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Pub. No.:    WO/2005/035792    International Application No.:    PCT/US2004/016060
Publication Date: 21.04.2005 International Filing Date: 21.05.2004
C07H 21/04 (2006.01), G06F 19/00 (2006.01)
Applicants: COLD SPRING HARBOR LABORATORY [US/US]; 1 Bungtown Road, Cold Spring Harbor, NY 11724 (US) (For All Designated States Except US).
WIGLER, Michael, H. [US/US]; (US) (For US Only).
HEALY, John [US/US]; (US) (For US Only).
LUCITO, Robert [US/US]; (US) (For US Only)
Inventors: WIGLER, Michael, H.; (US).
HEALY, John; (US).
LUCITO, Robert; (US)
Agent: HALEY, James, F., Jr.; Fish & Neave, 1251 Avenue of the Americas, New York, NY 10020 (US)
Priority Data:
60/472,843 23.05.2003 US
60/472,845 23.05.2003 US
Abstract: front page image
(EN)The invention provides oligonucleotide probes that can be used to hybridize to a representation of nucleic acid sequences. Compositions containing the probes such as microarrays are also provided. The invention also provides methods of using these probes and compositions in therapeutic, diagnostic, and research applications. Systems and methods for using a word counting algorithm that can quickly and accurately count the number of times a particular string of characters (i.e., nucleotides) appears in a nucleotide sequence (e.g., a genome) are provided. This algorithm can be used to identify the oligonucleotide probes of the invention. The algorithm uses a transform of a genome and an auxiliary data structure to count the number of times a particular word occurs in the genome.
(FR)L'invention concerne des sondes oligonucléotidiques pouvant être utilisées pour s'hybrider à une représentation de séquences d'acides nucléiques. L'invention concerne également des compositions contenant les sondes de type microréseaux. L'invention concerne également des procédés d'utilisation desdites sondes et compositions dans des applications thérapeutiques, diagnostiques, et de recherche. L'invention concerne des systèmes et des procédés d'utilisation d'un algorithme de comptage de mots qui peut compter de manière rapide et précise le nombre de fois qu'une chaîne particulière de caractères (c'est-à-dire, de nucléotides) apparaît dans une séquence nucléotidique (par exemple, un génome). Cet algorithme peut être utilisé afin d'identifier les sondes oligonucléotidiques de l'invention. Ledit algorithme utilise une transformée d'un génome et une structure de données auxiliaires pour compter le nombre de fois qu'un mot particulier apparaît dans le génome.
Designated States: AE, AG, AL, AM, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, HR, HU, ID, IL, IN, IS, JP, KE, KG, KP, KR, KZ, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LV, MA, MD, MG, MK, MN, MW, MX, MZ, NA, NI, NO, NZ, OM, PG, PH, PL, PT, RO, RU, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SY, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, YU, ZA, ZM, ZW.
African Regional Intellectual Property Organization (BW, GH, GM, KE, LS, MW, MZ, NA, SD, SL, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Eurasian Patent Organization (AM, AZ, BY, KG, KZ, MD, RU, TJ, TM)
European Patent Office (AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HU, IE, IT, LU, MC, NL, PL, PT, RO, SE, SI, SK, TR)
African Intellectual Property Organization (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Publication Language: English (EN)
Filing Language: English (EN)