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1. (WO2007000379) METHOD FOR COMPUTER-ASSISTED SIMULATION OF BIOLOGICAL RNA-INTERFERENCE EXPERIMENTS
Latest bibliographic data on file with the International Bureau

Pub. No.: WO/2007/000379 International Application No.: PCT/EP2006/062393
Publication Date: 04.01.2007 International Filing Date: 17.05.2006
IPC:
G06F 19/12 (2011.01) ,G06F 19/20 (2011.01)
G PHYSICS
06
COMPUTING; CALCULATING; COUNTING
F
ELECTRIC DIGITAL DATA PROCESSING
19
Digital computing or data processing equipment or methods, specially adapted for specific applications
10
Bioinformatics, i.e. methods or systems for genetic or protein-related data processing in computational molecular biology
12
for modelling or simulation in systems biology, e.g. probabilistic or dynamic models, gene-regulatory networks, protein interaction networks or metabolic networks
G PHYSICS
06
COMPUTING; CALCULATING; COUNTING
F
ELECTRIC DIGITAL DATA PROCESSING
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Digital computing or data processing equipment or methods, specially adapted for specific applications
10
Bioinformatics, i.e. methods or systems for genetic or protein-related data processing in computational molecular biology
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for hybridisation or gene expression, e.g. microarrays, sequencing by hybridisation, normalisation, profiling, noise correction models, expression ratio estimation, probe design or probe optimisation
Applicants:
SIEMENS AKTIENGESELLSCHAFT [DE/DE]; Wittelsbacherplatz 2 80333 München, DE (AllExceptUS)
DEJORI, Mathäus [IT/DE]; DE (UsOnly)
SCHÜRMANN, Bernd [DE/DE]; DE (UsOnly)
STETTER, Martin [DE/DE]; DE (UsOnly)
Inventors:
DEJORI, Mathäus; DE
SCHÜRMANN, Bernd; DE
STETTER, Martin; DE
Common
Representative:
SIEMENS AKTIENGESELLSCHAFT; Postfach 22 16 34 80506 München, DE
Priority Data:
10 2005 030 136.328.06.2005DE
Title (DE) VERFAHREN ZUR RECHNERGESTÜTZTEN SIMULATION VON BIOLOGISCHEN RNA-INTERFERENZ-EXPERIMENTEN
(EN) METHOD FOR COMPUTER-ASSISTED SIMULATION OF BIOLOGICAL RNA-INTERFERENCE EXPERIMENTS
(FR) PROCEDE DE SIMULATION ASSISTEE PAR INFORMATIQUE D'EXPERIENCES BIOLOGIQUES D'INTERFERENCE D'ARN
Abstract:
(DE) Die Erfindung betrifft ein Verfahren zur rechnergestützten Simulation von biologischen RNA-Interferenz-Experimenten zur Bestimmung von RNA-Aktivitäts-Mustern einer Zelle, a) bei dem ein kausales Netz verwendet wird, welches das regulatorische genetische Netzwerk der Zelle derart beschreibt, dass Knoten des kausalen Netzes jeweils die Aktivität einer RNA-Molekülart in der Zelle repräsentieren und Kanten des kausalen Netzes regulatorische Wechselwirkungen zwischen den RNA-Molekülarten der Zelle repräsentieren; b) bei dem die Aktivität von einer oder mehreren RNA- Molekülarten der Zelle blockiert wird, indem deren Aktivität im Wesentlichen auf Null gesetzt wird; c) bei dem unter Verwendung des kausalen Netzes für die blockierten RNA-Molekülarten ein oder mehrere RNA-Aktivitäts-Muster der Zelle generiert werden.
(EN) The invention relates to a method for the computer-assisted simulation of biological RNA-interference experiments in order to determine RNA activity patterns of a cell, a) wherein a casual network, which describes the regulatory genetic network of the cell in such a manner that nodes of the casual network respectively represent the activity of the RNA type of molecule in the cell, and edges of the casual network represent regulatory interactions between the RNA types of molecule cells, is used; b) wherein the activity of one or several RNA-type of molecules of cells is blocked, wherein the activity thereof is essentially set to zero; c) wherein one or several RNA activity patterns of the cell are generated using the casual network for the blocked RNA-type of molecule.
(FR) Procédé de simulation assistée par informatique d'expériences biologiques d'interférence d'ARN pour déterminer des modèles d'activité d'ARN d'une cellule. Selon ledit procédé, (a) un réseau causal est utilisé, qui décrit le réseau génétique régulateur de la cellule de manière telle que des noeuds du réseau causal représentent chacun l'activité d'un type de molécule d'ARN dans la cellule et que les bords du réseau causal représentent des interactions régulatrices entre les types de molécules d'ARN de la cellule, (b) l'activité d'un ou plusieurs types de molécules d'ARN de la cellule est bloquée, ladite activité étant réduite à zéro et (c) un ou plusieurs modèles d'activité d'ARN de la cellule sont produits pour les types de molécules d'ARN bloquées, à l'aide du réseau causal.
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Publication Language: German (DE)
Filing Language: German (DE)