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1. (WO2004003232) METHOD FOR THE CHARACTERISATION OF NUCLEIC ACID MOLECULES
Latest bibliographic data on file with the International Bureau   

Pub. No.:    WO/2004/003232    International Application No.:    PCT/IE2003/000098
Publication Date: 08.01.2004 International Filing Date: 25.06.2003
IPC:
C12Q 1/68 (2006.01)
Applicants: HIBERGEN GENOMICS LIMITED [IE/IE]; IDA Business Park, Southern Cross Road, Bray, County Wicklow (IE) (For All Designated States Except US).
UNIVERSITY COLLEGE CORK-NATIONAL UNIVERSITY OF IRELAND, CORK [IE/IE]; College Road, Cork (IE) (For All Designated States Except US).
VAUGHAN, Patrick, Martin [IE/IE]; (IE) (For US Only).
MCCARTHY, Thomas, Valentine [IE/IE]; (IE) (For US Only)
Inventors: VAUGHAN, Patrick, Martin; (IE).
MCCARTHY, Thomas, Valentine; (IE)
Agent: ANNE RYAN & CO; 60 Northumberland Road, Ballsbridge, Dublin 4 (IE)
Priority Data:
2002/0544 28.06.2002 IE
Title (EN) METHOD FOR THE CHARACTERISATION OF NUCLEIC ACID MOLECULES
(FR) PROCEDE DE CARACTERISATION DE MOLECULES D'ACIDE NUCLEIQUE
Abstract: front page image
(EN)A method for characterising nucleic acid molecules comprises the steps of i) introducing a modified base which is a substrate for a DNA endonuclease, for example Endonuclease V from E. coli, into a target DNA molecule; and ii) reacting the nucleic acid containing the modified base with said DNA endonuclease such that the nucleic acid is cleaved to generate an upstream fragment condition said modified base and bearing a 3' hydroxyl group. The upstream fragment generated in step ii) can be used as a primer for a subsequent extension reaction. The modified base as such targets cleavage of the nucleic acid strand because it directs the endonuclease to cut the nucleic acid strand on which it resides at a site predominantly one nucleotide removed therefrom, so that the modified base remains in the nucleci acid as th upstream fragment. The method can be used for detecting polymorphisms and mutations and for nucleic acid indentification and profiling. The method enables one to detect polymorphisms in any sequence context and such detection is not dependent on surrounding nucleotide sequence.
(FR)L'invention concerne un procédé de caractérisation de molécules d'acide nucléique, qui consiste à: i) introduire une base modifiée constituant un substrat pour une endonucléase d'ADN, par exemple une endonucléase V de <i>E.coli</i>, dans une molécule d'ADN cible; et ii) mettre en réaction l'acide nucléique contenant la base modifiée avec l'endonucléase d'ADN de sorte que l'acide nucléique soit clivé afin de générer un fragment amont contenant cette base modifiée et portant un groupe 3' hydroxyle. Le fragment amont généré au cours de l'étape ii) peut être utilisé en tant qu'amorce dans une réaction d'extension ultérieure. La base ainsi modifiée cible le clivage de brin d'acide nucléique parce qu'il dirige l'endonucléase de manière à ce qu'elle coupe le brin d'acide nucléique sur lequel elle réside au niveau d'un site, principalement un nucléotide, y étant extrait, de sorte que la base modifiée reste dans l'acide nucléique comme le fragment amont. Le procédé peut être utilisé en vue de détecter des polymorphismes et des mutations ainsi que dans l'identification et le profilage d'acide nucléique. Ce procédé permet de détecter des polymorphismes dans n'importe quel contexte de séquence et cette détection ne dépend pas de la séquence nucléotidique environnante.
Designated States: AE, AG, AL, AM, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BR, BY, BZ, CA, CH, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DZ, EC, EE, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, HR, HU, ID, IL, IN, IS, JP, KE, KG, KP, KR, KZ, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LV, MA, MD, MG, MK, MN, MW, MX, MZ, NI, NO, NZ, OM, PG, PH, PL, PT, RO, RU, SC, SD, SE, SG, SK, SL, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, YU, ZA, ZM, ZW.
African Regional Intellectual Property Organization (GH, GM, KE, LS, MW, MZ, SD, SL, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Eurasian Patent Organization (AM, AZ, BY, KG, KZ, MD, RU, TJ, TM)
European Patent Office (AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HU, IE, IT, LU, MC, NL, PT, RO, SE, SI, SK, TR)
African Intellectual Property Organization (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Publication Language: English (EN)
Filing Language: English (EN)