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1. (WO2005106033) CLASSIFICATION OF ORGANISMS BASED ON GENOME REPRESENTING ARRAYS
Latest bibliographic data on file with the International Bureau   

Pub. No.:    WO/2005/106033    International Application No.:    PCT/NL2005/000327
Publication Date: 10.11.2005 International Filing Date: 29.04.2005
IPC:
C12Q 1/68 (2006.01)
Applicants: NEDERLANDSE ORGANISATIE VOOR TOEGEPAST- NATUURWETENSCHAPPELIJK ONDERZOEK TNO [NL/NL]; Schoemakerstraat 97, NL-2628 VK Delft (NL) (For All Designated States Except US).
SCHUREN, Frank, Henri, Johan [NL/NL]; (NL) (For US Only).
CASPERS, Martinus, Petrus, Maria [NL/NL]; (NL) (For US Only).
VAN DER WERFF - VAN DER VAT, Bianca, Johanna, Catherina [NL/NL]; (NL) (For US Only).
MONTIJN, Roy, Christiaan [NL/NL]; (NL) (For US Only)
Inventors: SCHUREN, Frank, Henri, Johan; (NL).
CASPERS, Martinus, Petrus, Maria; (NL).
VAN DER WERFF - VAN DER VAT, Bianca, Johanna, Catherina; (NL).
MONTIJN, Roy, Christiaan; (NL)
Agent: WINCKELS, J.H.F.; Johan de Wittlaan 7, NL-2517 JR Den Haag (NL)
Priority Data:
04076309.6 29.04.2004 EP
Title (EN) CLASSIFICATION OF ORGANISMS BASED ON GENOME REPRESENTING ARRAYS
(FR) CLASSIFICATION D'ORGANISMES EN FONCTION DE JEUX ORDONNES REPRESENTANT UN GENOME
Abstract: front page image
(EN)The invention relates to a method of preparing clusters of reference hybridization patterns for a sample nucleic acid, comprising providing an array comprising a plurality of nucleic acid molecules, wherein said plurality of nucleic acid molecules is derived from at least two different sources, providing at least two different reference hybridization patterns by hybridizing said array with at least two different reference nucleic acids, wherein the sources of said at least two different reference nucleic acids are separable into at least two groups on the basis of a value for at least one phenotypic parameter, and clustering the reference hybridization patterns by unsupervised multivariate analysis. The method further provides a method for typing sample nucleic acid, comprising providing at least two different clusters of reference hybridization patterns for a sample nucleic acid by using a method according to the invention, hybridizing the same array as used for preparing the reference hybridization patterns with sample nucleic acid to obtain a sample hybridization pattern, and assigning the sample hybridization pattern to one of said at least two different clusters of reference hybridization patterns.
(FR)L'invention concerne un procédé permettant de préparer des groupes de schémas d'hybridation de référence pour un échantillon d'acide nucléique, qui consiste à préparer un jeu ordonné comprenant une pluralité de molécules d'acide nucléique, cette pluralité de molécules d'acide nucléique étant dérivée d'au moins deux sources différentes fournissant au moins deux schémas d'hybridation de référence différents, par hybridation dudit jeu ordonné avec au moins deux acides nucléiques de référence différents, les sources de ces acides nucléiques différents pouvant être séparées en au moins deux groupes en fonction d'une valeur définie pour moins un paramètre phénotypique, et à grouper les schémas d'hybridation de référence par analyse multivariée non dirigée. L'invention concerne en outre un processus de typage des échantillons d'acide nucléique, consistant à préparer au moins deux groupes de schémas d'hybridation de référence pour un échantillon d'acide nucléique au moyen du procédé décrit, à hybrider le jeu ordonné qui a déjà servi à préparer les schémas d'hybridation de référence avec l'échantillon d'acide nucléique afin d'obtenir un schéma d'hybridation de l'échantillon, et à classer le schéma d'hybridation de référence dans l'un des différents groupes de schémas d'hybridation de référence.
Designated States: AE, AG, AL, AM, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, HR, HU, ID, IL, IN, IS, JP, KE, KG, KM, KP, KR, KZ, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LV, MA, MD, MG, MK, MN, MW, MX, MZ, NA, NI, NO, NZ, OM, PG, PH, PL, PT, RO, RU, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, SY, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, YU, ZA, ZM, ZW.
African Regional Intellectual Property Organization (BW, GH, GM, KE, LS, MW, MZ, NA, SD, SL, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Eurasian Patent Organization (AM, AZ, BY, KG, KZ, MD, RU, TJ, TM)
European Patent Office (AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, MC, NL, PL, PT, RO, SE, SI, SK, TR)
African Intellectual Property Organization (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Publication Language: English (EN)
Filing Language: English (EN)