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1. (WO2004094662) METHOD OF PREPARING DNA FRAGMENTS BY SELECTIVE FRAGMENTATION OF NUCLEIC ACIDS AND APPLICATIONS THEREOF
Latest bibliographic data on file with the International Bureau   

Pub. No.:    WO/2004/094662    International Application No.:    PCT/FR2004/000963
Publication Date: 04.11.2004 International Filing Date: 19.04.2004
IPC:
C12Q 1/68 (2006.01)
Applicants: COMMISSARIAT A L'ENERGIE ATOMIQUE [FR/FR]; 31-33 rue de la Fédération, F-75015 PARIS (FR) (For All Designated States Except US).
UNIVERSITE JOSEPH FOURIER [FR/FR]; 621 Avenue Centrale, Domaine Universitaire de St Martin d'Hères, F-38041 CEDEX 9 GRENOBLE (FR) (For All Designated States Except US).
CENTRE NATIONAL DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE [FR/FR]; 3 rue Michel-Ange, F-75794 CEDEX 16 PARIS (FR) (For All Designated States Except US).
BRACHET, Anne-Gaëlle [FR/FR]; (FR) (For US Only).
RIZO, Philippe [FR/FR]; (FR) (For US Only).
TABERLET, Pierre [FR/FR]; (FR) (For US Only).
TEXIER-NOGUES, Isabelle [FR/FR]; (FR) (For US Only)
Inventors: BRACHET, Anne-Gaëlle; (FR).
RIZO, Philippe; (FR).
TABERLET, Pierre; (FR).
TEXIER-NOGUES, Isabelle; (FR)
Agent: CABINET ORES; 36 rue de St Pétersbourg, F-75008 PARIS (FR)
Priority Data:
0304893 18.04.2003 FR
Title (EN) METHOD OF PREPARING DNA FRAGMENTS BY SELECTIVE FRAGMENTATION OF NUCLEIC ACIDS AND APPLICATIONS THEREOF
(FR) PROCEDE DE PREPARATION DE FRAGMENTS D'ADN PAR FRAGMENTATION SELECTIVE D'ACIDES NUCLEIQUES ET SES APPLICATIONS.
Abstract: front page image
(EN)The invention relates to a method of preparing DNA fragments by selective fragmentation of nucleic acid fragments. The inventive method comprises a first selection step involving selection of short fragments, consisting in: a) preparing first double-stranded DNA fragments F1 using at least one restriction enzyme E1 which can randomly fragment the nucleic acid sample to be analysed, by generating said DNA fragments F1 with blunt or cohesive ends; b) ligating the ends of the DNA fragments F1 obtained in step (a) to at least one adapter AA'; c) cleaving the DNA fragments F'1 obtained in step (b) using a restriction enzyme E2, such as to select a fraction of short fragments F2; and d) using any suitable means to purify the aforementioned fraction of short fragments F2. The inventive method also comprises the following optional step involving the second selection of one or more fragment sub-groups from the fraction of short fragments F2 obtained in step (d), said optional step consisting in: e) ligating the free end of the short fragments F2 obtained in step d) to at least one second complementary adapter BB' (production of fragments F'2); and f) amplifying short fragments F'2. The invention also relates to the applications of the above-mentioned method for the analysis of genomes and transcriptomes.
(FR)Procédé de préparation de fragments d'ADN par fragmentation sélective d'acides nucléiques qui comprend : I. Une première sélection de fragments courts comprenant : a) la préparation de premiers fragments d'ADN double-brin F1 à l'aide d'au moins une enzyme de restriction E1, apte à fragmenter de manière aléatoire l'échantillon d'acides nucléiques à analyser, en générant lesdits fragments F1 d'ADN aux extrémités franches ou cohésives, b) la ligation des extrémités desdits fragments F1 d'ADN obtenus à l'étape a) à au moins un adaptateur AA', c) la coupure des fragments F'1 d'ADN obtenus en b) à l'aide d'une enzyme de restriction E2, de façon à sélectionner une fraction de fragments courts F2, et d) la purification par tout moyen approprié de ladite fraction de fragments courts F2, et éventuellement, II. Une deuxième sélection d'un ou plusieurs sous-ensembles de fragments à partir de la fraction de fragments courts F2 obtenue à l'étape d), qui comprend : e) la ligation de l'extrémité libre de fragments courts F2 obtenus en d) à au moins un second adaptateur complémentaire BB' (obtention de fragments F'2), et f) l'amplification des fragments courts F'2. Applications dudit procédé pour l'analyse des génomes et des transcriptomes.
Designated States: AE, AG, AL, AM, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, HR, HU, ID, IL, IN, IS, JP, KE, KG, KP, KR, KZ, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LV, MA, MD, MG, MK, MN, MW, MX, MZ, NA, NI, NO, NZ, OM, PG, PH, PL, PT, RO, RU, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SY, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, YU, ZA, ZM, ZW.
African Regional Intellectual Property Organization (BW, GH, GM, KE, LS, MW, MZ, SD, SL, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Eurasian Patent Organization (AM, AZ, BY, KG, KZ, MD, RU, TJ, TM)
European Patent Office (AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HU, IE, IT, LU, MC, NL, PL, PT, RO, SE, SI, SK, TR)
African Intellectual Property Organization (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Publication Language: French (FR)
Filing Language: French (FR)