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1. (WO2006012902) CREATION OF DIVERSITY IN POLYPEPTIDES
Latest bibliographic data on file with the International Bureau   

Pub. No.:    WO/2006/012902    International Application No.:    PCT/DK2005/000515
Publication Date: 09.02.2006 International Filing Date: 02.08.2005
IPC:
C12N 9/10 (2006.01), C12N 9/28 (2006.01), G06G 7/48 (2006.01), A21D 8/04 (2006.01)
Applicants: NOVOZYMES A/S [DK/DK]; Krogshøjvej 36, DK-2880 Bagsværd (DK) (For All Designated States Except US).
SVENDSEN, Allan [DK/DK]; (DK) (For US Only).
BEIER, Lars [DK/DK]; (DK) (For US Only)
Inventors: SVENDSEN, Allan; (DK).
BEIER, Lars; (DK)
Common
Representative:
NOVOZYMES A/S; Krogshøjvej 36, Att: Patents, DK-2880 Bagsværd (DK)
Priority Data:
60/598,150 02.08.2004 US
Title (EN) CREATION OF DIVERSITY IN POLYPEPTIDES
(FR) CREATION DE DIVERSITE DANS DES POLYPEPTIDES
Abstract: front page image
(EN)The inventors realized that the diversity generated by conventional methods may be limited by steric hindrance between amino acid residues in the three-dimensional structures of the resulting polypeptides. The steric hindrance may occur between amino acid residues at widely different positions in the amino acid sequences, e.g. between residues in two different domains of the 3D structure, and resulting polypeptides which include such steric hindrance may never be observed in the conventional recombination methods because they may be expressed in poor yields or may have poor activity or stability. The inventors developed a method to identify and alleviate such steric hindrance in the resulting polypeptides. In an alignment of the three-dimensional structures, steric hindrance is indicated when residues from two different structures are located within a certain distance. Pairs of residues at corresponding positions in the amino acid sequences are not considered, and residues close to the surface (high solvent accessibility) are considered to be less prone to steric hindrance.
(FR)On a constaté que la diversité générée par des méthodes classiques peut être limitée par encombrement stérique entre des résidus d'acides aminés dans les structures tridimensionnelles des polypeptides résultants. L'encombrement stérique peut se produire entre des résidus d'acides aminés au niveau de positions radicalement différentes dans les séquences d'acides aminés, par exemple, entre des résidus de deux domaines différents de la structure 3D, et les polypeptides résultants qui comprennent ledit encombrement stérique peuvent ne jamais être observés dans les méthodes de recombinaison classiques étant donné qu'ils peuvent être exprimés à faibles quantités ou peuvent présenter une activité ou une stabilité faible. On a développé une méthode permettant d'identifier et d'atténuer ledit encombrement stérique dans les polypeptides ainsi obtenus. Dans un alignement des structures tridimensionnelles, l'encombrement stérique est indiqué lorsque des résidus de deux structures différentes sont situés à une certaine distance. Les paires de résidus au niveau de positions correspondantes dans les séquences d'acides aminés ne sont pas considérées et les résidus proches de la surface (accessibilité au solvant élevée) sont considérés comme étant moins enclins à l'encombrement stérique.
Designated States: AE, AG, AL, AM, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, HR, HU, ID, IL, IN, IS, JP, KE, KG, KM, KP, KR, KZ, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LV, MA, MD, MG, MK, MN, MW, MX, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PG, PH, PL, PT, RO, RU, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, SY, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, YU, ZA, ZM, ZW.
African Regional Intellectual Property Organization (BW, GH, GM, KE, LS, MW, MZ, NA, SD, SL, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Eurasian Patent Organization (AM, AZ, BY, KG, KZ, MD, RU, TJ, TM)
European Patent Office (AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, NL, PL, PT, RO, SE, SI, SK, TR)
African Intellectual Property Organization (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Publication Language: English (EN)
Filing Language: English (EN)