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1. (WO2006013131) METHOD FOR ANALYSING CELL REGULATORY GENETIC NETWORK
Latest bibliographic data on file with the International Bureau   

Pub. No.:    WO/2006/013131    International Application No.:    PCT/EP2005/052783
Publication Date: 09.02.2006 International Filing Date: 16.06.2005
IPC:
G06F 19/12 (2011.01)
Applicants: SIEMENS AKTIENGESELLSCHAFT [DE/DE]; Wittelsbacherplatz 2, 80333 München (DE) (For All Designated States Except US).
DEJORI, Mathäus [IT/DE]; (DE) (For US Only).
STETTER, Martin [DE/DE]; (DE) (For US Only)
Inventors: DEJORI, Mathäus; (DE).
STETTER, Martin; (DE)
Common
Representative:
SIEMENS AKTIENGESELLSCHAFT; Postfach 22 16 34, 80506 München (DE)
Priority Data:
10 2004 037 025.7 30.07.2004 DE
Title (DE) VERFAHREN ZUR ANALYSE EINES REGULATORISCHEN GENETISCHEN NETZWERKS EINER ZELLE
(EN) METHOD FOR ANALYSING CELL REGULATORY GENETIC NETWORK
(FR) PROCEDE POUR ANALYSER UN RESEAU DE REGULATION GENETIQUE D'UNE CELLULE
Abstract: front page image
(DE)Das Verfahren zur Analyse eines regulatorischen genetischen Netzwerks besteht aus folgenden Schritten: Zunächst werden differentiell exprimierte Gene in eine erste Menge aufgenommen. Weiterhin werden Transkriptionsfaktoren in eine zweite Menge aufgenommen. Für jeden Transkriptionsfaktor der zweiten Menge wird nun nach regulatorischen Beziehungen zu den Genen der ersten Menge gesucht. Es werden Transkriptionsfaktoren der zweiten Menge ausgewählt, die überdurchschnittlich viele Gene der ersten Menge regulieren. Diese ausgewählten Transkriptionsfaktoren werden gemeinsam mit den differentiell exprimierten Genen der ersten Menge in eine erweiterte erste Menge aufgenommen. Die Analyse des regulatorischen genetischen Netzwerks der Zelle wird nun auf Grundlage der erweiterten ersten Menge von Genen vorgenommen.
(EN)The invention relates to a method for analysing a regulatory network consisting in incorporating differentially expressed genes into a first set, in incorporating transcription factors in a second set, in seeking after regulatory relationships between the genes of the first set and each transcription factor of the second set, in selecting the transcription factors of the second set which regulate the multitude of genes of the first set in an above-average manner, in incorporating the selected transcription factors with the differentially expressed genes of the first set into the extended first set and in analysing the regulatory genetic network of a cell on the basis of the first extended gene set.
(FR)L'invention concerne un procédé pour analyser un réseau de régulation génétique, comprenant les étapes suivantes : intégration de gènes exprimés de manière différentielle dans un premier ensemble ; intégration de facteurs de transcription dans un deuxième ensemble ; recherche de relations de régulation entre les gènes du premier ensemble et chaque facteur de transcription du deuxième ensemble ; sélection de facteurs de transcription du deuxième ensemble qui régulent, de manière supérieure à la moyenne, de nombreux gènes du premier ensemble ; intégration des facteurs de transcription sélectionnés avec les gènes exprimés de manière différentielle du premier ensemble dans un premier ensemble élargi ; analyse du réseau de régulation génétique de la cellule sur la base du premier ensemble élargi de gènes.
Designated States: AE, AG, AL, AM, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, HR, HU, ID, IL, IN, IS, JP, KE, KG, KM, KP, KR, KZ, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LV, MA, MD, MG, MK, MN, MW, MX, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PG, PH, PL, PT, RO, RU, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, SY, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, YU, ZA, ZM, ZW.
African Regional Intellectual Property Organization (BW, GH, GM, KE, LS, MW, MZ, NA, SD, SL, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Eurasian Patent Organization (AM, AZ, BY, KG, KZ, MD, RU, TJ, TM)
European Patent Office (AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, MC, NL, PL, PT, RO, SE, SI, SK, TR)
African Intellectual Property Organization (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Publication Language: German (DE)
Filing Language: German (DE)