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1. WO2006122215 - METHODS OF MAPPING POLYMORPHISMS AND POLYMORPHISM MICROARRAYS

Publication Number WO/2006/122215
Publication Date 16.11.2006
International Application No. PCT/US2006/018150
International Filing Date 10.05.2006
Chapter 2 Demand Filed 23.04.2007
IPC
C12Q 1/68 2006.1
CCHEMISTRY; METALLURGY
12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
1Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
68involving nucleic acids
CPC
C12Q 1/683
CCHEMISTRY; METALLURGY
12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS
1Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms
68involving nucleic acids
6813Hybridisation assays
6827for detection of mutation or polymorphism
683involving restriction enzymes, e.g. restriction fragment length polymorphism [RFLP]
Applicants
  • STATE OF OREGON ACTING BY & THROUGH THE STATE BOARD OF HIGHER EDUCATION ON BEHALF OF THE UNIVERSITY OF OREGON [US]/[US] (AllExceptUS)
  • JOHNSON, Eric, A. [US]/[US] (UsOnly)
  • LIU, Guowen [CN]/[US] (UsOnly)
  • MILLER, Michael, R. [US]/[US] (UsOnly)
Inventors
  • JOHNSON, Eric, A.
  • LIU, Guowen
  • MILLER, Michael, R.
Agents
  • HARDING, Tanya, M.
Priority Data
60/679,69310.05.2005US
60/782,42414.03.2006US
Publication Language English (en)
Filing Language English (EN)
Designated States
Title
(EN) METHODS OF MAPPING POLYMORPHISMS AND POLYMORPHISM MICROARRAYS
(FR) PROCEDES POUR MAPPER LES POLYMORPHISMES ET MICRORESEAUX DE POLYMORPHISMES
Abstract
(EN) Described herein are methods for the high-throughput discovery and genotyping of nucleotide polymorphisms in DNA, including single nucleotide polymorphism (SNPs) and short deletions and insertions. These methods take advantage of the fact that differences in DNA sequence result in the differential presence of restriction endonuclease digestion sites. Differences can be detected between individuals, or the relative presence detected in a population. Provided approaches involve isolation of short DNA fragments ('tags) near restriction endonuclease sites. The presence of one (or two) of these tags indicates that a site was present. Distinguishable labeling of tags from two individual or populations allows comparative presence of these sites to be assayed on a platform that employs a collection of nucleic acids. Other approaches depend on the differential presence of restriction endonuclease sites, but involve mixing genomic DNA from the two individuals. Regions of DNA with a restriction site in only one individual create an opportunity for primer extension to produce labeled material, which can be assayed on a platform that employs a collection of nucleic acids. Any of a variety of detection platforms can be use with the described approaches. By way of example, highly efficient variant detection microarrays and bead libraries are provided that contain genomic tags with different representations between two populations, so that most elements in the collection of nucleic acids contain an informative SNP between the populations of interest.
(FR) L'invention concerne des procédés de découverte et de génotypage à haut rendement de polymorphismes de nucléotides dans l'ADN, y compris des polymorphismes de nucléotides simples (SNP) et des suppressions et insertions courtes. Ces procédés utilisent le fait que les différences dans une séquence d'ADN provoquent une présence différentielle des sites de digestion d'endonucléase de restriction. Des différences peuvent être détectées entre individus ou la présence relative peut être détectée dans une population. Les méthodes proposées comprennent l'isolation de fragments courts d'ADN (d''étiquettes') à proximité des sites d'endonucléases de restriction. La présence d'une (ou de deux) de ces étiquettes indique qu'un site était présent. Le marquage visible des étiquettes provenant de deux individus ou populations permet d'effectuer le dosage de la présence comparative de ces sites sur une plate-forme qui utilise une collection d'acides nucléiques. D'autres méthodes dépendent de la présence différentielle de sites d'endonucléases de restriction mais nécessitent le mélangeage d'ADN génomique provenant des deux individus. Les régions d'ADN avec un site de restriction chez un seul individu seulement créent la possibilité pour d'extension de l'amorce visant à produire du matériau marqué, qui peut être dosé sur une plate-forme qui utilise une collection d'acides nucléiques. N'importe laquelle d'une variété de plates-formes de détection peut être utilisée avec les méthodes décrites ici. Ainsi, on peut former des bibliothèques de billes et des microréseaux de détection de variants hautement efficaces, qui contiennent des étiquettes génomiques avec des représentations différentes entre deux populations, ce qui permet à la plupart des éléments dans la collection d'acides nucléiques de contenir un SNP informatif entre les populations d'intérêt.
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