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Pub. No.:    WO/2004/031999    International Application No.:    PCT/JP2003/012810
Publication Date: 15.04.2004 International Filing Date: 07.10.2003
G06F 17/50 (2006.01)
Applicants: NIPPON ZOKI PHARMACEUTICAL CO., LTD. [JP/JP]; 1-2, Hirano-machi 2-chome, Chuo-ku, Osaka-shi, Osaka 541-0046 (JP) (For All Designated States Except US).
KOTANI, Takayuki [JP/JP]; (JP) (For US Only).
HIGASHIURA, Kunihiko [JP/JP]; (JP) (For US Only)
Inventors: KOTANI, Takayuki; (JP).
HIGASHIURA, Kunihiko; (JP)
Agent: KAWAMIYA, Osamu; AOYAMA & PARTNERS, IMP Building, 3-7, Shiromi 1-chome, Chuo-ku, Osaka-shi, Osaka 540-0001 (JP)
Priority Data:
2002/293383 07.10.2002 JP
(JA) 三次元構造活性相関法
Abstract: front page image
(EN)A cluster analysis of three-dimensional structural activity correlation method, comprising process B1 of determining the coordinates of each of the atoms contained in multiple molecules piled on each other in a virtual space; process B2 of calculating the atomic distances between each atom and other atoms and identifying not only the shortest atomic distance among the calculated atomic distances but also two atoms constituting the shortest atomic distance; process B3 of, when the calculated shortest atomic distance is not larger than a given threshold, not only deleting the two atoms exhibiting the shortest atomic distance from the three-dimensional space but also forming an atom representing the two atoms in the weighted average coordinates with respect to the coordinates of deleted two atoms; process B4 of returning to the process B2 after the process B3; and process B5 of, when the calculated shortest atomic distance exceeds the given threshold, terminating the process B. This procedure enables strikingly reducing the memory zone and amount of computation required for 3D QSAR analysis.
(FR)L'invention concerne une analyse par grappes d'un procédé de corrélation tridimensionnelle d'activités structurelles, comprenant : le procédé B1 de détermination des coordonnées de chaque atome contenu dans des molécules multiples empilées dans un espace virtuel ; le procédé B2 de calcul des distances atomiques entre chaque atome et d'autres atomes et d'identification, non seulement de la distance atomique la pus courte parmi les distances atomiques calculées, mais également entre deux atomes, constituant la distance atomique la plus courte ; le procédé B3 de suppression, lorsque la distance atomique la plus courte n'est pas supérieure à un seuil donné, de deux atomes possédant la distance atomique la plus courte par rapport à l'espace tridimensionnel, mais également la formation d'un atome représentant les deux atomes dans des coordonnées moyennes pondérées par rapport aux coordonnées des deux atomes supprimés ; le procédé B4 de retour au B2 précédent après le procédé B3 ; et le procédé B5 d'arrêt du procédé B, lorsque la distance atomique la plus courte dépasse le seuil donné. Ladite procédure permet de réduire de manière sensible la zone de mémoire et la quantité de calculs requise pour l'analyse QSAR 3D.
(JA)三次元構造活性相関法のクラスター解析は、仮想空間内で重ね合わされた複数の分子に含まれる各原子の座標を求める工程B1、各原子について他の原子との原子間距離を計算し、計算された原子間距離のうち最短の原子間距離及び該最短原子間距離を構成する2つの原子を特定する工程B2、計算された最短原子間距離が所定の閾値以下である場合、最短原子間距離を有する2つの原子を三次元空間から削除するとともに該削除する2つの原子の座標の加重平均座標に該2つの原子を代表する原子を作成する工程B3と、工程B3後、工程B2に戻る工程B4と、計算された最短原子間距離が所定の閾値を越える場合、工程Bを終了する第5の工程B5とを含む。この方法によれば、3D QSAR解析に必要な計算量とメモリー領域を大幅に削減することができる。
Designated States: AE, AG, AL, AM, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BR, BY, BZ, CA, CH, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, HR, HU, ID, IL, IN, IS, JP, KE, KG, KR, KZ, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LV, MA, MD, MG, MK, MN, MW, MX, MZ, NI, NO, NZ, OM, PG, PH, PL, PT, RO, RU, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SY, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, YU, ZA, ZM, ZW.
African Regional Intellectual Property Organization (GH, GM, KE, LS, MW, MZ, SD, SL, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Eurasian Patent Organization (AM, AZ, BY, KG, KZ, MD, RU, TJ, TM)
European Patent Office (AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HU, IE, IT, LU, MC, NL, PT, RO, SE, SI, SK, TR)
African Intellectual Property Organization (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Publication Language: Japanese (JA)
Filing Language: Japanese (JA)