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1. WO2004024654 - METHOD OF DETERMINING BRANCHED MOLECULES FROM MASS DATA

Publication Number WO/2004/024654
Publication Date 25.03.2004
International Application No. PCT/FR2003/002676
International Filing Date 09.09.2003
IPC
G06F 19/16 2011.01
GPHYSICS
06COMPUTING; CALCULATING OR COUNTING
FELECTRIC DIGITAL DATA PROCESSING
19Digital computing or data processing equipment or methods, specially adapted for specific applications
10Bioinformatics, i.e. methods or systems for genetic or protein-related data processing in computational molecular biology
16for molecular structure, e.g. structure alignment, structural or functional relations, protein folding, domain topologies, drug targeting using structure data, involving two-dimensional or three-dimensional structures
CPC
G16B 15/00
GPHYSICS
16INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
BBIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
15ICT specially adapted for analysing two-dimensional or three-dimensional molecular structures, e.g. structural or functional relations or structure alignment
Applicants
  • CENTRE NATIONAL DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE - CNRS [FR]/[FR] (AllExceptUS)
  • UNIVERSITE DES SCIENCES ET TECHNOLOGIES DE LILLE (LILLE I) [FR]/[FR] (AllExceptUS)
  • VAN HOECKE, Marie-Pierre [FR]/[FR] (UsOnly)
Inventors
  • VAN HOECKE, Marie-Pierre
Agents
  • BREESE, Pierre
Priority Data
02/1119510.09.2002FR
Publication Language French (FR)
Filing Language French (FR)
Designated States
Title
(EN) METHOD OF DETERMINING BRANCHED MOLECULES FROM MASS DATA
(FR) PROCEDE DE DETERMINATION DE MOLECULES BRANCHEES A PARTIR DE DONNEES DE MASSE
Abstract
(EN)
The invention relates to a method of determining a branched molecular structure from data relating to masses of fragments of said molecule. The inventive method is characterised in that it comprises the following steps: (a) the list of basic elements that can form the branched molecule is saved in a memory element; (b) solutions to an equation are stored in a memory element, said equation involving the aforementioned basic elements, the mass of same, the number thereof and one of the given masses, step (b) being performed for all of the masses; (c) sequences of basic elements are created from said solutions, each sequence comprising a solution for a minimum mass and the full sequence being the solution for a maximum mass; (d) the sequences are grouped together by composition; (e) possible tree structures are stored for a composition of basic elements according to the sequences for said composition which were determined in step (c); (f) all of the possible fragments of the tree structure are calculated for each tree structure from step (e); and (g) a test is performed for each fragment from step (f) in order to ascertain whether or not said fragment corresponds to one of the given masses.
(FR)
Procédé de détermination d'une structure moléculaire branchée à partir de données de masses de fragments de ladite molécule, caractérisé en ce qu'il comprend les étapes suivantes a) une étape d'enregistrement dans une mémoire de la liste des éléments de base pouvant constituer ladite molécule branchée b) une étape de stockage en mémoire des solutions à une équation mettant en jeu les éléments de base, leur masse, leur nombre et une des masses données, ceci pour toutes les masses , c) une étape de constitution de séquences d'éléments de base à partir desdites solutions, chaque séquence incluant une solution pour une masse dite minimale et la séquence complète étant solution pour une masse dite maximale ; d) une étape de regroupement des séquences par composition ; e) une étape de stockage des arbres possibles pour une composition d'éléments de base en fonction des séquences de cette composition déterminées à l'étape c) ; f) pour chaque arbre de l'étape e), une étape de calcul de l'ensemble des fragments possibles de l'arbre ; g) pour chaque fragment de l'étape f), une étape de test permettant de savoir si le fragment correspond à une des masses données.
Also published as
Latest bibliographic data on file with the International Bureau