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Pub. No.:    WO/2004/007751    International Application No.:    PCT/US2003/022035
Publication Date: 22.01.2004 International Filing Date: 14.07.2003
C07H 19/10 (2006.01), C07H 19/20 (2006.01), C07H 21/00 (2006.01), C12Q 1/68 (2006.01)
Applicants: AFFYMETRIX, INC. [US/US]; 3380 Central Expressway, Santa Clara, CA 95051 (US) (For All Designated States Except US).
COLE, Kyle, B. [US/US]; (US) (For US Only).
TRUONG, Vivi [US/US]; (US) (For US Only).
MCGALL, Glenn, H. [CA/US]; (US) (For US Only).
BARONE, Anthony, D. [US/US]; (US) (For US Only)
Inventors: COLE, Kyle, B.; (US).
TRUONG, Vivi; (US).
MCGALL, Glenn, H.; (US).
BARONE, Anthony, D.; (US)
Agent: TREANNIE, Lisa, M.; Ropes & Gray, LLP, One International Place, Boston, MA 02110-2624 (US)
Priority Data:
60/395,580 12.07.2002 US
10/617,992 11.07.2003 US
Abstract: front page image
(EN)In one aspect of the invention, a method is provided for end-labeling RNA (total RNA, mRNA, cRNA or fragmented RNA). In one embodiment, T4 RNA ligase is used to attach a 3'-biotinylated AMP or CMP donor to an RNA acceptor molecule. In another embodiment, a pyrophosphate molecule 3'-AppN-3'-linker-biotin is used as donor molecule. In another aspect of the invention, a method is provided for analyzing a nucleic acid population on a nucleic acid microarray comprising providing a nucleic acid population or converting the nucleic acid population into nucleic acid fragments; ligating the nucleic acid population or fragments to a labeled nucleic acid molecule to form labeled nucleic acid population or fragments using a ligase; hybridizing the labeled nucleic acid population or fragments to an array of nucleic acid probes, and determining hybridization signals of the probes as an indication of levels of the nucleic acids in the nucleic acid population.
(FR)Dans un aspect, l'invention concerne une méthode de marquage terminal d'ARN (ARN total, ARNm, ARNc ou ARN fragmenté). Dans un mode de réalisation, la ligase de l'ARN T4 est utilisée pour fixer un donneur d'AMP ou de CMP 3'-biotinylé à une molécule d'accepteur d'ARN. Dans un autre mode de réalisation, une biotine lieuse 3'-AppN-3' de molécule pyrophosphate est utilisée comme molécule donneuse. Dans un autre aspect d l'invention, il est prévu une méthode permettant d'analyser une population d'acide nucléique sur un jeu ordonné de microéchantillons d'acide nucléique comprenant les étapes suivantes : préparer une population d'acide nucléique ou convertir la population d'acide nucléique en fragments d'acide nucléique ; ligaturer la population d'acide nucléique ou ses fragments à une molécule d'acide nucléique marqué, de sorte à former une population d'acide nucléique marqué ou ses fragments à l'aide d'une ligase ; hybrider la population d'acide nucléique marqué ou ses fragments à un jeu ordonné d'échantillons d'acide nucléique et déterminer les signaux d'hybridation des échantillons comme indication des taux d'acide nucléique dans la population d'acide nucléique.
Designated States: AE, AG, AL, AM, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BR, BY, BZ, CA, CH, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DZ, EC, EE, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, HR, HU, ID, IL, IN, IS, JP, KE, KG, KP, KR, KZ, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LV, MA, MD, MG, MK, MN, MW, MX, MZ, NI, NO, NZ, OM, PG, PH, PL, PT, RO, RU, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SY, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, YU, ZA, ZM, ZW.
African Regional Intellectual Property Organization (GH, GM, KE, LS, MW, MZ, SD, SL, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Eurasian Patent Organization (AM, AZ, BY, KG, KZ, MD, RU, TJ, TM)
European Patent Office (AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HU, IE, IT, LU, MC, NL, PT, RO, SE, SI, SK, TR)
African Intellectual Property Organization (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Publication Language: English (EN)
Filing Language: English (EN)