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1. (WO2007013370) METHOD OF DETERMINING BASE SEQUENCE OF NUCLEIC ACID AND APPARATUS THEREFOR
Latest bibliographic data on file with the International Bureau   

Pub. No.:    WO/2007/013370    International Application No.:    PCT/JP2006/314494
Publication Date: 01.02.2007 International Filing Date: 21.07.2006
Chapter 2 Demand Filed:    17.05.2007    
IPC:
C12N 15/09 (2006.01), C12M 1/00 (2006.01), C12Q 1/68 (2006.01)
Applicants: SHIMADZU CORPORATION [JP/JP]; 1, Kuwabaracho, Nishinokyo, Nakagyo-ku, Kyoto-shi Kyoto 6048511 (JP) (For All Designated States Except US).
Osaka University [JP/JP]; 1-1, Yamadaoka, Suita-shi, Osaka 5650871 (JP) (For All Designated States Except US).
KAWAI, Tomoji [JP/JP]; (JP) (For US Only).
TANAKA, Hiroyuki [JP/JP]; (JP) (For US Only)
Inventors: KAWAI, Tomoji; (JP).
TANAKA, Hiroyuki; (JP)
Agent: NOGUCHI, Shigeo; Noguchi Patent Office, Rapport Nanba Bldg. 9F 8-1, Motomachi 2-chome, Naniwa-ku Osaka-shi, Osaka 5560016 (JP)
Priority Data:
2005-214806 25.07.2005 JP
Title (EN) METHOD OF DETERMINING BASE SEQUENCE OF NUCLEIC ACID AND APPARATUS THEREFOR
(FR) PROCÉDÉ DE DÉTERMINATION DE SÉQUENCE DE BASE D’ACIDE NUCLÉIQUE ET APPAREIL IDOINE
(JA) 核酸の塩基配列を決定する方法及び装置
Abstract: front page image
(EN)In a preferred mode, an exploring needle of probe (2) is positioned at each base of nucleic acid (6), and a tunneling current value is established. Bias voltage is changed stepwise from -6 V to 4 V with respect to the substrate, thereby realizing measuring of an electronic state distribution pattern by observed base image height. The electronic state distribution pattern obtained from each of the bases of the measuring object nucleic acid is collated with those stored in a database. Identification of base species is conducted by determining whether the greatest similarity is realized in pattern matching, thereby attaining an intended base sequence determination.
(FR)Selon un mode préféré de l’invention, une aiguille exploratrice de sonde (2) est positionnée au niveau de chaque base d’acide nucléique (6), et une valeur de courant à effet tunnel est établie. La tension de polarisation est modifiée par paliers de -6 V à 4 V par rapport au substrat, mesurant ainsi un motif de répartition d’état électronique par hauteur d’image de base observée. Le motif de répartition d’état électronique obtenu à partir de chacune des bases de l’acide nucléique d’objet de mesure est collationné avec les éléments stockés dans une base de données. L’identification des espèces de base est réalisée en déterminant si une similarité maximale est réalisée dans l’appariement de motifs, pour ainsi obtenir la détermination de séquence de base prévue.
(JA) 好ましい形態では、核酸6の塩基位置にプローブ2の探針が位置決めされ、トンネル電流値が設定され、バイアス電圧を基板に対して-6Vから4Vまで段階的に変化させることにより、観察される塩基像の高さにより電子状態分布パターンが測定される。測定対象となる核酸の各塩基より得られる電子状態分布パターンをデータベース内のものとを照合し、パターンマッチングにより最も類似度の大きいものがその塩基種であると同定され、塩基配列が決定される。
Designated States: AE, AG, AL, AM, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IS, JP, KE, KG, KM, KN, KP, KR, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LV, LY, MA, MD, MG, MK, MN, MW, MX, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PG, PH, PL, PT, RO, RS, RU, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, SY, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW.
African Regional Intellectual Property Organization (BW, GH, GM, KE, LS, MW, MZ, NA, SD, SL, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Eurasian Patent Organization (AM, AZ, BY, KG, KZ, MD, RU, TJ, TM)
European Patent Office (AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, NL, PL, PT, RO, SE, SI, SK, TR)
African Intellectual Property Organization (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Publication Language: Japanese (JA)
Filing Language: Japanese (JA)