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1. (WO2006088860) UNIVERSAL FINGERPRINTING CHIPS AND USES THEREOF
Latest bibliographic data on file with the International Bureau   

Pub. No.:    WO/2006/088860    International Application No.:    PCT/US2006/005161
Publication Date: 24.08.2006 International Filing Date: 14.02.2006
IPC:
G06F 7/00 (2006.01), G01N 33/48 (2006.01)
Applicants: BEATTIE, Kenneth. L. [US/US]; (US).
MALDONADO-RODRIGUEZ, Rogelio [MX/MX]; (MX).
MENDEZ-TENORIO, Alfonso [MX/MX]; (MX).
GUERRA-TREJO, Armando [MX/MX]; (MX).
REYES-ROSALES, Emma [MX/MX]; (MX)
Inventors: BEATTIE, Kenneth. L.; (US).
MALDONADO-RODRIGUEZ, Rogelio; (MX).
MENDEZ-TENORIO, Alfonso; (MX).
GUERRA-TREJO, Armando; (MX).
REYES-ROSALES, Emma; (MX)
Agent: ADLER, Benjamin, A.; ADLER & ASSOCIATES, 8011 Candle Lane, Houston, Texas 77071 (US)
Priority Data:
60/652,832 14.02.2005 US
Title (EN) UNIVERSAL FINGERPRINTING CHIPS AND USES THEREOF
(FR) PUCES D'EMPREINTES UNIVERSELLES ET UTILISATIONS DE CELLES-CI
Abstract: front page image
(EN)The present invention discloses a designing strategy for constructing a set of probes useful for analyzing all or most prokaryotic and eukaryotic genomes. A set of capture probes with optimal fingerprinting properties and highly representative of all possible sequences of an organism can be selected by six sequential steps. Fingerprinting potential of such probes is validated by phylogenetic analysis, which generates results that strongly correlate with phylogenetic trees produced by sequence alignment. The probes generated by the instant methods can be used for detecting an organism, for establishing phylogenetic relationships between different organisms, for detection of single nucleotide polymorphisms and a wide variety of other applications that require genetic analysis.
(FR)L'invention concerne une stratégie de conception destinée à la construction d'un ensemble de sondes utile dans l'analyse de tous les génomes procaryotes et eucaryotes ou de la majorité de ceux-ci. Un ensemble de sondes de capture à propriétés d'empreintes optimales et très représentatif de toutes les séquences possibles d'un organisme peut être sélectionné au cours de six étapes séquentielles. Le potentiel d'empreinte de telles sondes est validé par l'analyse phylogénétique, produisant des résultats à forte corrélation avec les arbres phylogénétiques produits par alignement de séquences. Les sondes produites par les procédés selon l'invention peuvent être utilisées pour détecter un organisme, aux fins d'établissement de relations phylogénétiques entre différents organismes, de manière à détecter des polymorphismes de nucléotides uniques et pour une large palette d'autres applications nécessitant une analyse génétique.
Designated States: AE, AG, AL, AM, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, HR, HU, ID, IL, IN, IS, JP, KE, KG, KM, KN, KP, KR, KZ, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LV, LY, MA, MD, MG, MK, MN, MW, MX, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PG, PH, PL, PT, RO, RU, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, SY, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, YU, ZA, ZM, ZW.
African Regional Intellectual Property Organization (BW, GH, GM, KE, LS, MW, MZ, NA, SD, SL, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Eurasian Patent Organization (AM, AZ, BY, KG, KZ, MD, RU, TJ, TM)
European Patent Office (AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, NL, PL, PT, RO, SE, SI, SK, TR)
African Intellectual Property Organization (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Publication Language: English (EN)
Filing Language: English (EN)