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1. (WO2007005769) AUTOMATED QUALITY CONTROL METHOD AND SYSTEM FOR GENETIC ANALYSIS
Latest bibliographic data on file with the International Bureau   

Pub. No.:    WO/2007/005769    International Application No.:    PCT/US2006/025873
Publication Date: 11.01.2007 International Filing Date: 30.06.2006
IPC:
G06F 19/26 (2011.01), G06F 19/20 (2011.01)
Applicants: APPLERA CORPORATION [US/US]; 850, Lincoln Centre Drive, Foster City, CA 94404 (US) (For All Designated States Except US).
WOO, David [CA/US]; (US).
SUBRAMANIUM, Yerramalli [IN/US]; (US)
Inventors: WOO, David; (US).
SUBRAMANIUM, Yerramalli; (US)
Agent: WIESNER, Leland; 366 Cambridge Avenue, Palo Alto, California 94306 (US)
Priority Data:
60/696,127 30.06.2005 US
Title (EN) AUTOMATED QUALITY CONTROL METHOD AND SYSTEM FOR GENETIC ANALYSIS
(FR) PROCEDE ET SYSTEME DE CONTROLE DE QUALITE AUTOMATISEE D'ANALYSE GENETIQUE
Abstract: front page image
(EN)Aspects of the present invention describe a method (302) and apparatus (100) for automating quality control for gene expression data. A computer based device receives gene expression data associated with a spectral species and genetic sample in each well of a plate (302). Gene expression data may be received from a sequence detection instrument performing one or more gene expression related operations for each of the wells of the plate (304). The computer based device identifies gene expression data determined to have anomalous characteristics according to a set of one or more quality control metrics (306) and may conditionally flag one or more wells of the plate affected by the anomalous characteristics (308). Filters can then be selectively applied (310) to temporarily or permanently (314) remove the flagged data from subsequent gene expression studies (316).
(FR)Des aspects de la présente invention concernent un procédé (302) et un appareil (100) permettant d'automatiser le contrôle de qualité de données d'expression de gènes. Un dispositif à base d'ordinateur reçoit des données d'expression de gènes associées à une espèce chimique spectrale et à un échantillon génétique dans chaque puits d'une plaque (302). Des données d'expression de gènes peuvent être reçues d'un instrument de détection de séquence effectuant une ou plusieurs expressions de gènes relatives à des opérations pour chacun des puits de la plaque (304). Ce dispositif à base d'ordinateur identifie des données d'expression de gènes déterminées comme possédant des caractéristiques d'anomalie conformément à un ensemble de mesure(s) de contrôle de qualité (306) et peut sous certaines conditions étiqueter un ou plusieurs puits de cette plaque affectée par les caractéristiques d'anomalie (308). Des filtres peuvent être sélectivement appliqués (310) de façon à supprimer temporairement ou définitivement (314) les données étiquetées des études d'expression de gènes subséquentes (316).
Designated States: AE, AG, AL, AM, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IS, JP, KE, KG, KM, KN, KP, KR, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LV, LY, MA, MD, MG, MK, MN, MW, MX, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PG, PH, PL, PT, RO, RS, RU, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, SY, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW.
African Regional Intellectual Property Organization (BW, GH, GM, KE, LS, MW, MZ, NA, SD, SL, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Eurasian Patent Organization (AM, AZ, BY, KG, KZ, MD, RU, TJ, TM)
European Patent Office (AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, NL, PL, PT, RO, SE, SI, SK, TR)
African Intellectual Property Organization (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Publication Language: English (EN)
Filing Language: English (EN)