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1. (WO2005062034) METHOD OF IDENTIFYING PROTEIN WITH THE USE OF MASS SPECTROMETRY
Latest bibliographic data on file with the International Bureau   

Pub. No.:    WO/2005/062034    International Application No.:    PCT/JP2004/018901
Publication Date: 07.07.2005 International Filing Date: 17.12.2004
IPC:
G01N 27/62 (2006.01)
Applicants: NEC CORPORATION [JP/JP]; 7-1, Shiba 5-chome, Minato-ku, Tokyo 1088001 (JP) (For All Designated States Except US).
TORII, Hiroaki [JP/JP]; (JP) (For US Only).
MIYAZAKI, Kenji [JP/JP]; (JP) (For US Only).
KAMIJO, Kenichi [JP/JP]; (JP) (For US Only).
TSUGITA, Akira [JP/JP]; (JP) (For US Only)
Inventors: TORII, Hiroaki; (JP).
MIYAZAKI, Kenji; (JP).
KAMIJO, Kenichi; (JP).
TSUGITA, Akira; (JP)
Agent: MIYAZAKI, Teruo; 8th Floor, 16th Kowa Bldg., 9-20, Akasaka 1-chome, Minato-ku, Tokyo 1070052 (JP)
Priority Data:
2003-422781 19.12.2003 JP
Title (EN) METHOD OF IDENTIFYING PROTEIN WITH THE USE OF MASS SPECTROMETRY
(FR) METHODE D'IDENTIFICATION D'UNE PROTEINE PAR SPECTROMETRIE DE MASSE
(JA) 質量分析法を利用するタンパク質の同定方法
Abstract: front page image
(EN)It is intended to provide a method of specifying at a high accuracy a publicly known protein or a mutant of a publicly known protein originating in the same genomic gene as a subject protein based on the mass spectroscopic data of a plural number of peptide fragments obtained by digesting the subject protein to be analyzed with site-specific enzymes by referring to the base sequence of a gene encoding the publicly known protein on database and a presumed full-length amino acid sequences. In the above method, the measured molecular weight data of the peptide fragments originating in the subject protein, which are obtained by peptide fragmentation via a site-specific protein digestion treatment, are compared with estimated molecular weight data of the peptide fragments based on the presumed full-length amino acid sequence of a publicly known protein. Then the publicly known protein which is a candidate for the protein to be identified is specified at a high accuracy by examining the number of matching fragments and the continuousness in the amino acid sequences in matching fragments of the publicly known protein and, moreover, comparing mismatching fragments while presuming mutations therein.
(FR)L'invention concerne une méthode destinée à spécifier, avec une précision élevée, une protéine connue ou un mutant d'une protéine connue provenant du même gène génomique comme protéine d'intérêt sur la base de données de spectrométrie de masse d'une multitude de fragments peptidiques obtenus par digestion de la protéine d'intérêt à analyser avec des enzymes spécifiques de site, par référence à la séquence de base d'un gène codant pour la protéine connue sur une base de données et à une séquence d'acides aminés pleine longueur présumée. Selon cette méthode, les données du poids moléculaire mesuré des fragments peptidiques provenant de la protéine d'intérêt, qui sont obtenus par fragmentation de peptide au moyen d'un traitement de digestion de protéine spécifique de site, sont comparées avec des données du poids moléculaire estimé des fragments peptidiques sur la base de la séquence d'acides aminés pleine longueur présumée d'une protéine connue. Ensuite, la protéine connue se présentant comme un candidat pour la protéine à identifier est spécifiée avec une précision élevée par analyse du nombre de fragments correspondants et de la continuité des séquences d'acides aminés dans les fragments appariés de la protéine connue, ainsi que par comparaison des fragments mésappariés, des mutations étant présumées dans ceux-ci.
(JA) 本発明は、データ・ベース上の公知タンパク質をコードする遺伝子の塩基配列、ならびに、推断される完全長アミノ酸配列を参照し、解析対象タンパク質を部位特異的酵素消化したペプチド断片複数の質量分析結果に基づき、該対象タンパク質と同じゲノム遺伝子に由来する公知タンパク質、ないしは公知タンパク質変異体を高い確度で特定する手法を提供する。  本発明の手法においては、部位特異的なタンパク質分解処理によるペプチド断片化を利用した、該対象タンパク質由来のペプチド断片分子量実測値と、公知タンパク質の推断完全長アミノ酸配列に基づき、推定されるペプチド断片分子量推定値とを対比し、一致する断片数の多寡、ならびに、公知タンパク質の一致断片アミノ酸配列の連続性、更には、不一致断片における変異推定を含む対比により、同定候補となる公知タンパク質を高い確度で特定する。
Designated States: AE, AG, AL, AM, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, HR, HU, ID, IL, IN, IS, JP, KE, KG, KP, KR, KZ, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LV, MA, MD, MG, MK, MN, MW, MX, MZ, NA, NI, NO, NZ, OM, PG, PH, PL, PT, RO, RU, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, SY, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, YU, ZA, ZM, ZW.
African Regional Intellectual Property Organization (BW, GH, GM, KE, LS, MW, MZ, NA, SD, SL, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
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European Patent Office (AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, MC, NL, PL, PT, RO, SE, SI, SK, TR)
African Intellectual Property Organization (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Publication Language: Japanese (JA)
Filing Language: Japanese (JA)