qu'une fréquence d'hyperméthylation nettement plus élevée dans les gènes individuels présentant des modifications génétiques ou épigénétiques. Par conséquent, pour recenser l'ensemble des modifications dans le génome du cancer humain et pour assurer un regroupement optimal des tumeurs en vue d'une identification de biomarqueurs du cancer et d'une adaptation des techniques thérapeutiques, il convient de réaliser des criblages tant au niveau génétique qu'épigénétique. Les gènes identifiés peuvent être utilisés, entre autres, à des fins diagnostiques pour détecter un cancer, un pré-cancer et le risque de développer un cancer.
Designated States: AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IS, JP, KE, KG, KM, KN, KP, KR, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PG, PH, PL, PT, RO, RS, RU, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, SV, SY, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW.
African Regional Intellectual Property Organization (BW, GH, GM, KE, LS, MW, MZ, NA, SD, SL, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Eurasian Patent Organization (AM, AZ, BY, KG, KZ, MD, RU, TJ, TM)
European Patent Office (AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, MT, NL, NO, PL, PT, RO, SE, SI, SK, TR)
African Intellectual Property Organization (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Publication Language: English (EN)
Filing Language: English (EN)