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1. (WO2007087291) ASYMMETRICAL ADAPTERS AND METHODS OF USE THEREOF
Latest bibliographic data on file with the International Bureau   

Pub. No.:    WO/2007/087291    International Application No.:    PCT/US2007/001744
Publication Date: 02.08.2007 International Filing Date: 23.01.2007
IPC:
C12Q 1/68 (2006.01), C12N 15/10 (2006.01)
Applicants: AB ADVANCED GENETIC ANALYSIS CORPORATION [US/US]; 500 Cummings Center, Beverly, MA 01915 (US) (For All Designated States Except US).
SMITH, Douglas, R. [US/US]; (US) (For US Only).
MALEK, Joel, A. [US/US]; (US) (For US Only)
Inventors: SMITH, Douglas, R.; (US).
MALEK, Joel, A.; (US)
Agent: COLLINS, Anne, J.; Hamilton, Brook, Smith & Reynolds, P.C., 530 Virginia Road, P.O. Box 9133, Concord, MA 01742-9133 (US)
Priority Data:
11/338,620 24.01.2006 US
Title (EN) ASYMMETRICAL ADAPTERS AND METHODS OF USE THEREOF
(FR) ADAPTATEURS ASYMETRIQUES ET LEURS PROCEDES D’UTILISATION
Abstract: front page image
(EN)A pair of asymmetrical, partially double-stranded oligonucleotide adapters are provided wherein the pair of adapters comprise a first asymmetrical oligonucleotide adapter comprising a single-stranded 3* overhang and a second asymmetrical double-stranded oligonucleotide adapter comprising a single-stranded 5' overhang and at least one blocking group on the strand of said second asymmetrical oligonucleotide adapter that does not comprise the 51 overhang. Also provided are a pair of double-stranded Y oligonucleotide adapters and a pair of double-stranded bubble oligonucleotide adapters and methods of using said asymmetrical adapters for amplification of at least one double stranded nucleic acid molecule, wherein the amplification produces a plurality of amplified nucleic acid molecules having a different nucleic acid sequence at each end are also described. Also provided is a method for exponentially amplifying one strand in a double- stranded nucleic acid molecule. Also provided are methods for preparing libraries of paired tags using COS-linkers. Also provided are cleavable adapters comprising an affinity tag and a cleavable linkage, wherein cleaving the cleavable linkage produces two complementary ends. Methods of using the cleavable adapters to produce a paired tag library are also described.
(FR)La présente invention concerne une paire d’adaptateurs oligonucléotides partiellement bicaténaires asymétriques comprenant un premier adaptateur oligonucléotide asymétrique comportant une extrémité protubérante monocaténaire (3*) et un second adaptateur oligonucléotide bicaténaire asymétrique comportant une extrémité protubérante monocaténaire (5') et au moins un groupe bloquant sur le brin dudit second adaptateur qui ne comprend pas l’extrémité protubérante (51). L’invention concerne également une paire d’adaptateurs oligonucléotides Y bicaténaires et une paire d’adaptateurs oligonucléotides bulles bicaténaires, et des procédés d’utilisation de ces adaptateurs asymétriques pour amplifier au moins une molécule d’acide nucléique bicaténaire, cette opération produisant une pluralité de molécules d’acide nucléique amplifiées ayant une séquence d’acide nucléique différente à chaque extrémité. L’invention concerne également un procédé d’amplification exponentielle d’un brin dans une molécule d’acide nucléique bicaténaire. L’invention concerne également des procédés de préparation de bibliothèques d’étiquettes appariées à l’aide de lieurs COS. L’invention concerne également des adaptateurs clivables comprenant une étiquette d’affinité et une liaison clivable, le clivage de cette liaison produisant deux extrémités complémentaires. L’invention concerne enfin des procédés d’utilisation des adaptateurs clivables pour produire une bibliothèque d’étiquettes appariées.
Designated States: AE, AG, AL, AM, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IS, JP, KE, KG, KM, KN, KP, KR, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LV, LY, MA, MD, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PG, PH, PL, PT, RO, RS, RU, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, SV, SY, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW.
African Regional Intellectual Property Organization (BW, GH, GM, KE, LS, MW, MZ, NA, SD, SL, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Eurasian Patent Organization (AM, AZ, BY, KG, KZ, MD, RU, TJ, TM)
European Patent Office (AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, NL, PL, PT, RO, SE, SI, SK, TR)
African Intellectual Property Organization (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Publication Language: English (EN)
Filing Language: English (EN)