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1. (WO2004007755) MULTIPLEX NUCLEIC ACID REACTIONS
Latest bibliographic data on file with the International Bureau   

Pub. No.:    WO/2004/007755    International Application No.:    PCT/US2003/022171
Publication Date: 22.01.2004 International Filing Date: 15.07.2003
Chapter 2 Demand Filed:    16.01.2004    
IPC:
C12Q 1/68 (2006.01)
Applicants: ILLUMINA, INC. [US/US]; 9885 Towne Centre Drive, San Diego, CA 92121-1975 (US) (For All Designated States Except US).
CHEE, Mark [AU/US]; (US) (For US Only).
FAN, Jian-Bing [US/US]; (US) (For US Only).
GUNDERSON, Kevin [US/US]; (US) (For US Only)
Inventors: CHEE, Mark; (US).
FAN, Jian-Bing; (US).
GUNDERSON, Kevin; (US)
Agent: GAY, David, A.; McDermott, Will & Emery, 4370 La Jolla Village Drive, 7th Floor, San Diego, CA 92122 (US)
Priority Data:
60/396,237 15.07.2002 US
Title (EN) MULTIPLEX NUCLEIC ACID REACTIONS
(FR) REACTIONS D'ACIDES NUCLEIQUES MULTIPLEXES
Abstract: front page image
(EN)The invention is directed to a variety of multiplexing methods used to amplify and/or genotype a variety of samples simultaneously. The invention provides a method of detecting a target sequence. The method consists of: (a) contacting a first and second probe with a target sequence under conditions where complementary probes form a hybridization complex with the target sequence, the first probe comprising an upstream universal priming site and a target­ specific sequence, the second probe comprising a downstream universal priming site and a target-specific sequence, wherein one of the first or second probes comprise an adapter sequence; (b) extending the first or second probe of the hybridization complex to form a modified probe; (c) amplifying the modified probe to form an amplicon, and (d) detecting the amplicon. A method of detecting the relative amounts of two or more target sequences is also provided. The method consists of (a) contacting a first and a second probe with first and second target sequences in an initial population under conditions where complementary probes form a hybridization complex with the target sequences, the first and second probes comprising a universal priming site, an adapter sequence and a target-specific sequence; (b) linearly amplifying the first and second probes forming the hybridization complex to produce first and second amplicons having distinctive adapter sequences, and (c) determining a relative amount of the first and second amplicons distinguishable by the adapter sequence, wherein the relative amount of the amplicons is indicative of the relative amounts of the first and second target sequences in the initial population. Further provided is a method of amplifying a target sequence to produce a signal within a dynamic range of a detection assay. The method consists of: (a) hybridizing a target-specific probe having an upstream universal priming site (UUP), a downstream universal priming site (DUP) and an adapter sequence with a set of differential primers, the set of differential primers comprising an upstream primer and first and second downstream primers, the second downstream primer having a lower Tm compared to the upstream primer and the first downstream primer; (b) amplifying the probe with the set of differential primers for two or more cycles of enzymatic polymerization; (c) increasing hybridization stringency to suppress hybridization of the second downstream primer, and (d) amplifying the probe from the upstream and the first downstream primers of the set for at least one cycle of enzymatic polymerization, wherein differential signals of amplicons produced from amplification of the first or the second downstream primers fall within a dynamic range of a detection assay.
(FR)La présente invention concerne diverses techniques de multiplexage utilisées pour amplifier et/ou génotyper simultanément une variété d'échantillons. Cette invention concerne une technique de détection de séquence cible. Cette technique consiste: (a) à mettre en contact une première et une deuxième sonde avec une séquence cible dans des conditions dans lesquelles des sondes complémentaires forment un complexe d'hybridation avec cette séquence cible, la première sonde comprenant un site amont d'amorçage universel et une séquence spécifique de la cible, la deuxième sonde comprenant un site aval d'amorçage universel et une séquence spécifique de la cible et la première ou la deuxième sonde comprenant une séquence d'adaptateur, (b) à étendre la première et la deuxième sonde du complexe d'hybridation de façon à former une sonde modifiée, (c) à amplifier cette sonde modifiée de façon à former un amplicon et, (d) à détecter cet amplicon. Cette invention concerne aussi une technique de détection des quantités relatives de ces séquences cible (au moins deux). Cette technique consiste: (a) à mettre en contact des premières et des deuxièmes sondes avec des premières et des deuxièmes séquences cible dans une population initiale dans des conditions dans lesquelles des sondes complémentaires forment un complexe d'hybridation avec la séquence cible, les premières et les deuxièmes sondes comprenant un site d'amorçage universel, une séquence d'adaptateur et une séquence spécifique de la cible, (b) à amplifier linéairement les premières et les secondes sondes formant le complexe d'hybridation de façon à produire des premiers et des deuxièmes amplicons possédant des séquences d'adaptateur différentes et, (c) à déterminer une quantité relative des premiers et des deuxièmes amplicons que la séquence d'adaptateur puisse distinguer, cette quantité relative d'amplicons donnant une indication sur les quantités relatives des premières et des deuxièmes séquences cible présentes dans la population initiale. Cette invention concerne aussi une technique d'amplification d'une séquence cible de façon à produire un signal dans une plage dynamique d'un dosage de détection. Cette technique consiste: à hybrider une sonde spécifique de la cible possédant un site amont d'amorçage universel (UUP), un site aval d'amorçage universel (DUP) et une séquence d'adaptateur avec un ensemble d'amorces différentielles, cet ensemble d'amorces différentielles comprenant une amorce amont et une première et une deuxième amorce aval, la deuxième amorce aval possédant un Tm inférieur comparé au Tm de l'amorce amont et au Tm de la première amorce aval, (b) à amplifier la sonde avec cet ensemble d'amorces différentielles pendant au moins deux cycles de polymérisation enzymatiques, (c) à augmenter la rigueur des conditions d'hybridation de façon à supprimer l'hybridation de la deuxième amorce aval et, (d) à amplifier la sonde de l'amorce amont et des premières amorces aval de l'ensemble pendant au moins un cycle de polymérisation enzymatique, les signaux différentiels des amplicons produits en provenance d'amplicon des premières et des deuxièmes amorces aval tombant dans une plage dynamique d'un dosage de détection.
Designated States: AE, AG, AL, AM, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BR, BY, BZ, CA, CH, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DZ, EC, EE, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, HR, HU, ID, IL, IN, IS, JP, KE, KG, KP, KR, KZ, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LV, MA, MD, MG, MK, MN, MW, MX, MZ, NI, NO, NZ, OM, PG, PH, PL, PT, RO, RU, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SY, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, YU, ZA, ZM, ZW.
African Regional Intellectual Property Organization (GH, GM, KE, LS, MW, MZ, SD, SL, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Eurasian Patent Organization (AM, AZ, BY, KG, KZ, MD, RU, TJ, TM)
European Patent Office (AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HU, IE, IT, LU, MC, NL, PT, RO, SE, SI, SK, TR)
African Intellectual Property Organization (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Publication Language: English (EN)
Filing Language: English (EN)