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1. (WO2006083262) METHOD FOR ENHANCED ACCURACY IN PREDICTING PEPTIDES ELUTION TIME USING LIQUID SEPARATIONS OR CHROMATOGRAPHY
Latest bibliographic data on file with the International Bureau   

Pub. No.:    WO/2006/083262    International Application No.:    PCT/US2005/015604
Publication Date: 10.08.2006 International Filing Date: 05.05.2005
IPC:
C07K 1/16 (2006.01), G06F 19/00 (2011.01), B01D 15/08 (2006.01)
Applicants: BATTELLE MEMORIAL INSTITUTE [US/US]; PACIFIC NORTHWEST DIVISION, INTELLECTUAL PROPERTY LEGAL SERVICES, P.O. Box 999, Richland, Virginia 99352 (US) (For All Designated States Except US).
PETRITIS, Konstantinos [GR/US]; (US) (For US Only).
KANGAS, Lars, J. [SE/US]; (US) (For US Only).
ANDERSON, Gordon, A. [US/US]; (US) (For US Only).
SMITH, Richard, D. [US/US]; (US) (For US Only)
Inventors: PETRITIS, Konstantinos; (US).
KANGAS, Lars, J.; (US).
ANDERSON, Gordon, A.; (US).
SMITH, Richard, D.; (US)
Agent: BRANTON, Vincent, A.; BATTELLE MEMORIAL INSTITUTE, P.O. Box 999 (MSIN K1-53), Richland, Washington 99352 (US)
Priority Data:
10/846,188 14.05.2004 US
Title (EN) METHOD FOR ENHANCED ACCURACY IN PREDICTING PEPTIDES ELUTION TIME USING LIQUID SEPARATIONS OR CHROMATOGRAPHY
(FR) PROCEDE DE PRECISION AMELIOREE POUR PREVOIR LE TEMPS D'ELUTION DES PEPTIDES PAR SEPARATIONS DE LIQUIDES OU PAR CHROMATOGRAPHIE
Abstract: front page image
(EN)A method for predicting the elution time of a peptide in chromatographic and electrophoretic separations by first providing a data set of known elution times of known peptides, then creating a plurality of vectors, each vector having a plurality of dimensions, and each dimension representing positional information about at least a portion of the amino acids present in the known peptides. A hypothetical vector is then created by assigning dimensional values for at least one hypothetical peptide, and a predicted elution time for the hypothetical vector is created by performing at least one multivariate regression fitting the hypothetical peptide to the plurality of vectors. Preferably, the multivariate regression is accomplished by the use of an artificial neural network and the elution times are first normalized using linear regression.
(FR)L'invention concerne un procédé pour prévoir le temps d'élution d'un peptide dans des séparations chromatographiques et électrophorétiques, comprenant la première mise en place d'un ensemble de données de temps d'élution connus de peptides connus, puis la création d'une pluralité de vecteurs, chaque vecteur présentant une pluralité de dimensions, et chaque dimension représentant des informations de position autour d'au moins une partie des aminoacides présents dans les peptides connus. Un vecteur hypothétique est ensuite créé par attribution de valeurs dimensionnelles pour au moins un peptide hypothétique, un temps d'élution prévu pour le vecteur hypothétique est ensuite créé grâce à la réalisation d'une régression multidimensionnelle raccordant le peptide hypothétique à la pluralité de vecteurs. De préférence, la régression multidimensionnelle est effectuée par l'utilisation d'un réseau neural artificiel et les temps d'élution sont normalisés au moyen d'une régression linéaire.
Designated States: AE, AG, AL, AM, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, HR, HU, ID, IL, IN, IS, JP, KE, KG, KM, KP, KR, KZ, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LV, MA, MD, MG, MK, MN, MW, MX, MZ, NA, NI, NO, NZ, OM, PG, PH, PL, PT, RO, RU, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, SY, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, YU, ZA, ZM, ZW.
African Regional Intellectual Property Organization (BW, GH, GM, KE, LS, MW, MZ, NA, SD, SL, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Eurasian Patent Organization (AM, AZ, BY, KG, KZ, MD, RU, TJ, TM)
European Patent Office (AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, MC, NL, PL, PT, RO, SE, SI, SK, TR)
African Intellectual Property Organization (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Publication Language: English (EN)
Filing Language: English (EN)