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1. (WO2006084201) METHOD OF ISOLATING, LABELING AND PROFILING SMALL RNA AND WHOLE-GENOME TRANSCRIPTS
Latest bibliographic data on file with the International Bureau   

Pub. No.:    WO/2006/084201    International Application No.:    PCT/US2006/003977
Publication Date: 10.08.2006 International Filing Date: 06.02.2006
IPC:
C12P 19/34 (2006.01), C07H 21/02 (2006.01)
Applicants: GENOSENSOR CORPORATION [US/US]; 4665 SOUTH ASH AVENUE, Suite G18, Tempe, Arizona 85282 (US) (For All Designated States Except US).
XIA, X. [US/US]; (US) (For All Designated States Except US)
Inventors: XIA, X.; (US)
Agent: THE LUTHER LAW FIRM, PLC; 12198 E. Columbine Drive, Scottsdale, Arizona 85259 (US)
Priority Data:
60/650,034 04.02.2005 US
11/116,915 28.04.2005 US
Title (EN) METHOD OF ISOLATING, LABELING AND PROFILING SMALL RNA AND WHOLE-GENOME TRANSCRIPTS
(FR) PROCEDE PERMETTANT D'ISOLER, DE MARQUER ET D'ETABLIR LE PROFIL DE PETITS ARN ET DE TRANSCRITS GENOMIQUES COMPLETS
Abstract: front page image
(EN)Disclosed herein is a method of selectively labeling non-messenger RNA molecules by isolating total RNA from a tissue or cell, dissolving the isolated RNA, blocking 3' ends of the RNA and adding T4 RNA ligase and a labeled nucleic acid adaptor, with the result that the T4 RNA ligase ligates the adaptor only to RNA having a 5' phosphate group such as small RNAs. A method of labeling the 5' end of mRNA isolates total RNA from a tissue or cell, dissolves RNA in RNase-free water, removes a 5' cap structure from the mRNA using tobacco acid pyrophosphatase (TAP), removes the TAP, blocks the 3' end of the RNA molecules; and ligates an adaptor to the RNA by adding T4 RNA ligase and a labeled DNA or RNA adaptor. A method of amplifying and labeling non-capped RNAs and/or capped RNAs is useful in expression analysis of the whole-genome transcripts from cells and tissues. Sense and antisense transcripts are labeled from different experimental approaches. In another embodiment, there is disclosed a method of sequence selection and probe design. Probes are designed complementary to the labeled target RNA. For small RNAs, sequences are selected for detections of mature, counterparts (ig miR*), and precursors. In another embodiment, there is disclosed a method of expression profiling small RNA by separating labeled RNA from capped RNA, providing a microarray comprising a plurality of probes hybridizable to small RNA, incubating the labeled small RNA with the microarray, washing unhybridized RNA from the microarray and drying the microarray, staining hybridized RNA on the microarray; and scanning the labeled microarray to determine the identity and quantity of labeling to the various nu'RNA probe sites and thus providing an expression profile of small RNA.
(FR)L'invention concerne un procédé permettant de marquer sélectivement des molécules d'ARN non messager, consistant à isoler l'ARN total d'un tissu ou d'une cellule, à dissoudre l'ARN isolé, à bloquer les extrémités 3' de l'ARN et à ajouter une T4 ARN ligase et un adapteur d'acide nucléique marqué, pour que la T4 ARN ligase ligature l'adapteur uniquement à l'ARN comportant un groupe phosphate 5', tel que des petits ARN. L'invention concerne également un procédé permettant de marquer l'extrémité 5' d'un ARNm, consistant à isoler un ARN total d'un tissu ou d'une cellule, à dissoudre l'ARN dans de l'eau sans RNase, à retirer une structure de coiffe 5' de l'ARNm à l'aide de pyrophosphatase acide du tabac (TAP), à retirer la pyrophosphatase acide du tabac, à bloquer l'extrémité 3' des molécules d'ARN; et à ligaturer un adapteur à l'ARN en ajoutant une ligase T4 ARN et un ADN marqué ou un adapteur d'ARN. L'invention concerne également un procédé permettant d'amplifier et de marquer des ARN non coiffés et/ou coiffés, utile pour l'analyse de l'expression de transcrits génomiques complets cellulaires ou tissulaires. L'invention concerne également des transcrits sens ou antisens marqués à partir de différentes approches expérimentales. L'invention concerne également un procédé qui, dans un autre mode réalisation, permet de sélectionner des séquences et de concevoir des sondes. Ces sondes sont conçues de façon complémentaire par rapport à l'ARN cible marqué. Pour les petits ARN, les séquences sont sélectionnées pour la détection d'homologues (ig miR*) adultes, et de précurseurs. L'invention concerne également un procédé qui, dans un autre mode de réalisation, permet d'établir le profil d'expression d'un petit ARN, consistant à séparer un ARN marqué d'un ARN coiffé, à fournir un microréseau comportant une pluralité de sondes pouvant être hybridées avec un petit ARN, à incuber le petit ARN marqué avec le microréseau, à laver l'ARN non hybridé du microréseau et à sécher le microréseau, à colorer l'ARN hybridé sur le microréseau, et à balayer le microréseau marqué pour déterminer l'identité et la quantité de marquage des différents sites de sondes d'ARNmi et à fournir ainsi un profil d'expression du petit ARN.
Designated States: AE, AG, AL, AM, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, HR, HU, ID, IL, IN, IS, JP, KE, KG, KM, KN, KP, KR, KZ, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LV, LY, MA, MD, MG, MK, MN, MW, MX, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PG, PH, PL, PT, RO, RU, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, SY, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, YU, ZA, ZM, ZW.
African Regional Intellectual Property Organization (BW, GH, GM, KE, LS, MW, MZ, NA, SD, SL, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
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African Intellectual Property Organization (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Publication Language: English (EN)
Filing Language: English (EN)