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1. (WO2006086210) METHODS AND COMPOSITIONS FOR TAGGING AND IDENTIFYING POLYNUCLEOTIDES
Latest bibliographic data on file with the International Bureau   

Pub. No.:    WO/2006/086210    International Application No.:    PCT/US2006/003689
Publication Date: 17.08.2006 International Filing Date: 03.02.2006
IPC:
C12Q 1/68 (2006.01)
Applicants: COMPASS GENETICS, LLC [US/US]; 2330 West Joppa Road, Suite 330, Lutherville, Maryland 21093 (US) (For All Designated States Except US).
BRENNER, Sydney [GB/GB]; (GB) (For US Only)
Inventors: BRENNER, Sydney; (GB)
Agent: FRANCIS, Carol, L.; Bozicevic, Field & Francis LLP, 1900 University Avenue, Suite 200, East Palo Alto, CA 94303 (US)
Priority Data:
11/055,187 10.02.2005 US
60/662,167 16.03.2005 US
11/176,927 07.07.2005 US
Title (EN) METHODS AND COMPOSITIONS FOR TAGGING AND IDENTIFYING POLYNUCLEOTIDES
(FR) METHODES ET COMPOSITIONS DE MARQUAGE ET D'IDENTIFICATION DE POLYNUCLEOTIDES
Abstract: front page image
(EN)The invention provides methods and compositions for attaching oligonucleotide tags to polynucleotides for the purpose of carrying out analytical assays in parallel and for decoding the oligonucleotide tags of polynucleotides selected in such assays. Words, or subunits, of oligonucleotide tags index submixtures in successively more complex sets of submixtures (referred to herein as 'tiers' of submixtures) that a polynucleotide goes through while successive words are added to a growing tag. By identifying each word of an oligonucleotide tag, a series of submixtures is identified including the first submixture that contains only a single polynucleotide, thereby providing the identity of the selected polynucleotide. The analysis of the words of an oligonucleotide tag can be carried out in parallel, e.g. by specific hybridization of the oligonucleotide tag to its tag complement on an addressable array; or such analysis can be carried out serially by successive specific hybridizations of labeled word complements, or the like.
(FR)L'invention concerne des méthodes et des compositions servant à fixer des marqueurs oligonucléotidiques sur des polynucléotides pour effectuer des dosages analytiques en parallèle et décoder les marqueurs oligonucléotidiques de polynucléotides sélectionnés dans ces dosages. Des mots, ou sous-unités, de marqueurs oligonucléotidiques indexent des sous-mélanges dans des ensembles successivement plus complexes de sous-mélanges (appelés ici 'étages' de sous-mélanges) qu'un polynucléotide traverse pendant que des mots successifs sont ajoutés à un marqueur croissant. L'identification de chaque mot d'un marqueur oligonucléotidique permet d'identifier une série de sous-mélanges contenant le premier sous-mélange qui contient seulement un polynucléotide unique, ce qui fournit l'identité du polynucléotide sélectionné. L'analyse des mots d'un marqueur oligonucléotidique peut être effectuée en parallèle, par hybridation spécifique du marqueur oligonucléotidique avec son complément de marqueur sur un réseau adressable, par exemple; ou cette analyse peut être effectuée sériellement par hybridations spécifiques successives de compléments de mots marqués, ou analogue.
Designated States: AE, AG, AL, AM, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, HR, HU, ID, IL, IN, IS, JP, KE, KG, KM, KN, KP, KR, KZ, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LV, LY, MA, MD, MG, MK, MN, MW, MX, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PG, PH, PL, PT, RO, RU, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, SY, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, YU, ZA, ZM, ZW.
African Regional Intellectual Property Organization (BW, GH, GM, KE, LS, MW, MZ, NA, SD, SL, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Eurasian Patent Organization (AM, AZ, BY, KG, KZ, MD, RU, TJ, TM)
European Patent Office (AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, NL, PL, PT, RO, SE, SI, SK, TR)
African Intellectual Property Organization (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Publication Language: English (EN)
Filing Language: English (EN)