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1. (WO2007088362) SIMULATION OF A REAL BIOLOGICAL SYSTEM
Latest bibliographic data on file with the International Bureau   

Pub. No.:    WO/2007/088362    International Application No.:    PCT/GB2007/000336
Publication Date: 09.08.2007 International Filing Date: 01.02.2007
IPC:
G06F 19/12 (2011.01)
Applicants: PHYSIOMICS PLC [GB/GB]; The Magdalen Centre, Oxford Science Park, Oxford, OX4 4GA (GB).
FINNEY, Andrew [GB/GB]; (GB) (For US Only)
Inventors: FINNEY, Andrew; (GB)
Agent: MERRYWEATHER, Colin Henry; J.A. Kemp & Co, 14 South Square, Gray's Inn, London WC1R 5JJ (GB)
Priority Data:
0602031.7 01.02.2006 GB
Title (EN) SIMULATION OF A REAL BIOLOGICAL SYSTEM
(FR) SIMULATION D'UN SYSTÈME BIOLOGIQUE RÉEL
Abstract: front page image
(EN)A real biological system is simulated by a population of process cells simulating respective subsystems of the biological system. Each process cell comprises state variables simulating a property of the subsystem, and a cell routine operable to perform an update function which updates the state variables. The cell routine of at least one of the process cells bases the update function on input data derived from state variables of other cells in accordance with a connection scheme simulating interactions between the subsystems. A scheduler schedules the operation of the cell routines of the process cells. At least some of the process cells are reaction network cells simulating a biochemical reaction network of the biological system. The cell routines of the reaction network cells each comprise an ODE solver operable to solve at least one ordinary differential equation expressed in terms of the values of the state variables of the process cell. A creation and/or destruction function simulates creation and/or destruction of the subsystems by adding process cells to and/or removing process cells from the population of process cells. This optimises the utilization of resources such as memory and processing power for implementing the simulation.
(FR)On simule un système biologique réel par une population de cellules de processus simulant les différents sous-systèmes dudit système. Chaque cellule de processus comporte des variables d'état simulant une propriété d'un sous-système, et une routine de cellule comprenant une fonction d'actualisation des variables d'état. La routine de cellule de l'une au moins des cellules de processus base la fonction d'actualisation sur des données d'entrée tirées des variables d'état d'autres cellules, suivant un schéma de connexion simulant les interactions entre les sous-systèmes. Un programmeur programme le fonctionnement des routines des cellules de processus. L'une au moins des cellules de processus est une cellule de réseau réactif simulant le réseau réactif biochimique du système biologique. Les routines des cellules du réseau réactif comportent un résolveur ODE pouvant résoudre au moins une équation différentielle ordinaire dont les termes sont les valeurs des variables d'état des cellules de processus. Une fonction de création et/ou de destruction simule la création et/ou la destruction des sous-systèmes par l'adjonction ou le retrait de cellules de processus de la population de cellules de processus. On optimise ainsi l'utilisation des ressources telles que la mémoire ou la puissance de traitement, nécessaires à la mise en œuvre de la simulation.
Designated States: AE, AG, AL, AM, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IS, JP, KE, KG, KM, KN, KP, KR, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LV, LY, MA, MD, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PG, PH, PL, PT, RO, RS, RU, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, SV, SY, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW.
African Regional Intellectual Property Organization (BW, GH, GM, KE, LS, MW, MZ, NA, SD, SL, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
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African Intellectual Property Organization (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Publication Language: English (EN)
Filing Language: English (EN)