WIPO logo
Mobile | Deutsch | Español | Français | 日本語 | 한국어 | Português | Русский | 中文 | العربية |
PATENTSCOPE

Search International and National Patent Collections
World Intellectual Property Organization
Search
 
Browse
 
Translate
 
Options
 
News
 
Login
 
Help
 
Machine translation
1. (WO2005118877) PRODUCING, CATALOGING AND CLASSIFYING SEQUENCE TAGS
Latest bibliographic data on file with the International Bureau   

Pub. No.:    WO/2005/118877    International Application No.:    PCT/US2005/019715
Publication Date: 15.12.2005 International Filing Date: 02.06.2005
IPC:
C12Q 1/68 (2006.01)
Applicants: VICUS BIOSCIENCE, LLC [US/US]; 24 Farmington Drive, Hamden, CT 06518 (US) (For All Designated States Except US).
KAUFMAN, Joseph, C. [US/US]; (US) (For US Only)
Inventors: KAUFMAN, Joseph, C.; (US)
Agent: LECUYER, Karen, A.; Cantor Colburn LLP, 55 Griffin Road South, Bloomfield, CT 06002 (US)
Priority Data:
60/576,379 02.06.2004 US
Title (EN) PRODUCING, CATALOGING AND CLASSIFYING SEQUENCE TAGS
(FR) PRODUCTION, CATALOGAGE ET CLASSIFICATION D'ETIQUETTES DE SEQUENCE
Abstract: front page image
(EN)The described method provides, methods, and kits to produce, identify, catalog and classify a comprehensive collection of nucleic acid targets produced from a nucleic acid sample. The method, referred to as Cataloging and Classification of Sequence Tags, involves generating a set of target nucleic acid fragments; coupling the target nucleic acid fragments to a nucleic acid bridge comprising, for example, two or more primer binding sites and two recognition sites for cleavage at a site offset from the recognition site to the fragment's end; and cleaving the fragments to generate chimeric nucleic acids of known length. The nucleic acid bridge is thus disposed between the two nucleic acid fragments in the chimeric nucleic acid. The resulting duplex nucleic acids comprise a set of sequence tags (i.e., by amplification using universal primers), comprising an addressable portion, a target nucleic portion and a portion of the nucleic acid bridge. Single-stranded or partial duplex sequence tags may be captured by coupling to a complementary capture probe. Capture probe­sequence tag hybrids, may be detected employing a labeled detector probe. The method allows a complex sample of nucleic acids to be cataloged in a reproducible and sequence­specific manner. The method further provides methods for analysis of the above sample to classify the sequence tags; determine the presence and relative amounts of sequences of interest; derive expressed genes signatures and differential gene expression signatures; and identify putative expressed sequence tags (EST).
(FR)La présente invention concerne des procédés et des kits pour produire, identifier, cataloguer et classifier une collection complète de cibles d'acide nucléique produites à partir d'un échantillon d'acide nucléique. Le procédé, mentionné en tant que procédé de catalogage et classification d'étiquettes de séquence, comprend la production d'un ensemble de fragments d'acide nucléique; le couplage des fragments d'acide nucléique cibles à un pont d'acide nucléique comprenant, par exemple, au moins deux sites de liaison d'amorce et deux sites de reconnaissance permettant la coupure au niveau d'un site décalé par rapport au site de reconnaissance, vers l'extrémité du fragment; et la coupure des fragments pour produire des acides nucléiques chimères de longueur connue. Le pont d'acide nucléique est ainsi disposé entre deux fragments d'acide nucléique dans l'acide nucléique chimère. Les acides nucléiques duplexés ainsi obtenus, comprennent un ensemble d'étiquettes de séquence (par ex, par amplification au moyen d'amorces universelles), comprenant une partie adressable, une partie nucléique cible, et une partie du pont d'acide nucléique. Des étiquettes de séquence simple brin ou duplexées partielles, peuvent être capturées par couplage à une sonde de capture complémentaire. Des hybrides d'étiquettes de séquence de sonde de capture, peuvent être détectés au moyen d'une sonde de détection marquée. Le procédé permet à un échantillon complexe d'acides nucléiques, d'être catalogué d'une manière séquence spécifique et reproductible. L'invention concerne également des procédés permettant l'analyse de l'échantillon mentionné ci-dessus, pour classifier les étiquettes de séquence; déterminer la présence et des quantités relatives de séquence d'intérêt; en déduire des signatures de gènes exprimés et des signatures d'expression de gènes différentielles; et identifier les étiquettes de séquence exprimées putatives (expressed sequence tags / EST).
Designated States: AE, AG, AL, AM, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, HR, HU, ID, IL, IN, IS, JP, KE, KG, KM, KP, KR, KZ, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LV, MA, MD, MG, MK, MN, MW, MX, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PG, PH, PL, PT, RO, RU, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, SY, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, YU, ZA, ZM, ZW.
African Regional Intellectual Property Organization (BW, GH, GM, KE, LS, MW, MZ, NA, SD, SL, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Eurasian Patent Organization (AM, AZ, BY, KG, KZ, MD, RU, TJ, TM)
European Patent Office (AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, MC, NL, PL, PT, RO, SE, SI, SK, TR)
African Intellectual Property Organization (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Publication Language: English (EN)
Filing Language: English (EN)