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1. (WO2007008997) TEMPLATE SPECIFIC INHIBITION OF PCR
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Pub. No.: WO/2007/008997 International Application No.: PCT/US2006/027076
Publication Date: 18.01.2007 International Filing Date: 12.07.2006
IPC:
C12P 19/34 (2006.01)
C CHEMISTRY; METALLURGY
12
BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
P
FERMENTATION OR ENZYME-USING PROCESSES TO SYNTHESISE A DESIRED CHEMICAL COMPOUND OR COMPOSITION OR TO SEPARATE OPTICAL ISOMERS FROM A RACEMIC MIXTURE
19
Preparation of compounds containing saccharide radicals
26
Preparation of nitrogen-containing carbohydrates
28
N-glycosides
30
Nucleotides
34
Polynucleotides, e.g. nucleic acids, oligoribonucleotides
Applicants:
THE BOARD OF TRUSTEES OF THE LELAND STANFORD JUNIOR UNIVERSITY [US/US]; 1705 El Camino Real Palo Alto, CA 94306-1106, US (AllExceptUS)
MCCOY, Adam, M. [US/US]; US (UsOnly)
PALUMBI, Stephen, R. [US/US]; US (UsOnly)
Inventors:
MCCOY, Adam, M.; US
PALUMBI, Stephen, R.; US
Agent:
SHERWOOD, Pamela, J.; Bozicevic, Field & Francis LLP 1900 University Avenue, Suite 200 East Palo Alto, CA 94303, US
Priority Data:
60/698,66812.07.2005US
Title (EN) TEMPLATE SPECIFIC INHIBITION OF PCR
(FR) INHIBITION SPECIFIQUE DE MODELES DE REACTION EN CHAINE DE LA POLYMERASE (PCR)
Abstract:
(EN) Template specific inhibition during PCR (TSI-PCR) allows specific inhibition of particular templates without disrupting the amplification of other templates that share amplification primer binding sites. TSI-PCR is achieved by ligation of stop oligos comprising a 3' modification that prevents extension by DNA polymerases. Stop oligos hybridize to a region of the targeted amplicon downstream of the amplification primer. When the stop oligos are perfectly complementary to the target template, they are ligated onto the extending strand during the extension phase of the amplification cycle. This effectively truncates the extending strand at the site where the stop oligo binds and blocks further extension. The truncated products are not full-length and cannot be extended, and therefore do not serve as additional templates during sunsequent rounds of amplification. This results in substantial inhibition over multiple amplification cycles, but only for templates that match the stop oligos.
(FR) Cette invention se rapporte à l'inhibition spécifique de modèles pendant une réaction en chaîne de la polymérase (TSI-PCR) permettant d'obtenir l'inhibition spécifique de modèles particuliers sans interrompre l'amplification d'autres modèles qui partagent des sites de liaison d'amorces d'amplification. La réaction TSI-PCR est obtenue par ligature d'oligos d'arrêt comprenant une modification 3' qui prévient l'extension par des polymérases d'ADN. Des oligos d'arrêt s'hybrident à une région de l'emplicon ciblé en aval de l'amorce d'amplification. Lorsque les oligos d'arrêt sont parfaitement complémentaires au modèle cible, ils sont ligaturés sur le brin en extension pendant la phase d'extension du cycle d'amplification. Ceci tronque effectivement le brin en extension au niveau du site où l'oligo d'arrêt se lie et bloque toute autre extension. Les produits tronqués ne sont pas pleine longueur et ne peuvent pas être étendus. Ils ne peuvent par conséquent pas servir de modèles supplémentaires pendant des cycles d'amplification suivants. Cette invention entraîne l'inhibition substantielle sur de multiples cycles d'amplification, mais uniquement pour des modèles qui correspondent aux oligos d'arrêt.
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Publication Language: English (EN)
Filing Language: English (EN)