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1. (WO2004003234) A SYSTEM AND METHOD FOR SNP GENOTYPE CLUSTERING
Latest bibliographic data on file with the International Bureau   

Pub. No.:    WO/2004/003234    International Application No.:    PCT/US2003/020528
Publication Date: 08.01.2004 International Filing Date: 30.06.2003
IPC:
C12N 15/09 (2006.01), C12Q 1/68 (2006.01), G01N 33/48 (2006.01), G01N 33/50 (2006.01), G06F 19/20 (2011.01), G06N 3/00 (2006.01), G06F 19/24 (2011.01)
Applicants: APPLERA CORPORATION [US/US]; 850 Lincoln Centre Drive, Foster City, CA 94404 (US)
Inventors: HOLDEN, David, P.; (US).
ZHANG, Xiao-Ping; (CA).
ALLISON, Daniel, B.; (US).
TOMANEY, Austin, B.; (US)
Agent: DELANEY, Karoline, A.; Knobbe, Martens, Olson & Bear, Llp, 2040 Main Street, 14th Floor, Irvine, CA 92614 (US)
Priority Data:
60/392,841 28.06.2002 US
Title (EN) A SYSTEM AND METHOD FOR SNP GENOTYPE CLUSTERING
(FR) SYSTEME ET METHODE DE REGROUPEMENT DE GENOTYPES SNP
Abstract: front page image
(EN)A system and methods for evaluating genetic information and biological data applying a clustering approach which may be used for allele calling and genotyping. Statistical analysis of sample data is performed at various levels to develop a model which associates individual data points with selected genotyping clusters and provides a relative indication of the call confidence. The methods provide a unified framework for allele-calling in many different contexts and may be applied to the data acquired from various identification methodologies.
(FR)L'invention concerne un système et des méthodes d'évaluation d'informations génétiques et de données biologiques, par application d'une approche de regroupement pouvant être utilisée dans la classification et le génotypage des allèles. L'analyse statistique des données d'échantillonnage s'effectue à divers niveaux pour mettre au point un modèle associant des points de données individuels à des groupes de génotypage sélectionnés, et fournit une indication relative de la fiabilité de la classification. Ces méthodes fournissent un cadre unifié de classification des allèles dans de nombreux contextes différents, et peuvent s'appliquer aux données acquises de diverses méthodologies d'identification.
Designated States: AE, AG, AL, AM, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BR, BY, BZ, CA, CH, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DZ, EC, EE, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, HR, HU, ID, IL, IN, IS, JP, KE, KG, KP, KR, KZ, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LV, MA, MD, MG, MK, MN, MW, MX, MZ, NI, NO, NZ, OM, PH, PL, PT, RO, RU, SC, SD, SE, SG, SK, SL, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, UZ, VC, VN, YU, ZA, ZM, ZW.
African Regional Intellectual Property Organization (GH, GM, KE, LS, MW, MZ, SD, SL, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Eurasian Patent Organization (AM, AZ, BY, KG, KZ, MD, RU, TJ, TM)
European Patent Office (AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HU, IE, IT, LU, MC, NL, PT, RO, SE, SI, SK, TR)
African Intellectual Property Organization (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Publication Language: English (EN)
Filing Language: English (EN)